學(xué)習(xí)小組day3筆記--成琪
conda的安裝激活與使用
安裝
下載miniconda 在官網(wǎng)復(fù)制鏈接（也可以用清華源的 不過我使用的服務(wù)器不支持）
在shell里用 wget ＋鏈接 就可以下載（最好有個(gè)專門的文件夾里放軟件如 biosoft）
沒安裝成功 則輸入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（軟件信息）
中間會(huì)出現(xiàn)很多信息回車跳過就行 當(dāng)你看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]” yes 就可以
激活
1 輸入 source ~/.bashrc 回車 在輸入conda
如果沒激活成功 輸入
echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrc 再重復(fù)1
添加鏡像（快速下載軟件 輸入下面代碼 復(fù)制回車 no一下復(fù)制）
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表 conda list
安裝軟件 conda install fastqc -y（-y表示yes）
輸入fastqc --help，如果出現(xiàn)一大片文字 軟件的幫助文檔 說明成功
卸載軟件 conda remove fastqc -y
conda 環(huán)境
conda info --envs 查看環(huán)境
如 處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了先建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境
輸入 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda activate rna-seq 激活新環(huán)境
conda deactivate 退出環(huán)境
以上信息來源于生信星球
今天學(xué)習(xí)內(nèi)容稍微有點(diǎn)難度 畢竟很多代碼不懂 實(shí)際操作時(shí) 會(huì)出現(xiàn)各種麻煩和問題，還得課外再自己多學(xué)習(xí)一點(diǎn) 不過今天學(xué)習(xí)的東西挺多的 很nice還是得多練
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