在我們的工作中，常常會(huì)有將一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻譯成氨基酸序列的需求。如果編程基礎(chǔ)過(guò)硬的話，自己寫(xiě)個(gè)代碼翻譯三聯(lián)密碼子，正義鏈和反義鏈各三個(gè)移碼閱讀框。但是我們更多的時(shí)候，這種小的需求，根本不需要去寫(xiě)個(gè)腳本來(lái)解決，有很多在線的工具能夠幫我們做到這一點(diǎn)。在這里舉例說(shuō)明。
Tool 1: expasy翻譯組件
Expasy是一個(gè)包含很多工具的web tools集合，但我們這次用到的只是他的其中一個(gè)功能，即核酸序列翻譯功能。點(diǎn)開(kāi)網(wǎng)頁(yè)https://web.expasy.org/translate/， 界面如下：
右邊可以選擇輸出文件的格式，以及從哪個(gè)鏈上尋找翻譯框，在不知道蛋白編碼方向的情況下，最好是全部選上。以水稻條紋病毒（RSV）的某個(gè)分離物的CP的基因序列為例（NCBI accession number: AY286101.1)。
當(dāng)我們將序列粘貼到框里之后，點(diǎn)擊translate按鈕，就會(huì)得到如下輸出：
會(huì)輸出6個(gè)移碼閱讀框，然后結(jié)果就是3'-5'翻譯的那一條結(jié)果。
expasy可視化信息相對(duì)直接，但是它有一個(gè)壞處，即不支持批量提交。如果我們有成百上千條序列，expasy的功能就顯得比較不夠用了。接下來(lái)我們介紹另外一個(gè)支持多條序列同時(shí)翻譯的工具。
Too2 1: emboss下的transeq
EMBOSS是由EBI開(kāi)發(fā)的一個(gè)工具，既有本地版，也有在線版。
點(diǎn)開(kāi)https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/， 會(huì)看到如下界面：
可以直接粘貼或者上傳符合EMBOSS transeq支持的文件格式，EMBOSS支持的格式可以參考emboss支持格式鏈接，常見(jiàn)的raw sequence或者fasta格式的文件肯定格式可以支持的。
可以選擇All six frame, 也可以選擇某一條鏈的某一起始位點(diǎn)的移碼框，也可以選擇codon table, 然后點(diǎn)擊submit。任務(wù)就會(huì)被提交到后臺(tái)上，親測(cè)速度還是非?？斓?。
最后輸出結(jié)果如下：
最后對(duì)每個(gè)序列都是輸出6個(gè)fasta， 對(duì)應(yīng)6種編碼框，然后可以將結(jié)果下載下來(lái)之后，移除錯(cuò)誤的編碼序列。將保留下來(lái)的序列去做進(jìn)化分析或者其他后續(xù)處理。
后記：工具很多，選擇自己習(xí)慣的就好。
Done.
