作者，Evil Genius
最近和客戶以及分析人員都有接觸，兩方其實(shí)都很割裂，甚至對(duì)立，不過這是大環(huán)境的產(chǎn)物，沒有辦法改變。
大家應(yīng)該都明白，我們這個(gè)社會(huì)環(huán)境，大家都有一個(gè)心理特點(diǎn)，沒有人愿意為服務(wù)買單，愿意為商品買單，所以花了錢拿到測(cè)序結(jié)果，比對(duì)結(jié)果，這個(gè)一般都沒啥問題，有東西在手里了，但是分析，問題就來了。
分析怎么商品化？這就很多現(xiàn)在市面上公司做的事，招聘一些兼職，做一些流水線的分析工作，結(jié)果對(duì)不對(duì)，一般是不管的，導(dǎo)致現(xiàn)在生物信息的口碑也在往下降。
難道就不能認(rèn)真做好做對(duì)么？從生存的角度看，不能。為什么？如果想做好，比如單細(xì)胞的基礎(chǔ)分析，對(duì)于參數(shù)、結(jié)果需要探索，也需要一定的課題背景，最后綜合考慮得出一個(gè)合理的結(jié)果，而這個(gè)探索的過程，沒有客戶愿意買單。
還是那句話，如果大家真的有追求，想做科研，做一些真的東西，兩個(gè)階段，一是學(xué)生階段，做好科研即可，發(fā)了文章可以獲得獎(jiǎng)勵(lì)；二是編制內(nèi)階段，無后顧之憂，有無科研成果不影響工資發(fā)放，可以盡可能的探索，深入挖掘，研究的十分透徹，當(dāng)然時(shí)間會(huì)長(zhǎng)一點(diǎn)，有了一些科研結(jié)果可以獲得一些獎(jiǎng)金之類的，這才是正道。
如果說以科研成果有無來決定是否發(fā)工資，注定兩個(gè)結(jié)果，一就是流水線，正確與否不管，反正分析結(jié)果給了就要付賬；二就是餓死。
這讓我想起了《史記》中的記載，對(duì)于刑法和道德力量的對(duì)比，有一個(gè)人，看到金銀財(cái)寶想據(jù)為己有，兩種可能，一是鋌而走險(xiǎn)，被抓獲，這就是刑法的力量，大家看見了，所以愿意為刑法買單；二是這個(gè)人內(nèi)心的道德力量，讓他不要做違法的事，他就離開了，而道德的力量大家看不見，所以就無人關(guān)心了?？蒲刑剿鞯倪^程類似道德力量，大家看不見，所以沒人想買單。
也有人問我的態(tài)度，我個(gè)人不想走流水線，所以跟我之前的領(lǐng)導(dǎo)們走的路應(yīng)該會(huì)差不多，轉(zhuǎn)向產(chǎn)品和市場(chǎng)，甚至直接轉(zhuǎn)行。我個(gè)人的力量很小，改變不了什么，之前接觸的項(xiàng)目一般會(huì)提前和客戶開個(gè)騰訊會(huì)議，或者直接見一見，感受一下客戶對(duì)自己科研的態(tài)度和需求，一旦發(fā)現(xiàn)背離科研的本質(zhì)，基本都推掉了，而且不得不說，退掉的比例，超過90%。
和之前的同事們一樣，如果想守住初心，轉(zhuǎn)行是必然。
今天我們分享文獻(xiàn)
知識(shí)積累
小細(xì)胞肺癌（SCLC）是一種高度侵襲性的神經(jīng)內(nèi)分泌惡性腫瘤，約占肺癌病例的15%，以快速轉(zhuǎn)移和預(yù)后不良為特征。
SCLC的轉(zhuǎn)移潛能歸因于其顯著的瘤內(nèi)異質(zhì)性，這種異質(zhì)性可能使腫瘤細(xì)胞亞群能夠適應(yīng)不同的微環(huán)境并逃避免疫監(jiān)視。
結(jié)果1、小細(xì)胞肺癌原發(fā)腫瘤與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組圖譜
CosMx 1k panel。
不同組別的分析變化
免疫細(xì)胞富集：在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤中，免疫細(xì)胞的數(shù)量顯著多于原發(fā)腫瘤（無論是否伴有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移），表明轉(zhuǎn)移灶的免疫微環(huán)境發(fā)生了明顯改變。
獨(dú)特的空間組織模式：在轉(zhuǎn)移樣本中，成纖維細(xì)胞周圍常有免疫細(xì)胞環(huán)繞，形成特定的空間結(jié)構(gòu)，而這種結(jié)構(gòu)在原發(fā)腫瘤中不存在，提示轉(zhuǎn)移相關(guān)微環(huán)境的特殊組織結(jié)構(gòu)。
數(shù)據(jù)驗(yàn)證：通過H&E染色和免疫熒光染色驗(yàn)證了上述空間結(jié)構(gòu)，證實(shí)了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可靠性。
研究意義：該研究構(gòu)建了高分辨率的空間圖譜，揭示了SCLC淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移過程中腫瘤微環(huán)境的異質(zhì)性與復(fù)雜性。
結(jié)果2、轉(zhuǎn)移相關(guān)惡性細(xì)胞亞群的識(shí)別與表征
三個(gè)轉(zhuǎn)移相關(guān)惡性亞群：通過對(duì)惡性細(xì)胞的重聚類分析，識(shí)別出C5、C6和C9三個(gè)亞群，它們特異性地富集于存在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的腫瘤樣本中，而在未轉(zhuǎn)移的原發(fā)腫瘤中基本不存在。
各亞群的分子特征：
C5：5個(gè)基因顯著上調(diào)，包括FYN、NR2F2等
C6：28個(gè)基因顯著上調(diào)，涉及代謝重編程和免疫抑制雙重特征，且與浸潤免疫細(xì)胞呈顯著負(fù)相關(guān)
C9：7個(gè)基因顯著上調(diào)，包括HIF1A等
功能富集：三個(gè)亞群均富集了與細(xì)胞遷移、增殖和侵襲相關(guān)的通路，提示它們?cè)谵D(zhuǎn)移過程中發(fā)揮重要作用。
分子分型關(guān)聯(lián)：
C6特異性地富集于SCLC-Y亞型
C5分布廣泛
C9與SCLC-N/P亞型相關(guān)
部位特異性：通過獨(dú)立多器官轉(zhuǎn)移數(shù)據(jù)驗(yàn)證，這些亞群的標(biāo)志物在腦、肝、腎或胸膜轉(zhuǎn)移中表達(dá)較低，提示它們可能是淋巴結(jié)特異的適應(yīng)性程序，而非普遍存在于各種轉(zhuǎn)移部位。
結(jié)果3、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移中的免疫細(xì)胞動(dòng)態(tài)與功能重編程
免疫細(xì)胞組成變化：淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤中B細(xì)胞和T細(xì)胞顯著富集，數(shù)量明顯多于原發(fā)腫瘤。
T細(xì)胞亞群分析：
將T細(xì)胞分為6個(gè)亞群，包括效應(yīng)CD4+ T細(xì)胞、效應(yīng)CD8+ T細(xì)胞、炎性調(diào)節(jié)性T細(xì)胞、雙陰性T細(xì)胞、耗竭性調(diào)節(jié)性T細(xì)胞和耗竭性CD8+ T細(xì)胞
原發(fā)腫瘤富集效應(yīng)CD4+和CD8+ T細(xì)胞
轉(zhuǎn)移樣本中耗竭性和炎性調(diào)節(jié)性T細(xì)胞比例更高，呈現(xiàn)免疫抑制轉(zhuǎn)變
B細(xì)胞亞群分析：
將B細(xì)胞分為記憶B細(xì)胞、增殖性B細(xì)胞、初始B細(xì)胞和過渡性B細(xì)胞
淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤中初始B細(xì)胞占主導(dǎo)
轉(zhuǎn)移樣本中過渡性和增殖性B細(xì)胞顯著增加，提示淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移過程中存在活躍的B細(xì)胞募集和分化
轉(zhuǎn)錄組變化規(guī)律：
從原發(fā)腫瘤到伴淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的原發(fā)腫瘤再到淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤，基因表達(dá)變化呈連續(xù)轉(zhuǎn)錄譜
識(shí)別出11個(gè)持續(xù)上調(diào)基因和42個(gè)持續(xù)下調(diào)基因
持續(xù)上調(diào)基因富集于趨化因子信號(hào)通路、細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用和NF-κB信號(hào)通路等免疫細(xì)胞募集相關(guān)通路
結(jié)果4、空間相互作用與規(guī)避行為揭示SCLC轉(zhuǎn)移中的血管-免疫生態(tài)位動(dòng)態(tài)
空間相互作用模式差異：
與原發(fā)腫瘤相比，伴淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的原發(fā)腫瘤中惡性腫瘤細(xì)胞與非癌細(xì)胞類型的空間相互作用減少（從10對(duì)降至5對(duì)）
轉(zhuǎn)移相關(guān)亞群的免疫排除特征：
三個(gè)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)惡性亞群（C5、C6、C9）表現(xiàn)出空間免疫排除樣行為，與周圍免疫細(xì)胞群存在空間規(guī)避
值得注意的是，這些亞群的總體豐度與免疫細(xì)胞浸潤呈正相關(guān)，說明其局部免疫排除是一種空間調(diào)控現(xiàn)象，獨(dú)立于整體豐度
血管-免疫生態(tài)位的發(fā)現(xiàn)：
內(nèi)皮細(xì)胞與所有惡性細(xì)胞亞群均表現(xiàn)出強(qiáng)烈的空間規(guī)避行為，提示存在以腫瘤-血管間接接觸為特征的血管-免疫生態(tài)位
相反，內(nèi)皮細(xì)胞與多種免疫細(xì)胞類型（包括巨噬細(xì)胞、效應(yīng)CD4+和CD8+ T細(xì)胞、效應(yīng)T細(xì)胞、記憶B細(xì)胞和漿細(xì)胞）存在頻繁的相互作用和正相關(guān)
血管周圍免疫細(xì)胞的功能重編程：
原發(fā)腫瘤中：血管周圍的效應(yīng)CD4+ T細(xì)胞表達(dá)更高水平的免疫檢查點(diǎn)分子CTLA-4
轉(zhuǎn)移樣本中：血管周圍的效應(yīng)CD4+ T細(xì)胞表達(dá)更高水平的細(xì)胞毒性標(biāo)志物GZMA和GZMB
這表明血管生態(tài)位內(nèi)的免疫細(xì)胞具有功能多樣性，并在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移過程中發(fā)生動(dòng)態(tài)重編程
結(jié)果5、空間細(xì)胞鄰域揭示轉(zhuǎn)移相關(guān)生態(tài)位及預(yù)后免疫熱點(diǎn)
空間細(xì)胞鄰域識(shí)別：
通過分析每個(gè)細(xì)胞10個(gè)最近鄰的局部細(xì)胞組成，在原發(fā)腫瘤、伴淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的原發(fā)腫瘤和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤中分別識(shí)別出11、13和15個(gè)不同的細(xì)胞鄰域
這些鄰域被整合為六大空間結(jié)構(gòu)：腫瘤區(qū)室、耗竭生態(tài)位、泛免疫熱點(diǎn)區(qū)1、泛免疫熱點(diǎn)區(qū)2、B細(xì)胞富集生態(tài)位和血管生態(tài)位
轉(zhuǎn)移相關(guān)生態(tài)位特征：
富集C5、C6、C9三個(gè)轉(zhuǎn)移相關(guān)惡性亞群的鄰域主要存在于轉(zhuǎn)移樣本中
在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤中，C5富集鄰域與耗竭CD8+ T細(xì)胞相關(guān)，C6富集鄰域與雙陰性T細(xì)胞和特定B細(xì)胞亞群相關(guān)
不同組別的空間結(jié)構(gòu)分布差異：
泛免疫熱點(diǎn)區(qū)2僅存在于原發(fā)腫瘤
B細(xì)胞富集生態(tài)位特異性地存在于淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤
泛免疫熱點(diǎn)區(qū)1在原發(fā)腫瘤中豐度最高，在轉(zhuǎn)移樣本中顯著降低
伴淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的原發(fā)腫瘤富集耗竭腫瘤生態(tài)位
預(yù)后價(jià)值：
泛免疫熱點(diǎn)區(qū)1的高豐度與更優(yōu)的總生存期和無病生存期顯著相關(guān)
單獨(dú)的免疫細(xì)胞類型豐度不具有預(yù)測(cè)價(jià)值，表明預(yù)后意義在于空間結(jié)構(gòu)而非單純的細(xì)胞組成
多變量Cox回歸分析證實(shí)，泛免疫熱點(diǎn)區(qū)1是總生存期的獨(dú)立預(yù)后因素
跨分子分型的普適性：
泛免疫熱點(diǎn)區(qū)1的豐度在不同SCLC分子亞型（A、N、P、Y）間無顯著差異，提示其是一種獨(dú)立于分子分型的普遍免疫微環(huán)境特征
臨床轉(zhuǎn)化驗(yàn)證：
基于泛免疫熱點(diǎn)區(qū)1的定義轉(zhuǎn)錄本衍生出20基因特征
在兩個(gè)獨(dú)立的多中心SCLC大樣本RNA測(cè)序隊(duì)列中驗(yàn)證，低泛免疫熱點(diǎn)區(qū)1特征評(píng)分的患者總生存期顯著更差
證實(shí)了這一空間免疫微環(huán)境特征具有穩(wěn)健且可推廣的預(yù)后價(jià)值
最后來看看方法
CosMx的細(xì)胞注釋
空間通訊
細(xì)胞niche分析
