Day3的主要學(xué)習(xí)任務(wù)：

今日重點(diǎn)：A、下載miniconda到服務(wù)器上 B、學(xué)會(huì)通過conda下載/卸載軟件

·下載并安裝miniconda（相當(dāng)于App Store）

（1）Baidu/Google搜索“miniconda 清華”（即清華的conda鏡像網(wǎng)站）
a.先查看服務(wù)器是多少位的（uname -a），以此下載64-bit/32-bit
b.注意安裝最新版本的（latest）
c.右鍵復(fù)制下載鏈接（下面到服務(wù)器里使用）
（2）進(jìn)入下載的目錄（cd biosoft）
（3）下載鏈接用到的命令（wget）
a.在~/biosoft 目錄下輸入（wget+下載鏈接）
（4）安裝miniconda
a.一般都會(huì)安裝失敗，接著輸入下面的命令(bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
b.根據(jù)提示輸入Enter/yes
c.出現(xiàn)“Thank you for installing Miniconda3!”即表示安裝成功
（5）最后一步“激活”
a.conda的激活命令（source ~/.bashrc）
b.隨后輸入命令（conda）,若出現(xiàn)滿屏的信息則提示激活成功
c.（我遇到的問題）如果報(bào)錯(cuò)出現(xiàn)conda ：command not found，則提示原因就是你在安裝過程中略過了某一步y(tǒng)es，導(dǎo)致你的conda沒有被放在環(huán)境變量，所以再怎么source依然還是找不到。解決方法是，重新把conda放進(jìn)環(huán)境變量
d.解決上述問題，輸入兩行命令①（echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrc）②（source ~/.bashrc）
--整理摘自公眾號(hào)“生信星球”，以及豆豆的老師的回答

·conda的使用：下載/卸載軟件

幾個(gè)常用命令：
①查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表（conda list）
②安裝軟件，以fastqc為例（conda install fastqc -y/conda install fastqc）兩者的區(qū)別在于加了“-y”→安裝過程中全部回答yes，而后者需手動(dòng)輸入yes
③確認(rèn)軟件是否安裝完成（fastqc --help），若出現(xiàn)大片文字（幫助文檔）即提示安裝完成
④卸載軟件，同以fastqc為例（conda remove fastqc -y/conda remove fastqc）