好用的化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù),知道這五個(gè)就夠了

大量的書(shū)本堆積于桌,查找困難,浪費(fèi)時(shí)間?復(fù)雜的化合物越來(lái)越多,標(biāo)準(zhǔn)的系統(tǒng)名稱更復(fù)雜,如何查詢?進(jìn)行實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)或理論研究時(shí)想查找化學(xué)反應(yīng)信息,卻不全面?基于前人研究成果可以顯著減輕我們的工作量。然而,搜集和歸納文獻(xiàn)資料通常既耗時(shí)又費(fèi)力。幸運(yùn)的是,目前已經(jīng)有不少研究者發(fā)布了各種各樣的數(shù)據(jù)庫(kù),這些數(shù)據(jù)庫(kù)能夠讓我們便捷地“一站式”處理許多科研問(wèn)題。

小編和朋友聊天的時(shí)候,他給我推薦了款化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù),可以根據(jù)已知一種或多種物質(zhì)作為產(chǎn)物、反應(yīng)物、試劑、溶劑或催化劑,找到特定的反應(yīng)?;谥笆褂眠^(guò)的專業(yè)化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),小編對(duì)化學(xué)圈常見(jiàn)的化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了盤(pán)點(diǎn)梳理,在這里分享給大家。讀完本文,你將了解不同化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的功能、優(yōu)缺點(diǎn)等特性。

1、摩熵化學(xué)MolAid

推薦理由:摩熵化學(xué)擁有數(shù)以億計(jì)的化學(xué)品數(shù)據(jù),功能全面,檢索方式多樣,中文操作界面,貼合國(guó)人需求和習(xí)慣。支持查詢化合物、了解物質(zhì)性質(zhì)、尋找購(gòu)買(mǎi)信息、查詢反應(yīng)條件、設(shè)計(jì)反應(yīng)路線、譜圖查詢、預(yù)測(cè)性質(zhì)及譜圖等,非常實(shí)用。

核心功能:

反應(yīng)信息查詢:這個(gè)算是摩熵化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的一款特色功能,可以一鍵檢索到相關(guān)化合物的反應(yīng)信息,并且可以針對(duì)產(chǎn)物、反應(yīng)物、產(chǎn)率等篩選項(xiàng),對(duì)結(jié)果進(jìn)行二次篩選。里面的數(shù)據(jù)都是從文獻(xiàn)專利里提取出來(lái)的,還能直接追溯文獻(xiàn)來(lái)源。個(gè)人覺(jué)得這個(gè)功能很贊!

逆合成分析:這個(gè)功能,不少化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)也有。把它單獨(dú)拎出來(lái),是因?yàn)楣俜浇榻B他們從產(chǎn)物(目標(biāo)分子)出發(fā),逆向推導(dǎo)出可能的合成路徑和原料,直到最終得到易得或商業(yè)化的原料為止。而且合成結(jié)果支持導(dǎo)出,這對(duì)我個(gè)人來(lái)說(shuō),非常方便引用和實(shí)驗(yàn)參考。

譜圖查詢:摩熵化學(xué)提供的譜圖類(lèi)型豐富,包括氫譜、碳譜、紅外光譜、質(zhì)譜、拉曼光譜。譜圖數(shù)據(jù)可視化支持懸停交互,提供峰位數(shù)據(jù)可一鍵下載方便作圖。為未知結(jié)構(gòu)解析、化合物結(jié)構(gòu)判斷提供了專業(yè)的事實(shí)依據(jù)。更有譜圖反向檢索和譜圖預(yù)測(cè),能夠更精準(zhǔn)的確認(rèn)物質(zhì)結(jié)構(gòu),這對(duì)于解析未知物結(jié)構(gòu)和驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果非常有幫助。

晶體信息查詢:收錄100萬(wàn)條晶體信息,可查看晶體晶胞參數(shù)以及參考文獻(xiàn)。更酷的是,我可以在線查看和編輯晶體的3D結(jié)構(gòu)圖,并在調(diào)整參數(shù)后導(dǎo)出。

物化性質(zhì)模塊:物化性質(zhì)幾乎是化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的標(biāo)配了,摩熵化學(xué)它提供物化性質(zhì)信息,包括沸點(diǎn)、熔點(diǎn)、密度等基本信息,同時(shí)也涉及藥物化學(xué)關(guān)注的LogP、解離常數(shù)、溶解度等性質(zhì)。這些信息全面,我可以查詢化合物在不同測(cè)試條件下的實(shí)驗(yàn)值,并且查看信息來(lái)源的文獻(xiàn)。

優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn):

優(yōu)點(diǎn)是功能全面、數(shù)據(jù)量大、有免費(fèi)版的體驗(yàn)、物化性質(zhì)模塊免費(fèi);擁有特色服務(wù),能夠滿足個(gè)人用戶對(duì)定制化服務(wù)的需求;支持網(wǎng)頁(yè)端和移動(dòng)端同步使用。

缺點(diǎn)是中文界面,對(duì)于非中文使用者來(lái)說(shuō)可能不太方便。

推薦指數(shù):★★★★★

2、CAS SciFinder

推薦理由:權(quán)威的化學(xué)及相關(guān)學(xué)科文獻(xiàn)、物質(zhì)和反應(yīng)信息數(shù)據(jù)庫(kù),功能豐富。

核心功能:

物質(zhì)信息檢索:提供了訪問(wèn)CAS Registry(物質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù))的途徑,是個(gè)權(quán)威性的可靠來(lái)源,包括化學(xué)物質(zhì)及其相關(guān)的化學(xué)結(jié)構(gòu)、化學(xué)名稱和性質(zhì),包括CAS登記號(hào)。

化學(xué)反應(yīng)信息:可以創(chuàng)建合成方案,獲取可靠的最新化學(xué)反應(yīng)信息,這些信息來(lái)源于學(xué)術(shù)期刊、專利、論文和重要的參考文獻(xiàn),包括反應(yīng)方案和詳細(xì)實(shí)驗(yàn)程序。

科學(xué)文獻(xiàn)檢索:SciFinder 提供了全球數(shù)以千計(jì)的科學(xué)文獻(xiàn)詳細(xì)資料,包括生物醫(yī)學(xué)、化學(xué)、工程、材料科學(xué)、農(nóng)業(yè)科學(xué)等領(lǐng)域的文獻(xiàn),我們可以隨時(shí)查看數(shù)字全文文檔。

逆合成路線設(shè)計(jì)工具:提供了基于全球最大的化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)合集CAS REACTIONS并結(jié)合先進(jìn)的算法和人工智能,為已被報(bào)道分子/未被報(bào)道分子提供實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證或預(yù)測(cè)的逆合成路線。

優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn):

優(yōu)點(diǎn)是業(yè)界標(biāo)桿、產(chǎn)品數(shù)據(jù)權(quán)威、功能全面,可高效查詢,是可以提供專利馬庫(kù)什結(jié)構(gòu)的機(jī)構(gòu)。

缺點(diǎn)是價(jià)格昂貴;訪問(wèn)有限制,需要特定IP地址或VPN,鏈接不穩(wěn)定,體驗(yàn)感不好;英文界面,對(duì)國(guó)內(nèi)用戶不太友好。

推薦指數(shù):★★★★★

3、Reaxys數(shù)據(jù)庫(kù)

推薦理由:收錄數(shù)據(jù)范圍涵蓋廣,檢索功能強(qiáng)大,核心信息摘錄深入。

核心功能:

專利和期刊覆蓋廣:超過(guò)1億份文檔的訪問(wèn)權(quán)限,包括來(lái)自18,000種期刊和105個(gè)專利局的全面且最新的期刊和專利信息。

化學(xué)物質(zhì)和反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù):Reaxys擁有超過(guò)2.83億種物質(zhì)和5億個(gè)理化數(shù)據(jù)點(diǎn),包括來(lái)自文章、專利和商業(yè)目錄的物質(zhì),以及實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)(如核磁共振、質(zhì)譜、紅外光譜、晶體特性、溶解度等)。

預(yù)測(cè)性逆合成工具:結(jié)合AI技術(shù)和超過(guò)7300萬(wàn)高質(zhì)量的反應(yīng)數(shù)據(jù),Reaxys的預(yù)測(cè)性逆合成工具可以幫助化學(xué)家規(guī)劃合成路線,分析和編輯反應(yīng)步驟,并根據(jù)起始材料的商業(yè)可用性選擇路線。

設(shè)計(jì)新物質(zhì)和優(yōu)化特性:Reaxys提供了可靠的理化、毒理學(xué)和生物活性數(shù)據(jù)集,幫助化學(xué)家設(shè)計(jì)性能更佳的新型化合物,并優(yōu)化其特性。

優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn):

優(yōu)點(diǎn)是數(shù)據(jù)歷史悠久的數(shù)據(jù)收錄,收錄的期刊數(shù)據(jù)廣泛。

缺點(diǎn)是使用成本相對(duì)較高,這對(duì)于預(yù)算有限的研究機(jī)構(gòu)和個(gè)人用戶來(lái)說(shuō)可能是一個(gè)重要的考慮因素,而且使用不當(dāng),可能會(huì)導(dǎo)致IP被封禁,影響正常使用。

推薦指數(shù):★★★★★

4、ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)

推薦理由:一個(gè)大型開(kāi)放訪問(wèn)的數(shù)據(jù)庫(kù),包含了臨床實(shí)驗(yàn)藥物和批準(zhǔn)藥物的治療靶標(biāo)和適應(yīng)癥,大量類(lèi)藥化合物的生物活性、靶點(diǎn)結(jié)合、功能和ADMET 信息。

核心功能:

生物活性數(shù)據(jù)的提取與整合:ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)從同行評(píng)審的科學(xué)出版物中手動(dòng)提取核心活性數(shù)據(jù),包括化合物測(cè)試、進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)和這些實(shí)驗(yàn)的任何靶標(biāo)信息。

實(shí)驗(yàn)類(lèi)型的詳細(xì)記錄:從每篇出版物中提取所有類(lèi)型的實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié),包括結(jié)合實(shí)驗(yàn)(直接測(cè)量化合物與靶標(biāo)的相互作用)、功能實(shí)驗(yàn)(通常測(cè)量化合物對(duì)途徑、系統(tǒng)或整個(gè)生物體的間接效應(yīng))和ADMET實(shí)驗(yàn)(測(cè)量化合物的藥代動(dòng)力學(xué)屬性、與關(guān)鍵代謝酶的相互作用或?qū)?xì)胞/組織的毒性效應(yīng))。

活性終點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)化:在這些實(shí)驗(yàn)中測(cè)量的活性終點(diǎn)會(huì)以論文中給出的值和單位記錄,但為了改善查詢,也會(huì)盡可能地標(biāo)準(zhǔn)化,將它們轉(zhuǎn)換為給定活性類(lèi)型的優(yōu)選測(cè)量單位。

FDA批準(zhǔn)藥物的數(shù)據(jù):ChEMBL還包含F(xiàn)DA批準(zhǔn)藥物的結(jié)構(gòu)和注釋。對(duì)于每種藥物條目,包括其商品名、給藥途徑、劑量信息和批準(zhǔn)日期等信息。

優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn):

優(yōu)點(diǎn)是ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)集成了化學(xué)、生物活性和基因組數(shù)。

缺點(diǎn)是缺乏對(duì)實(shí)驗(yàn)協(xié)議細(xì)節(jié)的捕捉,數(shù)據(jù)覆蓋不是很全面。

推薦指數(shù):★★★☆☆

5、ChemSpider推薦理由:化學(xué)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)豐富,數(shù)據(jù)來(lái)源廣泛,搜索功能強(qiáng)大。

核心功能:

化學(xué)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù):收錄了數(shù)百萬(wàn)種有機(jī)、無(wú)機(jī)和生物分子的結(jié)構(gòu)、屬性和相關(guān)信息,用戶可以快速訪問(wèn)超過(guò)1.2億個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)及其相關(guān)的屬性和信息。

數(shù)據(jù)整合與鏈接:通過(guò)整合和鏈接來(lái)自數(shù)百個(gè)高質(zhì)量數(shù)據(jù)源的化合物,ChemSpider使得研究人員能夠從單一的在線搜索中發(fā)現(xiàn)最全面的自由可用化學(xué)數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)增強(qiáng):ChemSpider在收集的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上增加額外的屬性、相關(guān)信息,并鏈接回原始數(shù)據(jù)源。

社區(qū)管理:ChemSpider鼓勵(lì)用戶提供反饋或更正,以幫助改進(jìn)數(shù)據(jù)庫(kù)。

優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn):

優(yōu)點(diǎn)是查詢方式多樣,鼓勵(lì)用戶參與上傳信息。

缺點(diǎn)是數(shù)據(jù)范圍小,對(duì)大型分子的支持有限;在語(yǔ)言支持以及客戶服務(wù)方面不如摩熵化學(xué)好。

推薦指數(shù):★★★☆☆

總結(jié):上面推薦的五款都是小編用過(guò)的,不要問(wèn)我為什么沒(méi)有XX平臺(tái),或這款不怎樣等等,小編只想說(shuō)我只介紹我用過(guò)的,沒(méi)用過(guò)的不敢隨便介紹。推薦指數(shù)也是根據(jù)我個(gè)人使用習(xí)慣打的,所以是帶有主觀性的,不是唯一的判斷標(biāo)準(zhǔn)。

整體對(duì)比下來(lái),首推的是CAS SciFinder、Reaxys摩熵化學(xué)。兩大化學(xué)巨頭應(yīng)該不用說(shuō)了,非常不錯(cuò),小編我剛開(kāi)始接觸CAS SciFinder的時(shí)候,還搜索過(guò)“沒(méi)有CAS SciFinder賬號(hào)怎么辦”,后來(lái)使用了,有時(shí)候有些專業(yè)術(shù)語(yǔ)還得靠翻譯。如果從使用角度來(lái)看的話,摩熵化學(xué)其實(shí)作為一個(gè)國(guó)產(chǎn)化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),在界面優(yōu)化、語(yǔ)言支持方面,肯定更加適合國(guó)人的使用習(xí)慣。而且數(shù)據(jù)量也大,能夠查詢的東西也多,之前接觸到摩熵化學(xué)還是因?yàn)樗曳磻?yīng)信息這個(gè)功能。ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)拿來(lái)查詢臨床實(shí)驗(yàn)藥物和批準(zhǔn)藥物的治療靶標(biāo)和適應(yīng)癥這些倒是非常不錯(cuò)。ChemSpider加載比較慢,有些數(shù)據(jù)還沒(méi)有,倒是簡(jiǎn)單用用還是挺可以的。

市面上化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)很多的,要多了解、多使用,才能找到最適合自己的。好了,本期的推薦就到此結(jié)束,以上內(nèi)容都是個(gè)人的觀點(diǎn),哪里措辭不當(dāng)?shù)倪€請(qǐng)大家多多指教!也歡迎大家推薦其他你覺(jué)得好用的化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù),方便大家相互學(xué)習(xí)?。ㄆ鋵?shí)小編還使用過(guò)好多的,就等下次再介紹)

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