CNCB數(shù)據(jù)上傳
CNCB(China National Center for Bioinformation,國(guó)家生物信息中心)
一、官方網(wǎng)址
官網(wǎng)界面
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二、注冊(cè)用戶
點(diǎn)擊Login,進(jìn)入注冊(cè)界面,如果你找不到,那么直接進(jìn)入這個(gè)網(wǎng)址:https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub
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點(diǎn)擊注冊(cè)Register
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填寫相關(guān)信息
如實(shí)填寫即可(注:全部是英文填寫,以及郵箱必須可以收到郵件,下一步需要驗(yàn)證)
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點(diǎn)擊Submit以后,郵箱信息需要等待2-5分鐘左右,我開始一直沒(méi)收到信息,以為是郵箱錯(cuò)誤。
等待以后,你將收到一下信息(郵箱),在24h內(nèi)必須確認(rèn),否則視為無(wú)效、
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三、登陸
OK,到這步你的注冊(cè)就結(jié)束完成了,你可以登陸你的賬號(hào)
登陸界面
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四、上傳數(shù)據(jù)
4.1 創(chuàng)建BioProject
4.1.1 創(chuàng)建
到這一步,你就可以創(chuàng)建你的BioProject文件,以及上傳你的數(shù)據(jù)。
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在這里,我們可以看一下,我們需要填寫的信息,以及最終別人可以看到的信息,我隨機(jī)找了一個(gè)數(shù)據(jù)樣本,如下圖所示:
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提交數(shù)據(jù)
step one:
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進(jìn)入以后,得到如下界面
我們?cè)谶@里,首相創(chuàng)建一個(gè)BioProject項(xiàng)目
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進(jìn)入BioProject,里面有幫助文檔自信查看即可
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點(diǎn)擊新建BioPrject,在這里可以修改相關(guān)信息,系統(tǒng)默認(rèn)是你注冊(cè)時(shí)的信息,修改后點(diǎn)擊保存 并進(jìn)入下一步
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接著需要填寫提交者信息、基本信息、項(xiàng)目類型、出版信息等,總共五個(gè)步驟。
修改發(fā)布時(shí)間,最多只能延遲2年發(fā)布,這個(gè)得需要注意。
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03 項(xiàng)目類型
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05 概覽 &提交
這里你可以看你的全部提交信息
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點(diǎn)擊提交:
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提交以后的狀態(tài)如上所示。
4.1.2 BioProject 發(fā)布和掛起
如用戶需要提前發(fā)布BioProject信息 可 點(diǎn)擊下圖列表中 “立即發(fā)布Release Now))” 完成 提前釋放(Status狀態(tài)會(huì)變?yōu)?Checked OK Public)。此外,請(qǐng)注意當(dāng)您BioProject關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)集發(fā)布后(包括GSA、GWH或是GVM數(shù)據(jù)集),與其關(guān)聯(lián)的BioProject也將同時(shí)發(fā)布。
4.1.2 BioProject修改和刪除
4.1.3 BioProject發(fā)布和掛起
-- 具體操作,請(qǐng)看教程:你可以查看BioProject教程
4.2 創(chuàng)建BioSample (多個(gè)生物學(xué)樣本)
BioProject 是對(duì)研究項(xiàng)目的總體描述。一個(gè)BioProject可包含多個(gè)生物學(xué)樣本(BioSample)
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4.2.1 BioSample創(chuàng)建
查看生物樣本數(shù)據(jù)庫(kù)(BioSample)使用說(shuō)明
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點(diǎn)擊創(chuàng)建新建BioSample
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批量樣本提交(Batch BioSamples)模式(推薦) 只要您一次性上傳的樣本數(shù)大于 1,建議您使用批量樣本提交 Batch BioSamples 具體步驟如下:
- 提交者信息 Submitter))—用于收集數(shù)據(jù)提交者信息 系統(tǒng) 會(huì) 幫您 自動(dòng) 填入 用戶注冊(cè)時(shí)姓名和電子郵件信息, 如部分信息需要調(diào)整, 可直接修改并通過(guò)“ 保存并進(jìn)入下一項(xiàng)( Save and forward))”鍵完成修改。
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在這里需要注意:在這里你有多個(gè)樣本,進(jìn)選擇批量樣本提取,并且選擇前面你創(chuàng)建的項(xiàng)目編號(hào)
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- 樣本類型 Sample Type))—此頁(yè)收集有關(guān)樣本類型信息 。 若 BioProject包含不同類型樣本類型( Sample type),您需要 進(jìn)行 多次 創(chuàng)建 。
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- 樣本屬性
這里需要填寫execl表格
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eg.例子
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4.2.2 單樣本的提交
單樣本目前基本用不到,基本都會(huì)有重復(fù)。如需要請(qǐng)自行看幫助文檔
4.3 提交GSA數(shù)據(jù)(原始RNA-seq)
你可以看GSA的幫助文檔,我們可以直接根據(jù)幫助文檔里面的教程上傳數(shù)據(jù)。其實(shí)在幫助文檔中已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程了
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根據(jù)信息依次填寫,相關(guān)信息即可。
以下你需要填寫相關(guān)的信息,我們?cè)谇懊嬉呀?jīng)創(chuàng)建了BioProject和BioSample信息,在這里直接選擇即可。
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填寫元數(shù)據(jù)信息
詳情信息請(qǐng)自行查看,比較多,也比較繁瑣。