序

本文記錄了：
小提琴圖+箱形圖的繪制，箱形圖放置小提琴圖內(nèi)部，并進行顯著性差異檢驗。

成圖如下所示：

加載所需要的包

library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(ggsci)
library(ggsignif)

查看示例數(shù)據(jù)

str(iris)
'data.frame':   150 obs. of  5 variables:
 $ Sepal.Length: num  5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ...
 $ Sepal.Width : num  3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 3.1 ...
 $ Petal.Length: num  1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
 $ Petal.Width : num  0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ...
 $ Species     : Factor w/ 3 levels "setosa","versicolor",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

table(iris$Species)
    setosa versicolor  virginica 
        50         50         50 

成圖

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species)) +
  geom_violin(trim = FALSE, alpha = 0.5) +
  geom_boxplot(
    width = 0.1, # 箱子寬度，使其能縮進在小提琴里
    fill = "white",
    outlier.shape = 0 # 將離群點畫為一個小方塊，要隱藏則設置為NA
  ) +
  # 添加誤差線
  stat_boxplot(
    geom = "errorbar",
    position = position_dodge(width = 0.1),
    width = 0.1
  ) +
  # 添加散點
  geom_jitter(
    width = 0.2, alpha = 0.3
  )+
  # ggpubr
  theme_pubr() + # 主題先設置，不然會覆蓋后續(xù)的微調(diào)。
  labs(
    title = "Violin Plot with Boxplot",
    subtitle = "Fisher's Iris Data",
    x = "Species",
    y = "Sepal Length",
    caption = "Statistics: Pairwise Wilcoxon rank sum test; *** p < 0.001"
  ) +
  theme(                     
    axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
    legend.title = element_blank()
  )+
  # ggsci
  scale_fill_manual(
    values = ggsci::pal_aaas()(3)
  ) +
  # ggsignif
  geom_signif(
    test = "wilcox.test", # default.
    comparisons = list(
      c("setosa", "versicolor"), # 設置誰與誰比較
      c("setosa", "virginica"),
      c("versicolor", "virginica")
      ),
    step_increase = 0.1, # 當有多個對比線時，每根線向上錯開 10%，防止重疊
    map_signif_level = FALSE # 設置為F(default)，表示直接顯示具體的 P 值數(shù)值，而不是星號（***）
  )