作者：堯小飛
審稿：童蒙
編輯：angelica
目的
10xGenomics官方軟件Cellranger的分析沒(méi)有對(duì)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾，以及不能同其他分析無(wú)縫對(duì)接，需要再次分析。而Seurat作為使用最廣泛的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析軟件，可以對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行各種質(zhì)控以及下游分析。
然而其官方可視化軟件Loupe Browser對(duì)于沒(méi)有R語(yǔ)言基礎(chǔ)的老師來(lái)說(shuō)，是十分方便的分析工具。但由于Seurat結(jié)果與Cellranger結(jié)果并不統(tǒng)一，這對(duì)沒(méi)有R基礎(chǔ)的老師來(lái)說(shuō)又十分不便。
因此，將Seurat降維聚類(lèi)分群的結(jié)果導(dǎo)入到Loupe Browser是十分必要的，這將大大地便于老師自己對(duì)其結(jié)果進(jìn)行分析以及調(diào)整。此文檔就是解決這個(gè)問(wèn)題，實(shí)現(xiàn)可視化。
坐標(biāo)軸結(jié)果導(dǎo)入
01 文件準(zhǔn)備
Seurat分析結(jié)束以后，將其聚類(lèi)結(jié)果輸出。其聚類(lèi)結(jié)果表示每個(gè)細(xì)胞屬于哪一個(gè)亞群，通常在Seurat對(duì)象中的object@active.ident矩陣中，write.csv(object@active.ident,file=clusterResult,quote=F)輸出。
如果老師沒(méi)有R基礎(chǔ)的話，一般測(cè)序公司都會(huì)提供相應(yīng)的文件，其文件格式如下圖所示：
02 文件說(shuō)明
這個(gè)文件有三列，文件是以英文符號(hào)【,】進(jìn)行分割成csv文件。
- 第一列為細(xì)胞barcode的
- 第二列和第三列分布為降維后的tSNE_1和tSNE_2坐標(biāo)，如果是umap降維，則為tUMAP_1和tUMAP_2坐標(biāo)
03 結(jié)果導(dǎo)入
利用Loupe Browser打開(kāi)該樣品的loupe文件，一般cellranger會(huì)輸出此文件。
點(diǎn)擊【Projection】---【Import Projection】,然后導(dǎo)入之前準(zhǔn)備的坐標(biāo)軸文件。這里我使用的文件名稱(chēng)為【樣品名稱(chēng)_tsne_gene.csv】
就會(huì)發(fā)現(xiàn)這個(gè)圖形發(fā)生了變化，變得與Seurat的結(jié)果圖形完全一致。導(dǎo)入后結(jié)果如下：
上圖為導(dǎo)入后Loupe Browser結(jié)果
上圖為Seurat分析的結(jié)果圖
通過(guò)結(jié)果發(fā)現(xiàn)，其形狀完全一致，因此到這里，Seurat的坐標(biāo)軸結(jié)果導(dǎo)入完成。
聚類(lèi)結(jié)果導(dǎo)入
01 文件準(zhǔn)備
下一步將導(dǎo)入聚類(lèi)結(jié)果，聚類(lèi)結(jié)果的導(dǎo)入與坐標(biāo)軸結(jié)果類(lèi)似，在分析Seurat結(jié)果對(duì)象中的矩陣中，通常在Seurat對(duì)象中的object@active.ident矩陣中，write.csv(object@active.ident,file=clusterResult,quote=F)輸出，其文件格式如下圖所示：
02 文件說(shuō)明
這個(gè)文件有兩列：
- 第一列為細(xì)胞barcode的，
- 第二列為細(xì)胞亞群的名稱(chēng)，文件是以英文符號(hào)【,】進(jìn)行分割從csv文件。
03 結(jié)果導(dǎo)入
利用Loupe Browser打開(kāi)該樣品的loupe文件
點(diǎn)擊【Categories】--【Import Categories】
然后導(dǎo)入此文件，這里我使用的文件名稱(chēng)為【樣品名稱(chēng)_cell_cluster.csv】，然后就會(huì)發(fā)現(xiàn)這個(gè)聚類(lèi)發(fā)生了變化，變得與Seurat的結(jié)果聚類(lèi)完全一致。導(dǎo)入后結(jié)果如下：
上圖為導(dǎo)入后Loupe Browser結(jié)果
上圖為Seurat分析的結(jié)果圖
通過(guò)結(jié)果發(fā)現(xiàn)，其聚類(lèi)顏色完全一致，因此到這里，Seurat的聚類(lèi)結(jié)果導(dǎo)入完成。
注意事項(xiàng)
文件格式：均是csv文件，列與列之間都是通過(guò)英文符號(hào)【,】分割。
Seurat分析結(jié)果的barcode格式，這里都是用的barcode-1格式。如果不是這種格式，可能會(huì)報(bào)錯(cuò)，也就是說(shuō)在Seurat分析的時(shí)候，不能隨便修改格式。
如果是多樣品，需要將多個(gè)樣品通過(guò)Cellranger aggr合并以后才可以，Seurat不能直接導(dǎo)出loupe文件。
Seurat的結(jié)果一般來(lái)說(shuō)其細(xì)胞數(shù)會(huì)少于Cellranger的細(xì)胞數(shù)。
