【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（二）Loupe Browser 4.0.0

舊號(hào)無故被封，小號(hào)再發(fā)一次

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1. 新版10X Visium
2. 舊版Sptial

Loupe Browser支持對(duì)Visium空間基因表達(dá)解決方案中的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。這包括在組織圖像的空間范圍內(nèi)全部執(zhí)行以下分析的能力：

  • 詢問重要的基因。
  • 表征和優(yōu)化集群。
  • 執(zhí)行差異表達(dá)分析。

System Requirements

Windows

Windows 7 (64-bit) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended
Updated video/display drivers recommended

macOS

macOS 10.12 (Sierra) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended

下載與安裝

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/installation
要使用Loupe Browser，請(qǐng)打開Space Ranger分析軟件生成的任何.cloupe文件 。Space Ranger .cloupe文件嵌入了以下信息：

  • 組織圖像的平鋪版本，用作Space Ranger的輸入以啟用縮放。
  • 幻燈片上所有斑點(diǎn)的基因表達(dá)信息。
  • 有關(guān)圖像中光斑對(duì)齊的信息。
  • 斑點(diǎn)的各種基于基因表達(dá)的聚類信息，包括t-SNE和UMAP投影。

導(dǎo)航欄工具介紹

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/navigation

image.png

看著用法有點(diǎn)像PS啊
Spatial View
image.png

還能導(dǎo)入投影
有許多腳本和第三方工具可用于生成數(shù)據(jù)的不同投影，包括但不限于以下各項(xiàng)：

  • 替代的聚類和投影算法，例如軌跡分析。

  • 過濾數(shù)據(jù)以清除不想要的偽影，例如死亡或垂死的細(xì)胞。


    image.png

    導(dǎo)入投影的csv格式如下：
    標(biāo)頭是必需的。

  • 第一列是條形碼，至少是.cloupe文件中條形碼的子集。
  • 第二列是代表X坐標(biāo)的數(shù)字。
  • 第三列是代表Y坐標(biāo)的數(shù)字。

教程-空間基因表達(dá)

更詳細(xì)的操作教程請(qǐng)參考官方網(wǎng)站https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/analysis#dataset

手動(dòng)對(duì)齊圖像

Space Ranger管線使用 自動(dòng)圖像檢測(cè)算法 來計(jì)算基準(zhǔn)標(biāo)記的位置，并找到組織的邊界。當(dāng)不能自動(dòng)識(shí)別對(duì)齊時(shí)，就要手動(dòng)對(duì)齊了，請(qǐng)參考官網(wǎng)：
https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/alignment

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