一 結(jié)果文件說明

??? 1? VCF (Variant Call Format)是儲(chǔ)存Variation結(jié)果的文件格式 該文件的#列為文件的詳細(xì)解讀信息

??? 2? *.hg19_multianno.xls是在VCF的基礎(chǔ)上，用ANNOVAR注釋，并增加OMIM、GO、KEGG等數(shù)據(jù)庫功能注釋信息。

二 結(jié)果文件（*.hg19_multianno.xls）按照功能區(qū)域注釋基因及區(qū)域注釋

變異位點(diǎn)所處的基因（對(duì)應(yīng)的氨基酸）可能直接與疾病相關(guān)。公司對(duì)變異位點(diǎn)進(jìn)行已知基因結(jié)構(gòu)及所處區(qū)域注釋，有助于老師了解此變異位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)及所處區(qū)域信息。

CHROM：染色體

POS：變異位點(diǎn)在染色體上的絕對(duì)位置

ID：dbSNP注釋ID

REF：參考基因組堿基型

ALT：樣本基因組堿基型

Func.refGene：對(duì)變異位點(diǎn)所在的區(qū)域進(jìn)行注釋（exonic,splicing, UTR5, UTR3, intronic, ncRNA_exonic, ncRNA_intronic, ncRNA_UTR3,ncRNA_UTR5, ncRNA _splicing, upstream, downstream,intergenic）。

說明：1、exonic應(yīng)該包括coding exonic portion、UTR3和UTR5，但ANNOVAR注釋結(jié)果中exonic只代表coding exonic portion。2、當(dāng)一個(gè)變異位點(diǎn)位于多個(gè)基因或轉(zhuǎn)錄本，且功能不同，這些功能按照優(yōu)先級(jí)排序，該列輸出優(yōu)先級(jí)最高的功能類型：Exonic = splicing > ncRNA> > UTR5/UTR3 > intron > upstream/downstream? > intergenic。當(dāng)一個(gè)變異既位于一個(gè)基因的UTR3，又位于另一個(gè)基因的UTR5時(shí)，該列輸出"UTR5,UTR3"。當(dāng)一個(gè)變異既位于一個(gè)基因的downstream，又位于另一個(gè)基因的upstream時(shí)，該列輸出"upstream,downstream "。

Gene.refGene：列出該變異位點(diǎn)相關(guān)的基因。

XXXlocalfreq：公司正常人外顯子數(shù)據(jù)庫中，該變異位點(diǎn)上突變堿基的等位基因頻率；例如：0.32；表示假設(shè)數(shù)據(jù)庫中1000人，其中320個(gè)人有該突變；

hgmd_variantType，hgmd_pmid：人類基因突變數(shù)據(jù)庫注釋，給出該變異位點(diǎn)相關(guān)的突變類型和在HGMD數(shù)據(jù)庫中的ID

omim_id：孟德爾遺傳病數(shù)據(jù)庫注釋，給出與變異位點(diǎn)所在基因相關(guān)的OMIM數(shù)據(jù)庫ID

pho_or_dis，chpo_or_dis：給出與變異位點(diǎn)所在基因相關(guān)的遺傳疾病中英文表型名稱或疾病信息

inheritance：給出與變異位點(diǎn)所在基因相關(guān)的遺傳方式

GeneDetail.refGene：描述UTR、splicing、ncRNA_splicing或intergenic區(qū)域的變異情況。當(dāng)Func列的值為exonic、ncRNA_exonic、intronic、ncRNA_intronic、upstream、downstream、upstream；downstream、ncRNA_UTR3、ncRNA_UTR5時(shí)，該列為空；當(dāng)Func列的值為exonic;splicing時(shí)，表示該位點(diǎn)位于某些轉(zhuǎn)錄本的exonic區(qū)，另一些轉(zhuǎn)錄本的splicing區(qū)，這種情況下，GeneDetail會(huì)給出該位點(diǎn)對(duì)于轉(zhuǎn)錄本splicing的影響，例如，NM_1524XX:exon3:c.232C>T，表示該變異位于轉(zhuǎn)錄本NM_1524XX上，exon3表示第3個(gè)外顯子，c.232C>T表示cDNA的232bp處發(fā)生由C到T的突變；當(dāng)Func列的值為intergenic時(shí)，該列格式為dist=1322;dist=12414，表示該變異位點(diǎn)距離兩側(cè)基因的距離

ExonicFunc.refGene：外顯子區(qū)的SNV or InDel變異類型（SNV的變異類型包括synonymous_SNV, missense_SNV, stopgain,stopgloss和unknown；InDel的變異類型包括frameshift insertion, frameshift deletion, stopgain, stoploss, nonframeshift insertion, nonframeshift deletion和unknown）

AAChange.refGene：氨基酸改變，只有當(dāng)Func列為exonic或exonic;splicing時(shí)，該列才有結(jié)果。按照每個(gè)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行注釋（例如，AIM1L:NM_001039775:exon2:c.C2768T:p.P923L，其中，AIM1L表示該變異所在的基因名稱，NM_001039775表示該變異所在的轉(zhuǎn)錄本ID，exon2表示該變異位于轉(zhuǎn)錄本的第二個(gè)外顯子上，c.C2768T表示該變異引起cDNA在第2768位上由C突變?yōu)門，p.P923L表示該變異引起蛋白序列在第923位上的氨基酸由Pro變?yōu)長eu）,再如，F(xiàn)MN2:NM_020066:exon1:c.160_162del:p.54_54del，表示該變異引起cDNA的第160到162位發(fā)生刪除，p.54_54del表示該變異引起蛋白序列在第54位上的氨基酸刪除

*.wgEncodeGencodeBasicV19：Gencode對(duì)變異位點(diǎn)所在的區(qū)域進(jìn)行注釋（相關(guān)解釋同*.refGene）

cpgIslandExt：CpG島預(yù)測結(jié)果，注釋結(jié)果為CpG島名稱，如CpG:?116(116是該CpG島中CG二核苷酸的數(shù)目)

cytoband：該變異位點(diǎn)所處的染色體區(qū)段（利用Giemas染色觀察得到的）。如果變異位點(diǎn)跨過多個(gè)區(qū)段，用短橫線連接

wgRna：基于miRBase和snoRNABase，對(duì)變異位點(diǎn)相關(guān)的microRNA和snoRNA進(jìn)行注釋，給出microRNA和snoRNA的基因名稱

targetScanS：UCSC提供TargetScanS注釋數(shù)據(jù)庫，庫中包含在3’UTR中保守的microRNA結(jié)合位點(diǎn)，來源于TargetScanHuman5.1的預(yù)測結(jié)果；該軟件預(yù)測microRNA的靶點(diǎn)，預(yù)測結(jié)果依據(jù)microRNA與靶點(diǎn)之間結(jié)合的效能進(jìn)行排序，排名越靠前，說明microRNA與其靶點(diǎn)的結(jié)合越可能是實(shí)際存在的事件。此項(xiàng)給出microRNA靶點(diǎn)的信息，一是score，是該靶點(diǎn)的分值，反映的是結(jié)合效能的排名，因此，score越大，說明排名越靠后，實(shí)際發(fā)生該結(jié)合的可能性越小，作者沒有推薦閾值；二是Name，是作用于該靶點(diǎn)的microRNA名稱。例如，Score=62;Name=KRAS:miR-181:1，表示該靶點(diǎn)的分值是62，其位于KRAS基因的3’UTR中，受到該變異位點(diǎn)影響的microRNA是miR-181:1。表示該變異位點(diǎn)位于microRNA（miR-181:1）在基因KRAS的3’UTR上的結(jié)合位點(diǎn)。

tfbsConsSites：基于transfac矩陣數(shù)據(jù)庫(v7.0)，計(jì)算所有轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)在人/小鼠/大鼠比對(duì)中的保守分值，當(dāng)結(jié)合位點(diǎn)的分值達(dá)到閾值時(shí)，認(rèn)為該位點(diǎn)在人/小鼠/大鼠中保守。該列給出的是該變異位點(diǎn)所在的保守轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的位置和分值，即Name和Score。Name是結(jié)合位點(diǎn)處的motif名稱，這些motif能夠被轉(zhuǎn)錄因子識(shí)別，例如V$CDPCR3_01，利用一些在線服務(wù)器（如MSigDB）能夠查詢這個(gè)motif能夠被哪些轉(zhuǎn)錄因子識(shí)別；Score是該結(jié)合位點(diǎn)的保守分值

genomicSuperDups：檢測該變異位點(diǎn)是否位于重復(fù)片段（segmental duplication）中。重復(fù)區(qū)域中檢測到的遺傳變異大多數(shù)是由于序列比對(duì)錯(cuò)誤造成的，所以被注釋到segmental duplications的變異需要謹(jǐn)慎對(duì)待，很可能是假陽性位點(diǎn)。給出兩個(gè)值，一是Name，表示基因組中與該變異位點(diǎn)所在區(qū)域相似的片段的位置；二是Score，表示兩個(gè)相似片段的序列一致性。例如，Score=0.994828;Name=chr19:60000，表示chr19:60000所在片段跟該變異位點(diǎn)所在片段相似，序列一致性為0.994828，范圍0~1

rmsk：重復(fù)序列注釋信息，重復(fù)序列來源于RepeatMasker注釋。例如,Name="1385:(CACCC)n(Simple_repeat)"。Name由兩部分構(gòu)成，一部分(CACCC)n是repeat的名稱，另一部分Simple是repeat的類別。只要有注釋信息，就表明該變異位于散在重復(fù)序列或低復(fù)雜度序列中；這些區(qū)域容易出現(xiàn)比對(duì)錯(cuò)誤，所以該區(qū)域的變異位點(diǎn)可靠性不高 保守（有害）性預(yù)測個(gè)體中的突變往往非常多（全基因組范圍內(nèi)能達(dá)到3.6M-4.4M），而真正有害的突變卻是罕見的，有很多根據(jù)變異位點(diǎn)的保守性等信息進(jìn)行有害性預(yù)測的軟件能幫助我們進(jìn)行突變位點(diǎn)的有害性評(píng)估。采用國際慣用的變異有害性預(yù)測軟件對(duì)突變位點(diǎn)的有害性進(jìn)行預(yù)測，協(xié)助找出真正有害的突變位點(diǎn)。

SIFT：SIFT分值(dbNSFP version 3.0)，表示該變異對(duì)蛋白序列的影響。逗號(hào)前后分別是SIFT_score和SIFT_pred：SIFT_score是SIFT分值，分值越小越可能“有害”，表明該SNP導(dǎo)致蛋白結(jié)構(gòu)或功能改變的可能性大。SIFT_pred是預(yù)測結(jié)果，取值為T或者D。當(dāng)該變異同時(shí)影響多個(gè)蛋白序列時(shí)，對(duì)每條蛋白序列有一個(gè)SIFT值，取最小值。D: Deleterious (sift<=0.05); T: tolerated (sift>0.05)）

Polyphen2_HVAR：利用PolyPhen2基于HumanVar數(shù)據(jù)庫預(yù)測該變異對(duì)蛋白序列的影響，用于孟德爾遺傳病的診斷(dbNSFP version 3.0)。逗號(hào)前后分別是Polyphen2_HVAR_score和Polyphen2_HVAR_pred：Polyphen2_HVAR_score是PolyPhen 2分值，數(shù)值越大越可能“有害”，表明該SNP導(dǎo)致蛋白結(jié)構(gòu)或功能改變的可能性大；Polyphen2_HVAR_pred是預(yù)測結(jié)果，取值為D或P或B（D: Probably damaging (>=0.909), P: possibly damaging (0.447<=pp2_hvar<=0.909); B: benign (pp2_hvar<=0.446)）Polyphen2_HDIV：利用PolyPhen2基于HumanDiv數(shù)據(jù)庫預(yù)測該變異對(duì)蛋白序列的影響，用于復(fù)雜疾病(dbNSFP version? 3.0)。逗號(hào)前后分別是Polyphen2_HDIV_score和Polyphen2_HDIV_pred：Polyphen2_HDIV_score是PolyPhen2分值，數(shù)值越大越可能“有害”，表明該SNP導(dǎo)致蛋白結(jié)構(gòu)或功能改變的可能性大；Polyphen2_HDIV_pred是預(yù)測結(jié)果，取值為D或P或B（D:Probably damaging (>=0.957), P: possibly damaging (0.453<=pp2_hdiv<=0.956); B: benign(pp2_hdiv<=0.452)）

MutationTaster： MutationTaster預(yù)測結(jié)果(dbNSFP version3.0)，表示該變異對(duì)蛋白序列的影響。逗號(hào)前后分別是MutationTaster_score和MutationTaster_pred：MutationTaster_score是MutationTaster分值，取值為0-1，分值越大，表示預(yù)測結(jié)果越可靠。MutationTaster_pred是預(yù)測結(jié)果，取值為A、D、N或者P。"A"("Disease_causing_automatic"); "D"("Disease_causing"); "N" ("Polymorphism"); "P"("Polymorphism_automatic")。A和D都表示位點(diǎn)可能有害。

MutationAssessor：MutationAssessor預(yù)測結(jié)果(dbNSFP version? 3.0)，表示該變異對(duì)蛋白序列的影響。逗號(hào)前后分別是MutationAssessor_score和MutationAssessor_pred：MutationAssessor_score是MutationAssessor初始分值，越大越可能“有害”，表明該SNP導(dǎo)致蛋白結(jié)構(gòu)或功能改變的可能性大。MutationAssessor_pred是H、M、L或N（H:? high; M: medium; L: low; N: neutral.）。H和M表示功能性的，L和N表示non-functional??

LRT：LRT預(yù)測結(jié)果(dbNSFP version3.0)，表示該變異對(duì)蛋白序列的影響。逗號(hào)前后分別是LRT_score和LRT_pred：LRT_score是LRT分值，分值越小越可能“有害”，表明該SNP導(dǎo)致蛋白結(jié)構(gòu)或功能改變的可能性大。LRT_pred是預(yù)測結(jié)果，取值為D、N或者U(D:Deleterious; N: Neutral; U: Unknown)

FATHMM：FATHMM預(yù)測結(jié)果(dbNSFP version3.0)，表示該變異對(duì)蛋白序列的影響。逗號(hào)前后分別是FATHMM_score和FATHMM_pred：FATHMM_score是FATHMM初始分值，分值小于-1.5認(rèn)為是Deleterious，分值越小越可能有害，表明該SNP導(dǎo)致蛋白結(jié)構(gòu)或功能改變的可能性大。FATHMM_pred是D或T（D:Deleterious; T: Tolerated)?

phyloP46way_placental: PhyloP預(yù)測結(jié)果(dbNSFP version3.0)，基于46個(gè)哺乳動(dòng)物物種的多序列比對(duì)得到位點(diǎn)的保守性分值，分值越大，位點(diǎn)越保守。該分值考慮的是變異位點(diǎn)的保守性，而非考慮該位點(diǎn)上的堿基，所以無論該位點(diǎn)上是同義突變還是非同義突變，score都相同。該分值用來尋找具有功能重要性的位點(diǎn)，利用這些score值，能夠推斷出疾病易感性位點(diǎn)

phyloP100way_vertebrate： PhyloP預(yù)測結(jié)果(dbNSFP version3.0)，基于100個(gè)脊椎動(dòng)物物種的多序列比對(duì)得到位點(diǎn)的保守性分值，分值越大，位點(diǎn)越保守

CADD：CADD是一種對(duì)SNV、InDel的有害性進(jìn)行打分的工具，它整合多種信息來注釋變異位點(diǎn)的功能；不僅預(yù)測編碼區(qū)變異（包括同義突變和非同義突變的影響）的功能影響，還預(yù)測非編碼區(qū)變異的功能影響。對(duì)于SNP，僅對(duì)CADD分值排名在前10%的SNP給出分值，‘.'表示CADD分值排名不在前10%。我們的注釋結(jié)果中，有分值時(shí)，逗號(hào)前后分別是CADD和CADD_Phred；CADD列是初始分值，CADD_Phred是轉(zhuǎn)換后的分值；沒有分值，即為'.'時(shí)，表示CADD_Phred值小于10。CADD_Phred分值中，10表示score排名在前10%，20表示前1%，30表示前0.1%，因此，分值要求越低，能保留下來的位點(diǎn)越多。對(duì)于SNP，CADD作者建議CADD_Phred分值>15，文章中通常用10或15；InDel沒有建議值

SiPhy_29way_logOdds：與phylop類似，SiPhy是基于29種哺乳動(dòng)物的多序列比對(duì)得到位點(diǎn)的保守性分值，分值越大，位點(diǎn)越保守(dbNSFP version 3.0)

gerp++gt2：dbNSFP version3.0中的gerp++只包含coding variant的注釋。為了注釋所有變異位點(diǎn)的保守性，ANNOVAR整理了gerp++gt2，包含GERP++ 分值大于2的位點(diǎn)。越保守的位點(diǎn)發(fā)生變異，對(duì)于蛋白的影響越大。分值越高，位點(diǎn)越保守。通常，GERP++ 分值大于2的位點(diǎn)認(rèn)為是保守位點(diǎn)，可能具有功能數(shù)據(jù)庫（頻率）注釋人群中有很多變異位點(diǎn)是多態(tài)性的（高頻的），而真正有害的變異位點(diǎn)一般是低頻的。公司對(duì)每個(gè)變異位點(diǎn)注釋國際通用的部分?jǐn)?shù)據(jù)庫中的頻率及臨床相關(guān)信息，有助于了解這個(gè)變異位點(diǎn)發(fā)生的頻率高低（臨床相關(guān)）的信息，協(xié)助找出致病突變位點(diǎn)。

wgEncode*HMM：non-coding區(qū)域的注釋

avsnp147：該變異在dbSNP（版本147）中的ID

?CLIN*：（clinvar_20170130）注釋變異與人類健康之間的關(guān)系，臨床意義的數(shù)據(jù)來源于NCBI,格式為：CLINSIG=Pathogenic;CLNDBN=Immunodeficiency_38;CLNACC=RCV000162196.3;CLNDSDB=MedGen:OMIM;CLNDSDBID=CN221808:616126。CLINSIG代表變異位點(diǎn)在臨床意義，可取值為Benign，Likely benign，Likely pathogenic，Pathogenic，drug response，not provided，Uncertain significance，other。CLINDBN代表變異位點(diǎn)相關(guān)的疾病名稱。CLNACC代表變異在CLINVAR數(shù)據(jù)庫中的accession號(hào)和版本號(hào)。CLNDSDB是疾病關(guān)聯(lián)信息的數(shù)據(jù)庫來源，CLNDSDBID是數(shù)據(jù)庫中的編號(hào)。

gwasCatalog：檢測變異位點(diǎn)是否在以往的GWAS研究中被報(bào)導(dǎo)，表示該變異位點(diǎn)與哪些疾病相關(guān)聯(lián)，“.”表示沒有GWAS報(bào)導(dǎo)

1000g2015aug_Chinese： 給出千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)（2015年8月公布的版本）的中國人群中，該變異位點(diǎn)上突變堿基的等位基因頻率

1000g2015aug_eas：給出千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)（2015年8月公布的版本）的東亞人群中，該變異位點(diǎn)上突變堿基的等位基因頻率

1000g2015aug_all：給出千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)（2015年8月公布的版本）的所有人群中，該變異位點(diǎn)上突變堿基的等位基因頻率，文獻(xiàn)通常采用0.01的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行過濾

esp6500siv2_all：國家心肺和血液研究所外顯子組測序計(jì)劃（NHLBI-ESP project，esp6500si_all數(shù)據(jù)庫中包含SNP變異、InDel變異和Y染色體上的變異的所有個(gè)體中，突變堿基的等位基因頻率（alternative allele frequency），文獻(xiàn)中通常采用0.01的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行過濾.

ExAC_ALL：ExAC是Exome Aggregation Consortium的簡稱，整合了60706個(gè)無親緣關(guān)系個(gè)體的數(shù)據(jù)，這些個(gè)體來源于大量disease-specific研究和群體遺傳學(xué)研究，能夠用做嚴(yán)重疾病研究的reference set of allele frequency。目前ExAC數(shù)據(jù)庫中包括ALL, AFR (African), AMR (Admixed American), EAS (East Asian), FIN (Finnish), NFE (Non-finnish European), OTH(other), SAS (South Asian)。ExAC_ALL是指在所有人群中，該變異位點(diǎn)上突變堿基的等位基因頻率，文獻(xiàn)中通常采用0.01的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行過濾

ExAC_EAS：在ExAC的東亞人群中，該變異位點(diǎn)上突變堿基的等位基因頻率

gnomAD_exome_*： Aggregation Database(gnomAD)基因組聚合數(shù)據(jù)庫（gnomAD）是一個(gè)研究者聯(lián)盟，旨在整合和協(xié)調(diào)各種大型測序項(xiàng)目的外顯子組和基因組測序數(shù)據(jù)，并為更廣泛的科學(xué)界提供摘要數(shù)據(jù)。 在第一個(gè)版本中只包含了外顯子組數(shù)據(jù)，因此被稱為Exome Aggregation Consortium（ExAC);相關(guān)釋義見ExAC_*

InterVar(automated)：InterVar按照ACMG檢驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)給出的致病性分級(jí)基因功能及通路注釋 對(duì)突變位點(diǎn)所在基因進(jìn)行疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫，通路及功能相關(guān)注釋，能了解到該突變位點(diǎn)是否已知與某類型疾病相關(guān)，也能了解到該突變位點(diǎn)所在基因存在于哪些通路中，對(duì)了解該基因的生物學(xué)功能有重要意義。

GO：Gene Ontology數(shù)據(jù)庫注釋，GO是基因本體學(xué)注釋，包括了基因的生物學(xué)過程（Biological Process，BP），細(xì)胞組分（Cellular Component，CC）和分子功能（Molecular Function，MF）的注釋。給出變異位點(diǎn)所在蛋白質(zhì)或者基因參與的生物學(xué)通路名稱。

KEGG_PATHWAY：全基因組及代謝途徑數(shù)據(jù)庫注釋，給出變異位點(diǎn)所在基因參與的代謝通路名稱

Swissprot：是一個(gè)蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，在整合其他數(shù)據(jù)庫信息的基礎(chǔ)上以較低的冗余度實(shí)現(xiàn)對(duì)蛋白質(zhì)的評(píng)注功能，如功能描述、結(jié)構(gòu)域、翻譯后修飾、變體等；變異位點(diǎn)信息 此部分信息為變異位點(diǎn)的詳細(xì)信息，包括變異位點(diǎn)的覆蓋深度，突變前后堿基型和純雜合信息等。變異位點(diǎn)的信息能在家系分析或者篩選中起到重要的作用。GT:GQ:DP:AD:ARQAUL：變異的質(zhì)量值，值越高越好，文獻(xiàn)中常見20以上的過濾標(biāo)準(zhǔn)

FILTER：過濾TAG，如果該位點(diǎn)滿足所有過濾條件，則標(biāo)記為PASS（過濾條件采用的是國際慣用的過濾標(biāo)準(zhǔn)）

INFO：變異軟件檢測的變異位點(diǎn)信息

FORMAT：用“：”分隔了若干個(gè)字段：

?GT:該位點(diǎn)基因型（Genotype）。0代表Allele和ref相同，1、2、3等代表Allele和ref不同；純合：0/0，1/1；雜合：0/1

?GQ:基因型質(zhì)量值（對(duì)應(yīng)格式0/0，0/1，1/1三種基因型,質(zhì)量值越大越好）

?DP:該位點(diǎn)測序深度（覆蓋的總reads數(shù)）

AD: 該位點(diǎn)變異堿基型的深度（非參考?jí)A基的reads數(shù)）

AR：變異堿基型的深度占總深度的比例

Genotype：與FORMAT列對(duì)應(yīng)，‘:'分隔的每一部分對(duì)應(yīng)FORMAT‘:’分隔的每一部分；?

優(yōu)先級(jí)信息 通過積累公開文獻(xiàn)中的篩選標(biāo)準(zhǔn)，僅作為指導(dǎo)和參考。

1）該位點(diǎn)不在genome repeat 區(qū)域（即genomicSuperDups和Repeat 沒有注釋信息）

2）千人基因組數(shù)據(jù)庫中頻率小于0.01

3）該位點(diǎn)位于exonic 或者 splicing 區(qū)域

4）該位點(diǎn)經(jīng)SIFT、Polyphen、MutationTaster、CADD預(yù)測至少有一個(gè)軟件預(yù)測為有害

5）該位點(diǎn)位于exonic 或者 splicing 區(qū)域

6）去掉本地?cái)?shù)據(jù)庫中高頻出現(xiàn)的變異

7）去掉Qual小于20，F(xiàn)ilter為lowQual的變異

8）gnomAD中各個(gè)種群最大MAF值<1%

9）去掉基因間的變異，保留外顯子以及距離剪接位點(diǎn)10個(gè)堿基之內(nèi)的變異（但要保留HGMD，clinvar中報(bào)道的致病或疑似致病及VUS的變異）