目前最好用、最完整的功能注釋軟件是 eggnog-mapper。
新版本包括基因組和功能數(shù)據(jù)庫(kù)的全面更新，以及效率增強(qiáng)和幾個(gè)新功能。
從原始重疊群進(jìn)行從頭基因預(yù)測(cè)
成對(duì)直系同源預(yù)測(cè)
快速發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域
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自動(dòng)化GFF修飾
網(wǎng)頁(yè)版
網(wǎng)頁(yè)版地址：http://eggnog-mapper.embl.de
提交后會(huì)收到郵件，點(diǎn)下面連接，然后點(diǎn) “start job”
本地版
emapper.py -i ./pep.fasta \
-o egg --itype proteins -m diamond --cpu 20 1>emapper.log 2>&1
腳本可在github上面下載
eggnog-mapper/emapper.py at master · eggnogdb/eggnog-mapper · GitHub
統(tǒng)計(jì)和可視化
這里用到一個(gè)腳本進(jìn)行結(jié)果統(tǒng)計(jì)和可視化
eggnogmapper.R egg.emapper.annotations pep.fasta
