? 通過(guò)linux服務(wù)器終端下載轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文件的方式有很多，不同數(shù)據(jù)庫(kù)可能需要執(zhí)行不同的下載代碼，我在這簡(jiǎn)單梳理一下。（因?yàn)閯偨佑|linux系統(tǒng)，肯定會(huì)存在紕漏，敬請(qǐng)指正?。?/p>
1.NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)
我首先嘗試的是
wget https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR11955376/SRR11955376
然而，這種方式下載速度非常慢。上網(wǎng)查詢后發(fā)現(xiàn)很多人推薦使用sratoolkit來(lái)下載NCBI上的sra文件（下載鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/tools/）
下載安裝sratoolkit后輸入：
prefetch SRP133642
可直接下載目標(biāo)文件
注：很多帖子說(shuō)可以用prefetch+aspera的方式高速下載sra文件，但我一直沒(méi)成功?？赡苁且?yàn)閚cbi已經(jīng)不支持aspera下載sra文件的方式（參考鏈接：https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/255）
#批量下載
從ncbi的sra數(shù)據(jù)庫(kù)上下載access_list.txt文件
然后執(zhí)行：
cat SRR_Acc_List.txt |while read id;do (prefetch $id -X 100G );done #可加nohup掛后臺(tái)下載
2.ENA數(shù)據(jù)庫(kù)
網(wǎng)上很多人推薦從ena下載sra數(shù)據(jù)，不僅是因?yàn)閑na仍然支持aspera高速下載，而且可以直接下載fastq文件，不需要后續(xù)sra文件到fastq文件轉(zhuǎn)換。
下載代碼：
ascp -QT -l 300m -P33001? \
-i ~/miniconda3/envs/cellranger/etc/asperaweb_id_dsa.openssh? \
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805931/SRR1805931_1.fastq.gz .
#批量下載
#進(jìn)入ena數(shù)據(jù)庫(kù)下載TSV文件，整理成如下形式
#fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/008/SRR1039508/SRR1039508_1.fastq.gz
? fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/009/SRR1039509/SRR1039509_1.fastq.gz
? fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/000/SRR1039510/SRR1039510_1.fastq.gz
? fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/008/SRR1039508/SRR1039508_2.fastq.gz
? ....
cat fq.txt |while read id
do
ascp -QT -l 300m -P33001? \
-i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh? \
era-fasp@$id? .
done
（ena數(shù)據(jù)庫(kù)默認(rèn)的ascp id是era-fasp）
3.GSA數(shù)據(jù)庫(kù)
GSA數(shù)據(jù)庫(kù)是中科院北京基因組研究所生命與健康大數(shù)據(jù)中心開(kāi)發(fā)的原始組學(xué)數(shù)據(jù)歸檔庫(kù)。與以上兩種數(shù)據(jù)庫(kù)類似，主要用于存儲(chǔ)測(cè)序文件。
下載方式：
#根據(jù)項(xiàng)目號(hào)查找項(xiàng)目
wget -c -r -np -k -L -p? ftp://download.big.ac.cn/gsa/[GSA_ID]/ #按項(xiàng)目號(hào)搜索后可以得到下載鏈接，替換即可
wget -i file1.txt
（file.txt：將數(shù)據(jù)下載鏈接匯總為一個(gè)txt文件）
#使用aspera下載（未成功，代碼執(zhí)行后需要密碼，可能需要管理員權(quán)限？）
ascp -P33001 -i ~/miniconda3/envs/cellranger/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -Q -T -l 200m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa2/CRA006042 ~/scrna/raw/PRJCA008174/
