為什么想要的gene克隆了n多次都得不到?是不是應(yīng)該考慮下反轉(zhuǎn)錄……

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通常來說,真核生物的基因,這里主要指的是植物gene的克隆,常以cDNA為模板進(jìn)行克隆。這就有個問題,很多同學(xué)想要的基因嘗試克隆了N多次都拿不到,這就很惱火,連基因都拿不到,還搞什么?

問題的關(guān)鍵應(yīng)該首先考慮cDNA。

只要cDNA沒有問題,那理論上肯定可以克隆到想要的基因。這就不得不考慮RNA的質(zhì)量以及反轉(zhuǎn)錄質(zhì)量。只有謹(jǐn)慎操作,從源頭避免問題,才能在后續(xù)實(shí)驗中規(guī)避掉盡可能多的意外bug

RNA提取的注意事項

RNA的質(zhì)量幾乎決定了后續(xù)實(shí)驗的成敗。常見的挑戰(zhàn)有:RNA降解、低純度、低產(chǎn)率及DNA污染等。
1?采樣后立即穩(wěn)定RNA
RNA不穩(wěn)定,極易降解。許多樣品含有高水平的RNase,會快速降解RNA。
為保證RNA最大程度的穩(wěn)定,應(yīng)在采樣后立即置于液氮,并盡快提取RNA。2 確保樣品充分溶解
這是提高RNA產(chǎn)量和質(zhì)量的重要一環(huán)。3 消除DNA污染注意:目前RNA的提取已十分便捷,只需按照試劑盒操作步驟嚴(yán)格執(zhí)行,基本上不會出現(xiàn)大的問題。

反轉(zhuǎn)錄原理

(上)真核生物mRNA結(jié)構(gòu)的最大特征是5‘端的帽子結(jié)構(gòu)及3’端的多(A)結(jié)構(gòu)。也正因如此,常用oligo dT片段與mRNA上的多(A)相配對,作為反轉(zhuǎn)錄的引物,可由此獲得mRNA的全長。
(中)此外,針對真核生物mRNA的反轉(zhuǎn)錄,還可采用基因特異性引物,僅擴(kuò)增需要的cDNA。該引物在后續(xù)還可以作為PCR的反向引物。(下)隨機(jī)引物。

檢查RNA的完整性

RNA的質(zhì)量直接影響了cDNA的質(zhì)量。而不用時間節(jié)點(diǎn)采樣,提取的RNA質(zhì)量也會有差異,因此有必要在RNA提取后檢查RNA的質(zhì)量及完整性。通常完整的真核生物RNA包括28S和18SRNA條帶,兩條帶的亮度應(yīng)差不多。

基因的克隆

即使十分小心的提取了RNA,又十分謹(jǐn)慎的進(jìn)行了反轉(zhuǎn)錄拿到了cDNA,有時還是無法得到自己想要的DNA,一遍一遍又一遍……
這時或許可以從以下幾個方便考慮:
1 使用多個不同批次的cDNA模板分別克??;
2 將多個批次的cDNA模板混勻后進(jìn)行克隆;
3 如果以上兩種方法均未果,可針對目的基因設(shè)計基因特異性引物,獲取目基因cDNA后再克隆(小概率事件,但我覺得有必要嘗試。因為真核生物mRNA幾乎無一例外都有多(A)尾巴);
4 如果以上三種方法都未果,那就有可能是個假基因,或許有必要從基因本身的結(jié)構(gòu)考慮。

“但愿每次回憶,對生活的都不感到負(fù)疚。

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