@[TOC](SraToolkit 下載與安裝)
第一步：進(jìn)入NCBI選擇“Download”, 進(jìn)入后選擇“Download Tools”工具下載。
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第二步：選擇“SRA Toolkit”的“Download”按鈕，進(jìn)入版本選擇，此處我選擇的是“CentOS Linux 64 bit architecture ”，若想在linux系統(tǒng)中下載，可選擇右鍵“復(fù)制鏈接地址”，然后到linux系統(tǒng)中用wget命令獲取。
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獲取sra toolkit文件：
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gz
第三步：安裝與使用
此安裝包為免安裝包，解壓即可使用，但是需先配置存儲(chǔ)位置。
tar zxvf sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gz
cd sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin
vdb-config -i #配置存儲(chǔ)位置
使用方法也比較簡(jiǎn)單：
prefetch SRR1036346 # SRR1036346為你想要獲取的sra數(shù)據(jù)編號(hào)
# fastq_dump可將sra數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為fastq格式數(shù)據(jù)
fastq_dump --split-e SRR1036346.sra
# fasterq_dump支持多線程
fasterq_dump --split-3 SRR1036346.sra -e 10 -o SRR1036346
# 若為雙端數(shù)據(jù)，則會(huì)產(chǎn)生兩個(gè)數(shù)據(jù)，分別為SRR1036346_1.fastq 和 SRR1036346_2.fastq；若為單端數(shù)據(jù)，則只有一個(gè)數(shù)據(jù)，為SRR1036346.fastq.
