論文是

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

數(shù)據(jù)和代碼的github主頁(yè)鏈接

https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP

這個(gè)也是數(shù)據(jù)代碼的下載鏈接，可以看目錄結(jié)構(gòu)

https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic

今天的推文重復(fù)一下論文中的 Extended Data Fig. 10

image.png

論文中做數(shù)據(jù)計(jì)算和做這個(gè)圖定義了一個(gè)很長(zhǎng)很長(zhǎng)的函數(shù)，這里只介紹作圖代碼，數(shù)據(jù)計(jì)算的過(guò)程我還看不懂

這里主要有兩個(gè)數(shù)據(jù)，一個(gè)是熱圖顏色的數(shù)據(jù)，另外一個(gè)是加減號(hào)的文本數(shù)據(jù)，部分示例數(shù)據(jù)集如下

image.png

image.png

讀取數(shù)據(jù)

dat01<-read.csv("ExtendedFig10_01.csv",
                header=TRUE,
                row.names = 1)

dat02<-read.csv("ExtendedFig10_02.csv",
                header=TRUE,
                row.names = 1)

他這里還設(shè)置了一些額外參數(shù)，我保存到abc.Rdata這個(gè)數(shù)據(jù)集里了，加載這個(gè)數(shù)據(jù)集

load("abc.Rdata")

作圖代碼

pheatmap(dat01,
        annotation_row = NULL,
        annotation_names_row = T,
        labels_row = rownames(dat01),
        legend = T,
        show_rownames = T, 
        cluster_rows = clusterFeatures,
        cluster_cols = clusterPhenos,
        angle_col = 90,
        fontsize_number = textSize,
        border_color = "#EEEEEE",
        na_col = "white",
        fontsize = legendTextSize,
        treeheight_row = 0, 
        treeheight_col = 0,
        legend_labels = "sig*log(p-value)",
        color = myColor,
        fontsize_col = colTextSize,
        fontsize_row = rowTextSize,
        display_numbers = dat02,
        breaks = myBreaks,
        cellwidth = cellWidth,
        cellheight = cellHeight,
        filename = NA)

image.png

這里參數(shù)有點(diǎn)多，就不在推文里介紹了，爭(zhēng)取錄制視頻介紹吧

示例數(shù)據(jù)和代碼可以在公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù) 20220531 獲取

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