2017生信分析工具：
| Web服務(wù)器名稱 | 網(wǎng)址 | 簡要描述;簡介 |
|---|---|---|
| agriGO v2 | http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ | GO分析農(nóng)業(yè)物種 |
| AMMOS2 | http://drugmod.rpbs.univ-paris-diderot.fr/ammosHome.php | 能量最小化蛋白質(zhì) - 配體復(fù)合物 |
| antiSMASH | http://antismash.secondarymetabolites.org/ | 細(xì)菌和真菌基因組中的次級代謝物生物合成基因簇挖掘 |
| ARTS | http://arts.ziemertlab.com | 新型抗生素的生物合成基因簇挖掘 |
| BAR 3.0 | http://bar.biocomp.unibo.it/bar3 | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能注釋 |
| BepiPred-2.0 | http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred-2.0/ | 來自蛋白質(zhì)序列的B細(xì)胞表位預(yù)測 |
| BioAtlas | http://bioatlas.compbio.sdu.dk | 微生物組和宏基因組位置的可視化 |
| BIS2Analyzer | http://www.lcqb.upmc.fr/BIS2Analyzer/ | 分析蛋白質(zhì)序列中的共同氨基酸對 |
| 大忙人 | https://ccb-microbe.cs.uni-saarland.de/busybee | 宏基因組合 |
| 咖啡店 | https://github.com/younglululu/CAFE | 獨(dú)立程序，用于無對齊的宏基因組數(shù)據(jù)比較 |
| 癌癥PanorOmics | http://panoromics.irbbarcelona.org | 將癌癥突變定位到3D蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用位點(diǎn) |
| 輔 | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/COFACTOR/ | 基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)功能注釋 |
| complex查看 | http://xvis.genzentrum.lmu.de/compleXView | 基于親和純化質(zhì)譜的蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用 |
| ConTra v3 | http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3 | 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析 |
| CPC2 | http://cpc2.cbi.pku.edu.cn | 蛋白質(zhì)編碼RNA轉(zhuǎn)錄本的潛力 |
| CSPADE | http://cspade.fimm.fi/ | 化學(xué)信息學(xué)生物活性測定可視化 |
| CSTEE | http://comp-sysbio.org/cstea/ | 分析細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換的時間序列基因表達(dá)數(shù)據(jù) |
| DEOGEN2 | http://deogen2.mutaframe.com/ | 預(yù)測蛋白質(zhì)中的有害突變 |
| DNAproDB | http://dnaprodb.usc.edu | DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)分析 |
| DSSR | http://jmol.x3dna.org | DNA和RNA結(jié)構(gòu)可視化 |
| DynOmics | http://dyn.life.nthu.edu.tw/oENM/ | 蛋白質(zhì)分子動力學(xué)使用彈性網(wǎng)絡(luò)模型 |
| EBISearch | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch | Web服務(wù)文本在EMBL-EBI數(shù)據(jù)中搜索 |
| FireProt | http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot | 耐熱蛋白質(zhì)的設(shè)計(jì) |
| GalaxyHomomer | http://galaxy.seoklab.org/cgi-bin/submit.cgi?type=HOMOMER | 預(yù)測蛋白質(zhì)同源寡聚體結(jié)構(gòu) |
| GASS WEB | http://gass.unifei.edu.br/ | 鑒定酶活性位點(diǎn) |
| 寶石 | http://gemstone.yulab.org/ | 人類疾病中的遺傳變異優(yōu)先排序 |
| 基因ORGANizer | http://geneorganizer.huji.ac.il | 人類基因與受影響的身體器官的聯(lián)系 |
| GenProBiS | http://genprobis.insilab.org | 將SNP定位到蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn) |
| GEPIA | http://gepia.cancer-pku.cn/ | 癌癥中差異基因表達(dá)的分析 |
| GeSeq | https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html | 葉綠體基因組的注釋 |
| GibbsCluster | http://www.cbs.dtu.dk/services/GibbsCluster-2.0 | 檢測蛋白質(zhì)短線性基序 |
| GPCR SSFE 2.0 | http://www.ssfa-7tmr.de/ssfe2/ | G蛋白偶聯(lián)受體的同源建模 |
| GWAB | http://www.inetbio.org/gwab/ | 基于網(wǎng)絡(luò)的全基因組關(guān)聯(lián)分析 |
| HDOCK | http://hdock.phys.hust.edu.cn/ | 蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì) - DNA / RNA對接 |
| HVGA | http://bioinfodev.hpc.cam.ac.uk/web-apps/hgva | 存檔人類遺傳變異注釋 |
| HH-主題 | http://chimborazo.biochem.mpg.de/ | 檢測蛋白質(zhì)短線性基序 |
| I-TASSER-MR | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER-MR/ | 用于X射線晶體學(xué)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)建模 |
| 附加 | http://bioinfo.uochb.cas.cz/INTAA/ | 氨基酸相互作用能的分析 |
| IntaRNA 2.0 | http://rna.informatik.uni-freiburg.de/IntaRNA/Input.jsp | 預(yù)測RNA分子之間的相互作用 |
| IslandViewer 4.0 | http://www.pathogenomics.sfu.ca/islandviewer4/ | 細(xì)菌基因組島的預(yù)測（水平基因轉(zhuǎn)移） |
| kpLogo | http://kplogo.wi.mit.edu/ | 短序列圖案的檢測和可視化 |
| LigParGen | http://jorgensenresearch.com/ligpargen | 用于分子動力學(xué)的力場參數(shù) |
| LimTox | http://limtox.bioinfo.cnio.es | 文本挖掘復(fù)合毒性 |
| MCSM-NA | http://structure.bioc.cam.ac.uk/mcsm_na | 預(yù)測蛋白質(zhì)突變對核酸結(jié)合親和力的影響 |
| MicrobiomeAnalyst | http://microbiomeanalyst.ca | 微生物組數(shù)據(jù)分析 |
| MinePath | http://www.minepath.org | 監(jiān)管網(wǎng)絡(luò)子路徑的差異表達(dá)分析 |
| ModFOLD6 | http://www.reading.ac.uk/bioinf/ModFOLD/ | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)質(zhì)量評估 |
| mTCTScan | http://jjwanglab.org/mTCTScan | 癌癥藥物反應(yīng)的突變優(yōu)先排序 |
| MutaGene | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mutagene/ | 癌癥突變譜的可視化和分析 |
| NNAlign-2.0 | http://www.cbs.dtu.dk/services/NNAlign-2.0 | 檢測受體 - 配體相互作用的配體基序 |
| Norev | http://server.idrb.cqu.edu.cn/noreva/ | 基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)歸一化方法的評估 |
| 說 | http://www.hpi.de/plattner/olelo | PubMed中的文本挖掘 |
| OmicSeq | http://www.omicseq.org | 在主要存儲庫中搜索組學(xué)數(shù)據(jù) |
| P4P | http://sing.ei.uvigo.es/p4p | 基于肽數(shù)據(jù)集的細(xì)菌菌株分類 |
| Fthviav | http://pathview.uncc.edu/ | 代謝途徑的可視化和注釋 |
| pepATTRACT | http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/pepATTRACT | 預(yù)測蛋白質(zhì) - 肽對接 |
| Fhrmnapper | http://lilab.ecust.edu.cn/pharmmapper | 使用藥效團(tuán)圖譜進(jìn)行藥物靶標(biāo)搜索 |
| PHD-SNPg | http://snps.biofold.org/phd-snpg | 有害的SNP分類 |
| PIGSPro | http://cassandra.med.uniroma1.it/AbPrediction/web/pigs.php | 免疫球蛋白可變結(jié)構(gòu)域的建模 |
| plantiSMASH | http://plantismash.secondarymetabolites.org | 檢測植物中的生物合成基因簇 |
| PMUT | http://mmb.irbbarcelona.org/PMut/ | 預(yù)測蛋白質(zhì)突變的疾病潛力 |
| Prism3 | http://prism3.magarveylab.ca/prism | 從生物合成基因簇預(yù)測天然產(chǎn)物結(jié)構(gòu) |
| ProteinsAPI | http://www.ebi.ac.uk/proteins/api | 來自UniProtKB的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)的Web服務(wù) |
| ProteinsPlus | http://proteins.plus | 基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)建模 |
| ProteoSign | http://bioinformatics.med.uoc.gr/ProteoSign | 蛋白質(zhì)差異豐度分析 |
| 復(fù)性 | http://www.reading.ac.uk/bioinf/ReFOLD/ | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)細(xì)化 |
| RegulatorTrail | https://regulatortrail.bioinf.uni-sb.de | 分析轉(zhuǎn)錄因子和靶基因 |
| RiPPMiner | http://www.nii.ac.in/rippminer.html | 預(yù)測核糖體合成和翻譯后修飾的肽的化學(xué)結(jié)構(gòu) |
| RNA工作臺 | https://github.com/bgruening/galaxy-rna-workbench | 用于分析RNAseq和RNA序列數(shù)據(jù)的獨(dú)立工具集合 |
| RNA-MoIP業(yè)務(wù) | http://rnamoip.cs.mcgill.ca/ | RNA 2D和3D結(jié)構(gòu)的預(yù)測 |
| SBSPKSv2 | http://www.nii.ac.in/sbspks2.html | 聚酮合酶的分析 |
| 風(fēng)景 | http://mensxmachina.org/en/software/ | 從細(xì)胞計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)重建網(wǎng)絡(luò) |
| SDM | http://structure.bioc.cam.ac.uk/sdm2 | 預(yù)測蛋白質(zhì)突變體的穩(wěn)定性 |
| 更 | http://www.pharmaceutical-bioinformatics.de/sempi/ | 從生物合成基因簇預(yù)測聚酮化合物合成酶產(chǎn)物 |
| SLiMSearch | http://slim.ucd.ie/slimsearch/ | 檢測蛋白質(zhì)短線性基序 |
| 蘇打 | http://protein.bio.unipd.it/soda/ | 預(yù)測蛋白質(zhì)突變體中的溶解度 |
| SpartaABC | http://spartaabc.tau.ac.il/webserver | 使用indel進(jìn)行序列模擬 |
| ThreaDomEx | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/ThreaDomEx | 預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和結(jié)構(gòu)域邊界 |
| EMBL-EBI的工具 | http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/ | EMBL-EBI的Web服務(wù)工具 |
| TraitRateProp | http://traitrate.tau.ac.il/prop | 序列進(jìn)化測試與表型的關(guān)聯(lián) |
| TRAPP | http://trapp.h-its.org | 分析蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)動力學(xué) |
| VCF.Filter | https://biomedical-sequencing.at/VCFFilter/ | 用于過濾和注釋vcf文件中的遺傳變體的獨(dú)立程序 |
| Web3DMol | http://web3dmol.duapp.com/ | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)可視化 |
| WebGestalt | http://www.webgestalt.org | 基因集功能豐富分析 |
| Wopper | http://WoPPER.ba.itb.cnr.it/ | 檢測具有協(xié)調(diào)基因表達(dá)變化的細(xì)菌基因組區(qū)域 |
| XSuLT | http://structure.bioc.cam.ac.uk/xsult | 蛋白質(zhì)多序列比對的注釋和可視化 |
2018生信在線工具：
| Web服務(wù)器名稱 | 網(wǎng)址 | 簡要描述;簡介 |
|---|---|---|
| IPhone Profailer | http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/AAI | 蛋白質(zhì)組平均氨基酸同一性比較 |
| AlloFinder | http://mdl.shsmu.edu.cn/ALF/ | 變構(gòu)調(diào)制器識別 |
| ArDock | http://ardock.ibcp.fr | 蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用區(qū)域 |
| BAGEL4 | http://bagel4.molgenrug.nl | 次級代謝物基因簇（RIPPs，細(xì)菌素） |
| BAMM | https://bammmotif.mpibpc.mpg.de | 核苷酸結(jié)合基序 |
| BeStSel | http://bestsel.elte.hu | 基于圓二色光譜的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析 |
| BRepertoire | http://mabra.biomed.kcl.ac.uk/BRepertoire | 抗體庫分析 |
| 瀏覽 | http://busca.biocomp.unibo.it | 蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測 |
| CABS-flex 2.0 | http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSflex2 | 模擬蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的靈活性 |
| CalFitter | https://loschmidt.chemi.muni.cz/calfitter/ | 蛋白質(zhì)熱變性分析 |
| CASTp 3.0 | http://sts.bioe.uic.edu/castp/ | 蛋白質(zhì)口袋，空腔和通道的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu) |
| CavityPlus | http://www.pkumdl.cn/cavityplus | 蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)腔 |
| CellAtlasSearch | http://www.cellatlassearch.com | 單細(xì)胞基因表達(dá)數(shù)據(jù)搜索 |
| cgDNAweb | http://cgDNAweb.epfl.ch | 雙鏈DNA粗粒模型 |
| CircadiOmics | http://circadiomics.ics.uci.edu | 晝夜節(jié)律數(shù)據(jù)集分析和存儲庫 |
| COACH-d | http://yanglab.nankai.edu.cn/COACH-D/ | 蛋白質(zhì) - 配體結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測 |
| Coloc-統(tǒng)計(jì) | https://hyperbrowser.uio.no/coloc-stats/ | 基因組位置富集分析 |
| ComplexContact | http://raptorx2.uchicago.edu/ComplexContact/ | 蛋白質(zhì)異二聚體復(fù)合殘基 - 殘基接觸預(yù)測 |
| Conekt公司的植物 | http://conekt.plant.tools | 植物基因共表達(dá)的比較分析 |
| CRISPOR | http://crispor.org | CRISPR / Cas9基因組編輯的指導(dǎo)序列 |
| CRISPRCasFinder | https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr | CRISPR陣列和Cas基因檢測 |
| CSAR-網(wǎng) | http://genome.cs.nthu.edu.tw/CSAR-web | 重疊群腳手架 |
| dbCAN2 | http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2 | 碳水化合物活性酶注釋 |
| DynaMut | http://biosig.unimelb.edu.au/dynamut/ | 點(diǎn)突變對蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和動力學(xué)的影響 |
| easyFRAP的Web | https://easyfrap.vmnet.upatras.gr/ | 蛋白質(zhì)遷移率分析與光漂白數(shù)據(jù)后的熒光恢復(fù) |
| EviNet | https://www.evinet.org/ | 基因集網(wǎng)絡(luò)豐富分析 |
| ezTag | http://eztag.bioqrator.org | 生物醫(yī)學(xué)概念注釋 |
| FragFit | http://proteinformatics.de/FragFit | 低溫EM密度圖的蛋白質(zhì)區(qū)段建模 |
| 弗賴堡RNA工具 | http://rna.informatik.uni-freiburg.de | RNA分析 |
| GADGET | http://gadget.biosci.gatech.edu | 基于人群的遺傳變異分布 |
| 星系 | https://usegalaxy.org | 生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)分析工作流程 |
| Galaxy HiCExplorer | https://hicexplorer.usegalaxy.eu | 染色質(zhì)三維??構(gòu)象分析 |
| GDA | http://gda.unimore.it/ | 整合藥物反應(yīng)，基因表達(dá)譜和癌癥突變 |
| 基因瘋狂 | http://genemania.org | 基因功能預(yù)測 |
| geno2pheno [NGS-頻率] | http://ngs.geno2pheno.org | 病毒耐藥性預(yù)測 |
| GIANT 2.0 | http://giant-v2.princeton.edu | 人體組織特異性基因功能關(guān)系 |
| GPCRM | http://gpcrm.biomodellab.eu/ | G蛋白偶聯(lián)受體結(jié)構(gòu)建模 |
| 喜劇 | http://grinn.readthedocs.io | 蛋白質(zhì)分子動力學(xué)殘基相互作用能 |
| GWAS4D | http://mulinlab.org/gwas4d | 從GWAS數(shù)據(jù)中確定監(jiān)管變體的優(yōu)先次序 |
| HMMER | http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer | 配置文件隱藏馬爾可夫模型同源搜索 |
| HotSpot向?qū)?.0 | http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard3 | 蛋白質(zhì)工程定向突變 |
| HPEPDOCK | http://huanglab.phys.hust.edu.cn/hpepdock/ | 肽 - 蛋白質(zhì)對接 |
| HSYMDOCK | http://huanglab.phys.hust.edu.cn/hsymdock/ | 對稱蛋白質(zhì)復(fù)合物對接 |
| InterEvDock2 | http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/InterEvDock2/ | 蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)對接 |
| INTERSPIA | http://bioinfo.konkuk.ac.kr/INTERSPIA/ | 多種蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用 |
| Ifth3k0 | http://pathways.embl.de | 代謝途徑可視化和定制 |
| IUPred2A | http://iupred2a.elte.hu | 本質(zhì)上無序的蛋白質(zhì)區(qū)域 |
| k無活性 | http://biosig.unimelb.edu.au/kinact/ | 激酶激活錯義突變預(yù)測 |
| KnotGenome | http://knotgenom.cent.uw.edu.pl/ | 染色體結(jié)和拓?fù)涞耐負(fù)浞治?/td> |
| LitVar | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/Demo/LitVar | PubMed的遺傳變異信息檢索 |
| 這個URL | http://lolaweb.databio.org | 基因組區(qū)域富集分析 |
| MetaboAnalyst 4.0 | http://metaboanalyst.ca | 代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析 |
| MetExplore | https://metexplore.toulouse.inra.fr/metexplore2/ | 代謝網(wǎng)絡(luò)分析 |
| 多邊投資擔(dān)保機(jī)構(gòu) | http://microbial-genomes.org/ | 原核基因組和宏基因組分類 |
| MISTIC2 | https://mistic2.leloir.org.ar | 蛋白質(zhì)家族中的殘基對共變 |
| MOLEonline | https://mole.upol.cz | 生物分子通道，隧道和毛孔 |
| MTM-對齊 | http://yanglab.nankai.edu.cn/mTM-align/ | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)多重比對和數(shù)據(jù)庫搜索 |
| 飛龍 | http://mutalisk.org | 體細(xì)胞突變與基因組，轉(zhuǎn)錄和表觀基因組特征相關(guān) |
| 海洋基因圖集 | http://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/ | 海洋浮游生物基因地理定位和豐度 |
| oli2go | http://oli2go.ait.ac.at/ | 用于非人DNA的PCR引物和雜交探針設(shè)計(jì) |
| OmicsNet | http://www.omicsnet.ca | 分子相互作用網(wǎng)絡(luò)可視 |
| oriTfinder | http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/oriTfinder | 細(xì)菌移動遺傳元件中轉(zhuǎn)移位點(diǎn)的起源 |
| PaintOmics 3 | http://bioinfo.cipf.es/paintomics/ | KEGG途徑的組學(xué)數(shù)據(jù)的可視化 |
| PANNZER2 | http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/sanspanz/ | 蛋白質(zhì)功能預(yù)測 |
| PatScanUI | https://patscan.secondarymetabolites.org/ | DNA和蛋白質(zhì)序列模式搜索 |
| PhytoNet | http://www.gene2function.de | 浮游植物基因表達(dá)譜 |
| pirScan | http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/pirScan/ | piRNA目標(biāo)預(yù)測 |
| 原卟啉原-II | http://tox.charite.de/protox_II | 化學(xué)毒性預(yù)測 |
| psRNATarget | http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/ | 植物小RNA目標(biāo)預(yù)測 |
| PSSMSearch | http://slim.ucd.ie/pssmsearch/ | 用于結(jié)合和翻譯后修飾的蛋白質(zhì)基序 |
| 哈巴狗REST | https://pubchemdocs.ncbi.nlm.nih.gov/pug-rest | PubChem cheminformatics程序化訪問 |
| RepeatsDB - 精簡版 | http://protein.bio.unipd.it/repeatsdb-lite | 蛋白質(zhì)中的串聯(lián)重復(fù) |
| RNApdbee 2.0 | http://lepus.cs.put.poznan.pl/rnapdbee-2.0/ | RNA二級結(jié)構(gòu)注釋 |
| RSAT | http://www.rsat.eu/ | DNA調(diào)控基序 |
| SMARTIV | http://smartiv.technion.ac.il/ | RNA結(jié)合蛋白的RNA序列和結(jié)構(gòu)基序 |
| SNPnexus | http://www.snp-nexus.org | SNP功能注釋 |
| SAVE | https://www.lisanwanglab.org/SPAR | 小RNA測序數(shù)據(jù)的分析 |
| SWISS-MODEL | https://swissmodel.expasy.org | 蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)同源性建模 |
| TAM 2.0 | http://www.scse.hebut.edu.cn/tam/ | microRNA集富集分析 |
| TCRmodel | http://tcrmodel.ibbr.umd.edu/ | T細(xì)胞受體結(jié)構(gòu)建模 |
| UNRES | http://unres-server.chem.ug.edu.pl | 粗粒度模擬蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) |
| VarAFT | http://varaft.eu | 致病變異注釋 |
| WEGO 2.0 | http://wego.genomics.org.cn | 基因本體可視化 |
| X2K Web | http://X2K.cloud | 差異表達(dá)基因特征的激酶富集分析 |
| xiSPEC | http://spectrumviewer.org | 蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析 |
