簡介
可直觀地查看并分析Illumina芯片平臺上生成的數(shù)據(jù)。
GenomeStudio2.0數(shù)據(jù)分析軟件支持不同的分析：
Genotyping
Gene Expression
Methylation
Polyploid Genotyping
最小系統(tǒng)需求
注：（1）軟件分析是不需要網(wǎng)絡(luò)的。（2）Mac OSX 是不支持的。
下載安裝
鏈接：https://support.illumina.com/array/array_software/genomestudio/downloads.html
安裝：windows下雙擊安裝
注意：首次使用需要賬號密碼
芯片數(shù)據(jù)分析流程
芯片相關(guān)文件解釋
芯片數(shù)據(jù)分析具體操作
Genome Studio 界面介紹
（1）極坐標(biāo)系，支教坐標(biāo)系， 標(biāo)準(zhǔn)化，大點(diǎn)，小點(diǎn)，復(fù)制，上色，鼠標(biāo)，小手，圈選，放大，坐標(biāo)軸轉(zhuǎn)換
（2）全選，復(fù)制，輸出文件，輸入文件，排序，折線圖，直方圖，箱式圖，條形圖，扇形圖，熱圖，新建列，添加列，過濾，清楚過濾，鎖定，解鎖，定位，插入數(shù)據(jù)跟蹤列。
（3）CallRate值，平均Call Rate期望>99%
Call Rate = num(Call Score >0.15)/num(snp)；
改變Call Score（默認(rèn)0.15）的閾值可以改變Call Rate
Genome Studio報(bào)告生成
一般可提供結(jié)果
Illumina Genome Viewer （IGV）
參考資料：
Illumina官網(wǎng)：https://www.illumina.com.cn/
Genome Studio 插件：https://www.illumina.com.cn/techniques/microarrays/array-data-analysis-experimental-design/genomestudio/plug-ins.html
