導(dǎo)語
寶子們！做中藥活性成分研究的我，最近剛踩完 “成分篩選” 的坑 —— 中藥里的成分多到像開盲盒，有效成分混在一堆非有效成分里，光靠文獻(xiàn)瞎找根本效率太低！后來才發(fā)現(xiàn)，選對數(shù)據(jù)庫比啥都重要，就像給實驗裝了 “導(dǎo)航”，直接精準(zhǔn)定位有用信息～
之前跟大家提過不少中藥化學(xué)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫，這次我結(jié)合自己的使用頻率和功能實用性，從里面挑出了5個 “核心選手”。今天先帶大家把這些 “數(shù)據(jù)彈藥庫” 摸清底，知道每個庫擅長啥、能給咱們提供啥；明天再手把手教你們怎么用 —— 從搜草藥到導(dǎo)數(shù)據(jù)，避坑指南都備好，作為你的科研搭子，必須互相帶飛！
數(shù)據(jù)庫“看家本領(lǐng)”大點兵
近年來，國內(nèi)外研究者開發(fā)了多個涵蓋草藥、方劑、成分、靶點和疾病信息的數(shù)據(jù)庫，為網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和虛擬篩選提供了數(shù)據(jù)支持，但不同的數(shù)據(jù)庫在草藥、成分、靶點和疾病數(shù)量上各有側(cè)重：
那下面就跟丸子一起看看這些數(shù)據(jù)庫都有哪些“看家本領(lǐng)”吧~
TCMSP（中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺）
TCMSP是一個獨特的中草藥系統(tǒng)藥理學(xué)平臺，收錄了《中國藥典》中的499味常用草藥，包含約29,384種化學(xué)成分、3,311個靶點和837種相關(guān)疾病信息。
它就是個“成分篩選小管家”：給你提供 OB（口服生物利用度）、DL（類藥性）這些關(guān)鍵藥動學(xué)參數(shù)，不用自己查文獻(xiàn)算閾值 ，搭建成分-靶點和靶點-疾病關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)可以靠他起步。
TCMID 2.0（中藥綜合數(shù)據(jù)庫）
TCMID旨在整合多源數(shù)據(jù)以促進(jìn)中藥現(xiàn)代化研究。最新版TCMID 2.0（2018年發(fā)布）收錄了46,929首方劑、8,159味草藥、43,413種成分、4,633種疾病、8,182種藥物和17,603個靶點。
實實在在的“數(shù)據(jù)整合王者”：不僅把 TCM Database@Taiwan、HIT 這些庫的數(shù)據(jù)揉到一起，還加了方劑煎煮成分、質(zhì)譜數(shù)據(jù)這些 “獨家料”。想研究經(jīng)典方劑（比如四物湯、六味地黃丸）的寶子，用它能查方劑里每味藥的成分，還能做成分 - 靶點 - 疾病關(guān)聯(lián)、PPI（蛋白質(zhì)相互作用）網(wǎng)絡(luò)，從傳統(tǒng)方劑挖到現(xiàn)代機(jī)制超方便。
TCM Database@Taiwan（臺灣中藥數(shù)據(jù)庫）
TCM Database@Taiwan是全球最大的非商業(yè)中藥數(shù)據(jù)庫之一，由臺灣團(tuán)隊開發(fā)。它包含453味中藥的61,000余種化合物。
它是“分子結(jié)構(gòu)寶庫”：提供化合物的二維和三維結(jié)構(gòu)供下載，還能用于虛擬篩選和分子動力學(xué)模擬等計算輔助藥物設(shè)計。主要側(cè)重于提供大量天然產(chǎn)物分子結(jié)構(gòu)，支持研究者進(jìn)行基于結(jié)構(gòu)的藥物篩選。
SymMap（癥狀映射數(shù)據(jù)庫）
SymMap通過整合中醫(yī)癥狀與現(xiàn)代疾病、基因靶點，將中藥與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)聯(lián)系起來。SymMap v2收錄了2,518種中醫(yī)癥狀/證候、698味草藥、25,975種成分、14,086種現(xiàn)代疾病和20,965個靶點。
它是“中西醫(yī)翻譯官”：建立了“癥狀-成分-靶點-疾病”關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)，用戶可查詢某中藥或成分對應(yīng)的中醫(yī)癥狀和現(xiàn)代疾病，有助于從整體上把握中藥的作用特點。
HERB 2.0（高通量實驗與參考數(shù)據(jù)庫）
HERB數(shù)據(jù)庫由北京中醫(yī)藥大學(xué)等構(gòu)建，整合了高通量實驗數(shù)據(jù)和文獻(xiàn)信息。HERB 2.0版（2020年）通過人工整理文獻(xiàn)，收錄了7,263味草藥、28,212種成分、12,933個靶點和49,258種疾病，并提供這些實體之間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。
它是“實驗證據(jù)大佬”：不僅有文獻(xiàn)挖的數(shù)據(jù)，還整合了高通量實驗結(jié)果（比如細(xì)胞實驗）、臨床試驗、薈萃分析 —— 你查一個成分，能看到它在實驗室里有沒有效、臨床用著咋樣。更絕的是能關(guān)聯(lián) CMap 基因表達(dá)譜，想做藥物重定位（比如找中藥成分治其他病的可能），用它準(zhǔn)沒錯。
其他相關(guān)數(shù)據(jù)庫
?TCMD（中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫）：2001年發(fā)布的早期數(shù)據(jù)庫，收錄3,922種藥用植物和9,127種化合物，記錄了草藥的傳統(tǒng)功效、化學(xué)成分和現(xiàn)代藥理信息。它實現(xiàn)了中藥傳統(tǒng)信息與化學(xué)成分的初步整合，但功能較為基礎(chǔ)。
?HIT（草藥信息數(shù)據(jù)庫）：由香港浸會大學(xué)開發(fā)，側(cè)重中藥活性成分與靶點的關(guān)聯(lián)，曾為TCMID等提供數(shù)據(jù)支持。HIT收錄了大量草藥成分及其實驗證實的靶點，是早期中藥靶點數(shù)據(jù)庫的代表。
?TCMGeneDIT：一個整合中藥-基因-疾病關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫，通過文獻(xiàn)挖掘建立了中藥、化學(xué)成分、基因、疾病之間的關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)。它有助于從基因和疾病角度理解中藥的作用機(jī)制，可用于預(yù)測中藥可能影響的基因通路。
?CHCD（中草藥化學(xué)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫）、BPCD（中藥方劑數(shù)據(jù)庫）等：這些數(shù)據(jù)庫分別側(cè)重于單味草藥化學(xué)成分和經(jīng)典方劑信息。例如CHCD收錄了數(shù)千種草藥的化學(xué)成分及理化性質(zhì)，BPCD則匯集了古方和現(xiàn)代方劑的組成與功效。這些數(shù)據(jù)庫為特定研究需求提供了補(bǔ)充數(shù)據(jù)。
丸子幫你做筆記
從 TCMSP 的藥動學(xué)參數(shù)篩選、TCMID 2.0 的方劑數(shù)據(jù)整合，到 SymMap 的中西醫(yī)癥狀關(guān)聯(lián)、HERB 2.0 的實驗證據(jù)支撐，每款數(shù)據(jù)庫的特色功能和適用場景小譜在前面都帶大家都掰扯得明明白白。但是光靠文字記細(xì)節(jié)容易亂，專門把關(guān)鍵內(nèi)容整理成了表格，讓大家在后續(xù)應(yīng)用中能夠輕松匹配自己的研究需求，趕緊收藏起來吧~
結(jié)語
寶子們！今天這波數(shù)據(jù)庫大盤點是不是超干貨？從發(fā)展歷程圖能看清各庫的迭代脈絡(luò)，數(shù)據(jù)規(guī)模對比圖也直觀告訴你不同庫的 “家底厚度”—— 不管你是想快速篩活性成分、挖方劑機(jī)制，還是拿分子結(jié)構(gòu)、連中西醫(yī)癥狀，這5個核心庫都能精準(zhǔn)匹配需求：篩成分找 TCMSP，析方劑用 TCMID 2.0，要 3D 結(jié)構(gòu)沖臺灣庫，搭癥狀 - 疾病關(guān)聯(lián)鎖 SymMap，查實驗證據(jù)選 HERB 2.0，入門打基礎(chǔ)靠 TCMD～
明天咱們直接落地實操！每個庫的操作步驟都會結(jié)合圖表邏輯拆解開，從官網(wǎng)入口到數(shù)據(jù)導(dǎo)出，關(guān)鍵按鈕、篩選閾值、避坑點全標(biāo)紅，就算是剛接觸的寶子也能跟著走通～ 記得定好鬧鐘蹲更新，科研效率提升就差這步啦！
參考資料
[1] Wang Y, Liu M, Jafari M, Tang J. A critical assessment of Traditional Chinese Medicine databases as a source for drug discovery. Front Pharmacol. 2024;15:1303693. Published 2024 Apr 26. doi:10.3389/fphar.2024.1303693
[2] Huang L, Xie D, Yu Y, et al. TCMID 2.0: a comprehensive resource for TCM. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D1117-D1120. doi:10.1093/nar/gkx1028
[3] Lv Q, Chen G, He H, et al. TCMBank-the largest TCM database provides deep learning-based Chinese-Western medicine exclusion prediction. Signal Transduct Target Ther. 2023;8(1):127. Published 2023 Mar 31. doi:10.1038/s41392-023-01339-1
[4] TCMSP 數(shù)據(jù)庫官網(wǎng) [EB/OL].?Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform
[5] TCMID 官網(wǎng) [EB/OL].?http://www.tcmid.cn
[6] SymMap 官網(wǎng) [EB/OL].?http://www.symmap.org/.
[7] HERB 數(shù)據(jù)庫官網(wǎng) [EB/OL].?http://herb.ac.cn/.
[8] TCM Database@Taiwan [EB/OL].?TCM - Database Commons
拓展
寶子們可能會問，靠數(shù)據(jù)庫篩選出的“成分 - 靶點”關(guān)聯(lián)，怎么進(jìn)一步確認(rèn)這些靶點在實際生物樣本中真的起作用呢？
小譜推薦蛋白質(zhì)組學(xué)：數(shù)據(jù)庫更多是基于文獻(xiàn)或預(yù)測模型提供靶點線索，而蛋白質(zhì)組學(xué)能從中藥處理后的細(xì)胞、動物組織甚至臨床樣本中，直接檢測差異表達(dá)的蛋白質(zhì) —— 比如用質(zhì)譜技術(shù)，找出中藥活性成分作用后表達(dá)量顯著變化的蛋白；再通過蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析，定位這些差異蛋白中的核心靶點，最后和數(shù)據(jù)庫預(yù)測的靶點做交叉驗證，就能篩選出 “預(yù)測可靠、實驗可證” 的關(guān)鍵靶點，讓咱們的中藥活性成分研究從 “虛擬預(yù)測” 落地到 “實體驗證”，結(jié)論更扎實～
