TCGA數(shù)據(jù)挖掘之m6A發(fā)文思路

看到題目,很多人都會覺得這個也太夸張了吧!老實說,一點也不夸張,因為有人已經(jīng)按照這個套路發(fā)了好幾篇文章,只需要把數(shù)據(jù)替換成自己的,然后Ctrl C與Ctrl V代碼即可出來對應(yīng)的結(jié)果,然后寫文章即可。

文章題目:The Cancer Genome Atlas (TCGA) based m6A methylation-related genes predict prognosis in hepatocellular carcinoma

分析內(nèi)容操作步驟:

1、下載TCGA數(shù)據(jù),提取出15個m6A基因基因矩陣,做差異分析,并且繪制熱圖


2、做相關(guān)性分析


3、對差異的m6A基因做生存分析


4、進(jìn)行腫瘤分型,根據(jù)一致性聚類與主成分分析的分型結(jié)果進(jìn)行生存分析


5、對15個m6A做單因素Cox回歸,然后選出有意義的進(jìn)行l(wèi)asso回歸進(jìn)行進(jìn)一步篩選,然后選到5個基因構(gòu)建多因素Cox回歸,計算risk score,根據(jù)高低risk score 繪制生存曲線和ROC曲線


6、將5基因模型的risk score聯(lián)合臨床進(jìn)行單因素和多因素的Cox回歸,并且繪制相關(guān)的熱圖


其實這篇文章看起來內(nèi)容比較多,但是操作起來一點都不難,只需要替換成自己的數(shù)據(jù),然后進(jìn)行Ctrl C 和Ctrl V即可出來相應(yīng)的結(jié)果。上面的文章下載鏈接如下:https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/21655979.2020.1787764,感興趣的朋友可以下載全文進(jìn)行詳細(xì)的閱讀與學(xué)習(xí)。

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