circos的perl 模塊安裝

圓形,總是給人一種包羅萬象的感覺。的確,從視覺效果來說,圓形展示的信息肯定要比線型圖多得多。

1.circos簡介。

官網(wǎng)在這:http://circos.ca/

幫助文檔鏈接:http://www.circos.ca/documentation/tutorials/

建議大家參考他給出的例子?http://circos.ca/software/download/tutorials/


2.circos的安裝,


因為circos是一個perl語言編寫的程序。所以要使用circos必先安裝perl。

https://www.perl.org/get.html


選擇windows,下載,雙擊安裝在C盤下面;安裝好后,測試下,看是否正常安裝,cmd進入命令行,鍵入Perl -v ,若有顯示信息。

則表明安裝正常。




如果想安裝在服務器上的話,直接 conda install -c bioconda circos。

如果在window上,

下載安裝最新的。把此壓縮文件解壓,放到我們想安裝的地方,我的是在 E:/d/Circos-0.69-6,里面所對應的文件如下:

我這個文件夾是把circos-tutorials-0.67的文件也放進去了。

3.配置perl模塊。


上面是所需的perl 模塊。以第一個為例子。


其他的也是這個思路,有些文件的第五步可能不是dmake,自己可以看看readme文檔。

4.運行circos提供的實例。

1、進入example目錄:因為我裝在E盤。這里要注意路徑。

2.調(diào)試第一個例子;

perl?..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf


后續(xù)沒有報錯就是安裝正確。調(diào)試的第二個例子也是一樣。

3.實操(留給下一節(jié))

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