前言
今天自己看了一下收藏夾，搜索“數(shù)據(jù)庫”，結(jié)果出來很多以前收藏的數(shù)據(jù)庫的文章，那么自己也進(jìn)行總結(jié)一下吧。對于做植物的我們，應(yīng)該平時是會一直使用到的。
聲明：本教程內(nèi)容來自收藏的文章，自己再次進(jìn)行匯總分類處理。
1. 通用數(shù)據(jù)庫
通用數(shù)據(jù)庫
http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/
國家基因庫下屬數(shù)據(jù)庫，涵蓋各種生物的全面公開可用的數(shù)據(jù)信息
美國國家生物技術(shù)信息中心的生物醫(yī)學(xué)和基因組信息門戶網(wǎng)站
https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13
牛津大學(xué)出版社提供的植物科學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫的匯總網(wǎng)站
http://abc.gao-lab.org/index.php
北京大學(xué)應(yīng)用生物信息學(xué)中心
瑞士生物信息研究所的生物信息資源門戶網(wǎng)站，涵蓋各種生物研究數(shù)據(jù)庫和軟件工具
作物基因組、遺傳和育種研究的分析計算工具和數(shù)據(jù)庫
農(nóng)業(yè)生物數(shù)據(jù)庫和相關(guān)資源綜合平臺
https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
植物比較基因組學(xué)資源庫
https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/
植物比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫
集成植物基因組學(xué)、表型和遺傳學(xué)數(shù)據(jù)的共享型平臺
作物EST序列及相關(guān)分子信息數(shù)據(jù)平臺
用于作物和模式物種的比較功能基因組學(xué)分析的綜合平臺
蛋白質(zhì)序列和功能信息資源數(shù)據(jù)庫和分析平臺
http://urgi.versailles.inra.fr/
針對有農(nóng)學(xué)意義的植物研究生物信息平臺
http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#
GO分析工具包和數(shù)據(jù)庫綜合平臺
http://www.bioinformatics.nl/AraQTL
基于Web的用于表達(dá)定量性狀位點(diǎn)（eQTL）研究的工作臺和數(shù)據(jù)庫
植物基因組序列數(shù)據(jù)庫
https://mpss.danforthcenter.org/index.php
二代測序（NGS）數(shù)據(jù)庫，包括植物的RNA和基因組信息資源
http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp
植物基因組數(shù)據(jù)庫
http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates/
植物染色質(zhì)狀態(tài)信息數(shù)據(jù)庫
http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
植物snoRNA基因數(shù)據(jù)庫
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
植物順式調(diào)控元件、增強(qiáng)子和抑制子數(shù)據(jù)庫
http://metacrop.ipk-gatersleben.de
作物代謝途徑數(shù)據(jù)庫
http://podb.nibb.ac.jp/Organellome
植物器官研究數(shù)據(jù)庫
植物細(xì)胞的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)分析數(shù)據(jù)庫
植物-病原體相互作用的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)物質(zhì)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫
http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/
植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫
植物小型開放閱讀框架（sORF）數(shù)據(jù)資源庫
植物uORF翻譯調(diào)控相關(guān)數(shù)據(jù)庫
https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1
作物EST數(shù)據(jù)庫
https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace
植物順式調(diào)控DNA元件數(shù)據(jù)庫
https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/
植物線粒體蛋白運(yùn)輸元件數(shù)據(jù)庫
https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm
用于分析蛋白質(zhì)和代謝途徑的翻譯后修飾數(shù)據(jù)庫
http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/
谷物特別是水稻和玉米的小RNA數(shù)據(jù)庫
http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx
擬南芥和玉米蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫
基于互秩指數(shù)統(tǒng)計特性的植物共表達(dá)數(shù)據(jù)庫
http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/
植物Circular RNAs數(shù)據(jù)庫
http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi
植物基因編輯數(shù)據(jù)庫，收集CRISPR / Cas9技術(shù)產(chǎn)生植物的信息
https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php
植物性狀全球數(shù)據(jù)庫
http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/
植物基因和基因組加倍的數(shù)據(jù)庫
生物microRNA數(shù)據(jù)庫
http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
植物microRNA數(shù)據(jù)庫
模式植物擬南芥和水稻的microRNA數(shù)據(jù)庫
http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl
植物相關(guān)微生物的多基因座序列分型和分析數(shù)據(jù)庫及網(wǎng)站
http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA
植物基因集富集分析平臺
http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD
植物非編碼RNA數(shù)據(jù)庫
http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB
植物長非編碼RNA數(shù)據(jù)庫
植物抗病R基因數(shù)據(jù)庫
https://www.inetbio.org/aranet/
擬南芥和一些非模式植物的功能基因網(wǎng)絡(luò)改進(jìn)數(shù)據(jù)庫 http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page
基于Wiki的植物長非編碼RNAs數(shù)據(jù)庫
http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi
植物啟動子數(shù)據(jù)庫
植物miRNA綜合數(shù)據(jù)庫
水稻、小麥和大豆的分子育種資源庫
http://epigenome.genetics.uga.edu/PlantMethylome/
植物DNA甲基化數(shù)據(jù)庫
http//bioinfo.sibs.ac.cn/plant-regulomics
從植物多組學(xué)數(shù)據(jù)中檢索獲取上游調(diào)控因子的數(shù)據(jù)驅(qū)動平臺
http://autosnpdb.appliedbioinformatics.com.au/
植物SNP檢索數(shù)據(jù)庫
植物蛋白磷酸化數(shù)據(jù)庫
http://phytamp.pfba-lab-tun.org/main.php
植物天然抗菌肽數(shù)據(jù)庫
http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp
植物競爭性內(nèi)源RNA數(shù)據(jù)庫
http://www.byanbioinfo.org/plamom/
用于檢索，分析和預(yù)測植物移動大分子包括RNA和蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫平臺
https://cvalues.science.kew.org/
用于獲取和比較植物基因組大小的數(shù)據(jù)庫
https://plantreactome.gramene.org/index.php?lang=en
植物代謝和調(diào)控通路數(shù)據(jù)庫
http://plantpis.ba.itb.cnr.it/
植物蛋白酶抑制劑數(shù)據(jù)庫
植物DNase I超敏位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫
植物天然反義轉(zhuǎn)錄本（Natural Antisense Transcripts）數(shù)據(jù)庫
http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom
植物啟動子數(shù)據(jù)庫
http://www.sesame-bioinfo.org/PMDBase/
用于研究植物物種和基因組進(jìn)化中的微衛(wèi)星DNA和標(biāo)記開發(fā)的數(shù)據(jù)庫
旨在促進(jìn)有關(guān)植物基因功能和基因模型的跨物種推斷的關(guān)系數(shù)據(jù)庫
http://plants.proteincomplexes.org/
植物蛋白復(fù)合物組分以及蛋白間穩(wěn)定互作圖譜數(shù)據(jù)庫
擬南芥
最為常用的擬南芥遺傳和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)資源庫
擬南芥cDNA、突變體和微陣列數(shù)據(jù)庫
1001 Genomes：擬南芥遺傳變異目錄
https://aragwas.1001genomes.org/#/
AraGWAS：用于擬南芥的GWAS標(biāo)準(zhǔn)結(jié)果的公共人工管理數(shù)據(jù)庫
擬南芥的全基因組范圍的假定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫
擬南芥的基于側(cè)翼序列標(biāo)簽（FST）的T-DNA插入突變體查找?guī)?/p>
擬南芥質(zhì)體蛋白數(shù)據(jù)庫
擬南芥發(fā)育關(guān)鍵基因數(shù)據(jù)庫
擬南芥蛋白的亞細(xì)胞定位數(shù)據(jù)庫
基于RNA-seq分析的擬南芥基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫
擬南芥轉(zhuǎn)錄調(diào)控圖譜數(shù)據(jù)庫
http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/
擬南芥根部單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)庫
http://ipf.sustech.edu.cn/pub/athrna/
擬南芥RNA-seq數(shù)據(jù)資源，可探索20,000多種已發(fā)布的擬南芥RNA-Seq庫
水稻
http://www.ricedata.cn/index.htm
國家水稻數(shù)據(jù)中心
https://omictools.com/bgi-ris-tool
BGI-RIS：水稻以及其他谷類作物和植物基因組研究的信息資源和分析平臺
粳稻日本晴基因組注釋計劃
http://rice.plantbiology.msu.edu/
粳稻日本晴基因組注釋計劃
水稻EST數(shù)據(jù)庫
水稻突變體數(shù)據(jù)庫
http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
水稻功能基因組表達(dá)數(shù)據(jù)庫
水稻逆轉(zhuǎn)座子Tos17插入突變數(shù)據(jù)庫
http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/
水稻T-DNA插入突變數(shù)據(jù)庫
http://server.ncgr.ac.cn/ricd/
秈稻cDNA數(shù)據(jù)庫
https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/
水稻遺傳學(xué)和基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫
https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/
水稻基因共表達(dá)數(shù)據(jù)庫
https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/
水稻糖基轉(zhuǎn)移酶數(shù)據(jù)庫
秈稻基因組的綜合生物信息學(xué)平臺
https://www.genome.arizona.edu/cgi-bin/rite/index.cgi
稻屬和假稻屬的重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座因子（TEs）數(shù)據(jù)庫
https://ricexpro.dna.affrc.go.jp/index.html
水稻表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫
http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/
水稻基因組變異及其功能注釋綜合數(shù)據(jù)庫
https://snpseek.irri.org/index.zul
水稻SNP檢索數(shù)據(jù)庫
水稻已克隆基因的數(shù)據(jù)庫
http://ibi.zju.edu.cn/ricerelativesgd/
水稻相關(guān)物種基因組數(shù)據(jù)庫
http://www.elabcaas.cn/rice/index.html
水稻專屬的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)庫
其他重要植物
小麥基因組信息數(shù)據(jù)庫
小麥基因圖譜和數(shù)據(jù)共享的綜合基因組平臺
小麥族同源基因數(shù)據(jù)庫
小麥蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫
http://202.194.139.32/
小麥組學(xué)大數(shù)據(jù)可視化網(wǎng)站
小麥族和燕麥屬的分子和表型信息數(shù)據(jù)庫
http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/
小麥及其祖先的基因組變異數(shù)據(jù)庫
http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi
大麥種質(zhì)資源和基因組分析數(shù)據(jù)庫
https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::
大麥基因組資源平臺
玉米基因組數(shù)據(jù)庫
玉米基因組和遺傳分析平臺
玉米及其野生近緣種的基因組工程資源庫
http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/
玉米多組學(xué)基因網(wǎng)絡(luò)分析平臺
適應(yīng)玉米多組學(xué)時代的綜合數(shù)據(jù)庫
大豆基因組學(xué)和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫
http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi
大豆蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫
http://www.ildis.org/LegumeWeb/
國際豆科植物數(shù)據(jù)庫和信息服務(wù)
棉花基因組學(xué)，遺傳學(xué)和育種數(shù)據(jù)庫
http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/
棉花功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析平臺
錦葵科比較基因組數(shù)據(jù)庫
http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/
二倍體和多倍體棉花基因網(wǎng)絡(luò)與功能模塊比較分析平臺
番茄功能基因組數(shù)據(jù)庫
https://www.inetbio.org/tomatonet/
番茄的復(fù)雜性狀挖掘的全基因組協(xié)同網(wǎng)絡(luò)平臺
http://ted.bti.cornell.edu/epigenome/
番茄表觀基因組數(shù)據(jù)庫
番茄基因及其產(chǎn)物的高分辨率圖譜和搜索工具
http://tomexpress.toulouse.inra.fr/
番茄轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可視化和分析平臺
茄科物種基因組測序數(shù)據(jù)庫
管理熱帶作物的遺傳和基因組信息的數(shù)據(jù)庫
http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml
藥用植物基因組和代謝組資源庫
http://gabipd.org/projects/Pomamo/
馬鈴薯生物信息數(shù)據(jù)庫
葡萄育種和遺傳信息綜合數(shù)據(jù)庫
http://structuralbiology.cau.edu.cn/sorghum/
高梁功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫
http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/
谷子功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫
http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/
辣椒基因組信息數(shù)據(jù)庫
https://www.inetbio.org/wheatnet/
面包小麥的全基因組規(guī)模功能基因網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫
重要蕓苔屬作物全基因組規(guī)模的遺傳數(shù)據(jù)庫 http://rapeseed.biocloud.net/home
油菜種質(zhì)資源遺傳信息共享平臺網(wǎng)站
甘藍(lán)型油菜泛基因組數(shù)據(jù)庫
http://www.brassicagenome.net/
蕓苔屬作物基因組數(shù)據(jù)庫
葫蘆科植物基因組數(shù)據(jù)庫
咖啡基因組學(xué)、遺傳學(xué)、育種數(shù)據(jù)和分析工具
http://tropgenedb.cirad.fr/tropgene/JSP/index.jsp
管理熱帶作物基因組，遺傳和表型信息的數(shù)據(jù)庫
薔薇科植物基因組數(shù)據(jù)庫
可用于植物研究的生信工具
生物信息學(xué)和生命科學(xué)軟件工具門戶
http://abc.gao-lab.org/tools.php
北京大學(xué)應(yīng)用生物信息學(xué)中心工具庫
https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases
Tbtools：用于生物大數(shù)據(jù)交互式分析的集成工具包
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
TargetP：亞細(xì)胞定位/N端功能肽預(yù)測
http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/
EasyGo：提供一系列待查基因的功能注釋以及微陣列探針信息
http://smart.embl-heidelberg.de/
SMART：蛋白保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測工具
http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html
GenAlEx：群體遺傳分析軟件
https://mapman.gabipd.org/mapman-download/
MapMan：適用于多組學(xué)數(shù)據(jù)分析的蛋白質(zhì)分類和注釋框架
GENEVESTIGATOR: 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘比對云平臺
CRISPR-GE: 用于CRISPR基因組編輯的便捷軟件工具包
http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/
DSDecode：基于Web的用于對目標(biāo)突變基因型的序列色譜圖進(jìn)行解碼的工具
https://github.com/srbehera11/stag-cns
STAG-CNS：一種可用于任意數(shù)量物種的順序保守非編碼序列發(fā)現(xiàn)工具
FED：基因組編輯外源成分檢測平臺
GeneCloud：使用語義技術(shù)來掃描特定基因列表的基因描述
https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/
MAFFT：在線的序列比對工具
http://wlab.ethz.ch/protter/start/
Protter：在線蛋白結(jié)構(gòu)繪制工具
https://www.evolgenius.info/evolview/
EvolView：用于可視化，注釋和管理系統(tǒng)樹的網(wǎng)絡(luò)工具
iTOL：用于顯示，注釋和管理系統(tǒng)發(fā)育樹的在線工具
https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/
OrthoVenn2：多物種直系同源基因簇比較和注釋在線服務(wù)工具
http://bioinformatics.cau.edu.cn/ARSER/
ARSER: 生物節(jié)律表達(dá)譜波形分析
植物研究專用工具
http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm
BAR：植物生物學(xué)分析工具平臺
http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/
CRISPR-P: 用于植物基因組編輯的改進(jìn)的CRISPR / Cas9工具包
https://www.michalopoulos.net/act/
ACT：擬南芥共表達(dá)分析工具
OryGenesDB：用于水稻反向遺傳學(xué)研究的交互式工具
http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress
T-DNA Express：擬南芥基因定位工具
http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/
pssRNAit: 通過全基因組脫靶基因評估設(shè)計有效和特異性的植物RNAi siRNA
http://www.personal.psu.edu/sma3/CLIMtools.html
CLIMtools：基于網(wǎng)絡(luò)的研究擬南芥基因型、表型和環(huán)境相關(guān)性的交互式數(shù)據(jù)庫工具
http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/MetGenMAP/home.cgi
Plant MetGenMAP：在生化途徑的背景下全面挖掘和整合基因表達(dá)和代謝物變化的網(wǎng)絡(luò)工具
http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi
iTAK：用于識別和分類植物轉(zhuǎn)錄因子和蛋白激酶的軟件包
http://plantpan2.itps.ncku.edu.tw/
PlantPAN：檢測植物轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的工具
http://guoweilong.github.io/SnpHub/
SnpHub：用于探索大規(guī)?；蚪M變異數(shù)據(jù)的統(tǒng)一的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器框架
來源：
https://mp.weixin.qq.com/s/0hqXI1aeovB2Ci5yAoa8NA
https://mp.weixin.qq.com/s/OLiYgyU56ePBNIOjZaQXyw
「小杜的生信筆記」，主要發(fā)表或收錄生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化（包括數(shù)據(jù)分析，圖形繪制等）；分享感興趣的文獻(xiàn)和學(xué)習(xí)資料!!
