Windows系統(tǒng)安裝開源版PyMOL教程

本文初稿發(fā)布于2019年，其介紹的安裝方法已被眾多用戶參考使用。由于原下載網(wǎng)站現(xiàn)已無法訪問，目前僅可通過百度網(wǎng)盤共享的安裝包進(jìn)行安裝。最近，因工作需要，從 [Pymol-open-source wheels for Python on Windows] 發(fā)現(xiàn)了 PyMOL 3.2.0 版本的安裝信息，特此對(duì)本文進(jìn)行更新，希望能為同行提供幫助。

前言

PyMOL是一款由Python語言開發(fā)的開源的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，被廣泛運(yùn)用于科學(xué)研究與教育領(lǐng)域，現(xiàn)由Schrodinger公司提供技術(shù)支持。可從官網(wǎng)直接購買PyMOL的可執(zhí)行版本，或者下載試用版本。另外University of California Irvine對(duì)PyMOL源碼進(jìn)行了預(yù)編譯，并免費(fèi)提供PyMOL的相關(guān)wheel文件。

PyMOL

  • 系統(tǒng)環(huán)境：Windows 10，64位

  • 安裝環(huán)境：Python 3.7，64位，依據(jù)如下：
    （版本Python 3.9，PyMOL 2.5.0的安裝方法同本版本，2020.11）
    （版本Python 3.14，PyMOL 3.2.0的安裝方法同本版本，2025.08）

Version 2.3.1 - Updated April 17th 2019 (Installation instructions)
For previous versions and Python 2.7 bundles, see here.
These bundles include Python 3.7


Download PyMOL

Python安裝

（所有版本安裝方法一致，本次未做更新，2025.08）

  • 如系統(tǒng)已搭建好python環(huán)境，可跳過此步驟，直接進(jìn)入PyMOL安裝環(huán)節(jié)。

1 官網(wǎng)下載Python安裝包

本文下載的版本為：Python 3.7.3，Windows x86-64 executable installer，如圖所示。

Python

2 安裝Python

  • 雙擊python-3.7.3-amd64.exe文件，選擇“Install launcher for all users”和“Add Python 3.7 to PATH”兩個(gè)選擇框，并以Customize installation方式安裝，隨后安裝選項(xiàng)均為默認(rèn)，直至出現(xiàn)安裝位置。本文選擇安裝位置為C盤，點(diǎn)擊install便可安裝完成（一定記住Python安裝位置）。



3 Python安裝驗(yàn)證

  • Windows系統(tǒng)下，調(diào)用CMD命令，進(jìn)入命令行窗口，輸入python，如出現(xiàn)以下界面，即表明安裝成功。


PyMOL(3.2.0)版本安裝

Python安裝

安裝方法參考前文，本次下載安裝版本為python-3.14

溫馨提示

Windows10系統(tǒng)環(huán)境需要部署Microsoft C++ Build Tools環(huán)境，可自行搜索“Microsoft Build Tools for Visual Studio”，在 Build Tools 中，安裝“使用C++的桌面開發(fā)”即可。

安裝依賴庫：

  • 打開命令提示符（CMD），輸入以下命令安裝必要的依賴庫：

    python -m pip install numpy
python -m pip install pmw
python -m pip install pyqt5
  1. 下載 PyMOL 的 wheel 文件：

4. 安裝 PyMOL：

  • 將下載的安裝包放在一個(gè)目錄中，例如 C:\pymol，在命令提示符中切換到該目錄：

    進(jìn)入 C:\pymol

安裝 pymol_launcher：

  •   python -m pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl

  • 安裝 pymol-3.2.0程序：

    python -m pip install --upgrade --no-deps pymol-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl

5. 運(yùn)行 PyMOL：

PyMOL（2.6.0）版本安裝

（以下安裝方法可行，但提供下載whl文件的地址失效，可從本文最后的百度云盤下載）

1 下載whl文件

Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages
  • 下載相應(yīng)pymol的whl文件包及其以來安裝包。
  1. numpy+mkl安裝包 numpy?1.15.4+mkl?cp37?cp37m?win_amd64.whl
  2. Pmw軟件包 Pmw?2.0.1?py3?none?any.whl
  3. pymol安裝包 pymol?2.3.0?cp37?cp37m?win_amd64.whl
  4. pymol_launcher安裝包 pymol_launcher?2.1?cp37?cp37m?win_amd64.whl
pymol whl
NumPy

2 安裝PyMOL軟件

  • 將下載好的文件放在硬盤根目錄下，本文將下載好的文件放在了C盤下的pymol文件夾中（C:\pymol），在cmd命令窗口或者powershell窗口下，運(yùn)行以下命令即可完成pymol的安裝。
C:\Users\yangh>cd C:\pymol

C:\pymol>pip install numpy-1.15.4+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安裝numpy+mkl
Processing c:\pymol\numpy-1.15.4+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Installing collected packages: numpy
Successfully installed numpy-1.15.4+mkl

C:\pymol>pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl # 安裝Pmw
Processing c:\pymol\pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
Installing collected packages: Pmw
Successfully installed Pmw-2.0.1

C:\pymol>pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安裝pymol-2.3.0
Processing c:\pymol\pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Requirement already satisfied: numpy in c:\python37\lib\site-packages (from pymol==2.3.0) (1.15.4+mkl)
Requirement already satisfied: Pmw in c:\python37\lib\site-packages (from pymol==2.3.0) (2.0.1)
Installing collected packages: pymol
Successfully installed pymol-2.3.0

C:\pymol>pip install pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安裝pymol_launcher
Processing c:\pymol\pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Requirement already satisfied: pymol in c:\python37\lib\site-packages (from pymol-launcher==2.1) (2.3.0)
Requirement already satisfied: numpy in c:\python37\lib\site-packages (from pymol->pymol-launcher==2.1) (1.15.4+mkl)
Requirement already satisfied: Pmw in c:\python37\lib\site-packages (from pymol->pymol-launcher==2.1) (2.0.1)
Installing collected packages: pymol-launcher
Successfully installed pymol-launcher-2.1

C:\pymol>pip list # 查看已安裝軟件
Package    Version
---------- ----------
numpy      1.15.4+mkl
pip        19.1.1
Pmw        2.0.1
pymol      2.3.0
setuptools 40.8.0

C:\pymol>pip show pymol #查看安裝后的pymol信息
Name: pymol
Version: 2.3.0
Summary: PyMOL is a Python-enhanced molecular graphics tool. It excels at 3D visualization of proteins, small molecules, density, surfaces, and trajectories. It also includes molecular editing, ray tracing, and movies. Open Source PyMOL is free to everyone!
Home-page: http://pymol.org
Author: Schrodinger
Author-email: UNKNOWN
License: UNKNOWN
Location: c:\python37\lib\site-packages
Requires: numpy, Pmw
Required-by:
  • 安裝完成后，在Python的安裝目錄C:\Python37中有PyMOL執(zhí)行文件，雙擊即可運(yùn)行。為方便使用，可以將PyMOL執(zhí)行文件發(fā)送到桌面快捷方式。

除直接在Python環(huán)境中安裝之外，還可在Anaconda（Python3.7）環(huán)境中安裝，或者直接官網(wǎng)下載Windows版，購買LICENSE。

關(guān)于PyMOL的學(xué)習(xí)使用，以后如有時(shí)間再做系統(tǒng)整理分享。
以上軟件安裝包存放在百度云盤中，如有需要，自行下載。

2022年之前安裝軟件包如下：

python-3.9版本+pymol-2.6.0版本
鏈接: https://pan.baidu.com/s/1pTeIGvyk-1MTBETDXtMHCw?pwd=vdny
提取碼: vdny

python-3.11版本+pymol-2.6.0版本
鏈接: https://pan.baidu.com/s/1pxBztEKDNupMk4s9ad3a1Q?pwd=4qhx
提取碼: 4qhx

參考

  1. PyMOL Windows Install https://pymolwiki.org/index.php/Windows_Install
  2. PyMOL Wiki http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page

軟件安裝時(shí)做了部分記錄，作為簡(jiǎn)書的開篇一文，分享給大家，僅供參考。

最后編輯于 ：
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