寫在前面
結(jié)構(gòu)生物學(xué)的迅猛發(fā)展使得我們能夠看到蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，并能夠?qū)ζ涮囟ǖ陌被徇M行人為地修改，從而能夠更好地解釋"點突變"。同時，Alphafold2的出現(xiàn)，降低了我們接觸結(jié)構(gòu)生物學(xué)的門檻。而結(jié)構(gòu)生物學(xué)的原始數(shù)據(jù)是原子位點在三維空間上的坐標，這對于人類這個視覺動物是很不方便的，在這種情況下，PyMol就應(yīng)運而生。 PyMol作為一款優(yōu)秀的結(jié)構(gòu)生物學(xué)可視化軟件，受到了大家的青睞。而我本人也是基于興趣和課題角度，系統(tǒng)地學(xué)習(xí)一下這個軟件的使用，方能不被時代所拋棄。
1.使用windows下的python安裝PyMol的預(yù)編譯版本
????在詞條搜索PyMol也可以下載對應(yīng)windows版本，但是與用python安裝的這個版本比，一是安裝過程不夠高級；二是功能上存在部分缺失，并且老是彈出激活PyMol這個選項，RMB玩家可以選擇，常規(guī)玩家可以繞路了。
????你可以去下面這個鏈接選擇合適自己的電腦型號的anaconda版本。(https://repo.anaconda.com/archive/)。
這里博主采用的是Anaconda2-5.3.1-Windows-x86_64.exe。
????下載安裝后，打開‘cmd’，輸入你安裝的絕對路徑+python，如我的是，C:\Users\gongxiangyu\Anaconda2，提示python版本，則安裝成功。
2.下載相關(guān)的wheel文件
匹配上述python版本的wheel文件如下
1.numpy+mkl 如 numpy?1.14.6+mkl?cp27?cp27m?win_amd64.whl代表python2.7 64bit的python和系統(tǒng)。
2.pymol 如pymol?2.1.0?cp27?cp27m?win_amd64.whl
3.pymol_launcher 如： pymol_launcher?2.1?cp27?cp27m?win_amd64.whl
下載鏈接如下：
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
我找到的版本與博主的不同，具體如下。
[numpy?1.16.6+mkl?cp27?cp27m?win_amd64.whl](javascript:; "[37.5 MB] [Jun 04, 2020]")
[pymol?2.1.0?cp27?cp27m?win_amd64.whl](javascript:; "[8.3 MB] [Mar 13, 2018]")
[pymol_launcher?2.1?cp27?cp27m?win_amd64.whl](javascript:; "[218 KB] [Mar 13, 2018]")
將whl 文件放到c盤的根目錄下(也就是安裝python的地方)，然后在cmd或者powershell窗口下運行下述命令就可以完成pymol的安裝:
Anaconda2\python.exe -m pip install "C:numpy-1.16.6+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl"
Anaconda2\python.exe -m pip install "C:pymol?2.1.0?cp27?cp27m?win_amd64.whl"
Anaconda2\python.exe -m pip install "C:pymol_launcher?2.1?cp27?cp27m?win_amd64.whl"
安裝完成后，就能在anaconda2路徑下找到PyMol.exe文件，將其發(fā)送到桌面快捷方式就可以使用PyMol了。
參考鏈接:
http://pymol.chenzhaoqiang.com/intro/install.html
