用conda來安裝大部分python/R/JAVA的軟件包

昨天發(fā)現(xiàn)了神器multiqc來整合分析一個(gè)目錄下所有文件的quality control結(jié)果,今天來試著裝了一下。

然后又發(fā)現(xiàn)了conda這個(gè)使得生活更美好的package manger軟件。官網(wǎng)上介紹conda是可以安裝、更新和管理現(xiàn)在大部分流行的編程軟件的包,比如python,R,java。

安裝步驟:

  1. 先去官網(wǎng)下載一個(gè).sh文件,然后bash 文件名.sh

  2. 根據(jù)終端里面的提示按yes往下

  3. 然后conda就安裝好了

因?yàn)槲乙话愣际且獙④浖b到服務(wù)器上,經(jīng)常性會(huì)因?yàn)闆]有權(quán)限各種問題,但是conda的安裝避免了這個(gè)問題,非常美好。

然后就是安裝multiqc,直接跑下面的代碼:

conda install -c bioconda multiqc

之后把該更新的包一更新,that's all done!

總結(jié):
以后我會(huì)用conda來安裝、更新、管理python和R的包,而且在這個(gè)過程中也不太用考慮服務(wù)器安裝沒有權(quán)限的問題,因?yàn)閏onda自動(dòng)會(huì)安裝到本地目錄,而不是全局目錄。

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