發(fā)簡信
IP屬地：賓夕法尼亞州
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在世界頂尖制藥公司實習(xí)是一種怎樣的體驗
2016年夏，我進入到Genentech公司進行實習(xí)，這是一家在南舊金山的世界上最大的生物制藥公司。公司在2009年被羅氏收購，目前是羅氏在北美...
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2019年，我在斯坦福一年后，離開了學(xué)術(shù)界
2019年第一天，我載著大寶和豆包以及剩余家當從洛杉磯搬到灣區(qū)。我們住的房子，由于客廳住著房東，常年是不開燈的，我們需要摸黑走過狹長的走道，到達...
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用conda來安裝大部分python/R/JAVA的軟件包
昨天發(fā)現(xiàn)了神器multiqc來整合分析一個目錄下所有文件的quality control結(jié)果，今天來試著裝了一下。 然后又發(fā)現(xiàn)了conda這個使...
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ChIP-Seq/ATAC-Seq/DNAse-Seq的一站式質(zhì)量控制和分析流程這兩天在總結(jié)標題中三種組學(xué)方法的分析流程，看到了ENCODE在去年公開的分析流程，感覺像撿到了寶貝一樣。一個分析流程是針對ChIP-Seq的，包...
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RNASeq的分析流程軟件
之前一直用的是Tophat + Htseq-count + Deseq2的分析組合來做rnaseq的回帖，確定基因表達量，以及做差異基因的分析。...
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用GOsemsim包來比較不同gene或者gene set之間的相似性
有時候會有這樣的分析需求，拿到兩個基因，或者兩個基因list，雖然它們是不同的基因的，但是可以提一個問題，它們之間的功能注釋上有沒有相似性呢？ ...
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用clusterprofiler包來做基因富集性分析
Gene ontology enrichment analysis可能是現(xiàn)在生物信息學(xué)里面最常用的分析。以前我一般都是用DAVID這個在線工具來...
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生物信息學(xué)常用的R語言包
org.Hs.eg.db This is a package for genome-wide annotation for human, hav...
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第一篇簡書
做生物信息算下來七八年了，中間會遇到許多的問題以及學(xué)習(xí)后的解決方案，許多都沒有記錄下來，這是一個非常遺憾的事情。 之前用了一段時間博客，比如wo...