2016年夏，我進(jìn)入到Genentech公司進(jìn)行實(shí)習(xí)，這是一家在南舊金山的世界上最大的生物制藥公司。公司在2009年被羅氏收購(gòu)，目前是羅氏在北美的研發(fā)總部。Genentech...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：賓夕法尼亞州
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在世界頂尖制藥公司實(shí)習(xí)是一種怎樣的體驗(yàn)
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2019年，我在斯坦福一年后，離開(kāi)了學(xué)術(shù)界
2019年第一天，我載著大寶和豆包以及剩余家當(dāng)從洛杉磯搬到灣區(qū)。我們住的房子，由于客廳住著房東，常年是不開(kāi)燈的，我們需要摸黑走過(guò)狹長(zhǎng)的走道，到達(dá)自己的墻壁已經(jīng)有些斑駁的房間。...
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用conda來(lái)安裝大部分python/R/JAVA的軟件包
昨天發(fā)現(xiàn)了神器multiqc來(lái)整合分析一個(gè)目錄下所有文件的quality control結(jié)果，今天來(lái)試著裝了一下。 然后又發(fā)現(xiàn)了conda這個(gè)使得生活更美好的package ...
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ChIP-Seq/ATAC-Seq/DNAse-Seq的一站式質(zhì)量控制和分析流程這兩天在總結(jié)標(biāo)題中三種組學(xué)方法的分析流程，看到了ENCODE在去年公開(kāi)的分析流程，感覺(jué)像撿到了寶貝一樣。一個(gè)分析流程是針對(duì)ChIP-Seq的，包括轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾，鏈接在...
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RNASeq的分析流程軟件
之前一直用的是Tophat + Htseq-count + Deseq2的分析組合來(lái)做rnaseq的回帖，確定基因表達(dá)量，以及做差異基因的分析。 但是，tophat已經(jīng)是比較...
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用GOsemsim包來(lái)比較不同gene或者gene set之間的相似性
有時(shí)候會(huì)有這樣的分析需求，拿到兩個(gè)基因，或者兩個(gè)基因list，雖然它們是不同的基因的，但是可以提一個(gè)問(wèn)題，它們之間的功能注釋上有沒(méi)有相似性呢？ 特別是，我以前比較兩個(gè)基因Li...
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用clusterprofiler包來(lái)做基因富集性分析
Gene ontology enrichment analysis可能是現(xiàn)在生物信息學(xué)里面最常用的分析。以前我一般都是用DAVID這個(gè)在線(xiàn)工具來(lái)做。但是用DAVID有三個(gè)主要...
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生物信息學(xué)常用的R語(yǔ)言包
org.Hs.eg.db This is a package for genome-wide annotation for human, have entrez ID, en...
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第一篇簡(jiǎn)書(shū)
做生物信息算下來(lái)七八年了，中間會(huì)遇到許多的問(wèn)題以及學(xué)習(xí)后的解決方案，許多都沒(méi)有記錄下來(lái)，這是一個(gè)非常遺憾的事情。 之前用了一段時(shí)間博客，比如wordpress，但是都不如ma...
個(gè)人介紹
加州大學(xué)洛杉磯分校博士，斯坦福大學(xué)博士后，現(xiàn)為美國(guó)強(qiáng)生制藥研發(fā)科學(xué)家。