亚洲特级特黄毛片视频,91人妻人人做人人爽,午夜精品国产欧美一区

老規(guī)矩，先和同學(xué)們介紹一下為什么要做這么一款軟件？基因組比對(duì)paf格式文件：

基因組比對(duì)paf格式文件

當(dāng)同學(xué)們需要進(jìn)行基因組層面的序列比較時(shí)，通常要面對(duì)如上所示的比對(duì)結(jié)果文件，這個(gè)文件可能有幾十萬(wàn)甚至幾百萬(wàn)行，那么想要從如此大量的數(shù)據(jù)中篩選出所需要的信息將成為一個(gè)無(wú)比繁瑣且耗時(shí)的過(guò)程，其痛苦不言而喻。而目前所發(fā)表的可視化軟件在處理大文件（超過(guò)1GB）時(shí)又表現(xiàn)出卡、頓等不佳的情況。因此，為了解決基因組層面比對(duì)可視化問(wèn)題并順應(yīng)基因組T2T發(fā)展潮流，特意開(kāi)發(fā)了RAviz來(lái)解決這類問(wèn)題。

安裝系統(tǒng)

可在Windows及MacOS上安裝

具體介紹及操作如下

1、RAviz界面

RAviz一共分為四個(gè)部分。第一部分（①）是對(duì)作圖的一些參數(shù)的調(diào)整，該部分是可選的且通常不需要調(diào)節(jié)，在設(shè)計(jì)軟件時(shí)已經(jīng)將各參數(shù)盡可能調(diào)整到了最佳的一個(gè)狀態(tài)。第二部分是會(huì)顯示與作圖相關(guān)的原始數(shù)據(jù)，因?yàn)镽Aviz在繪圖過(guò)程中會(huì)根據(jù)設(shè)定參數(shù)為同學(xué)們過(guò)濾一些不是那么靠譜的比對(duì)結(jié)果。第三部分（③）用于paf格式比對(duì)結(jié)果的可視化。第四部分在展示比對(duì)結(jié)果的同時(shí)也可以展示rare kmers（這個(gè)在T2T組裝中發(fā)揮了重要作用）。

2、paf格式比對(duì)結(jié)果的可視化

paf格式的比對(duì)結(jié)果至少應(yīng)該至少包括12列，如下面文件所示：

從第一列到第十二列，其內(nèi)容分別是：query ID, query序列的總長(zhǎng)度，比對(duì)部分在query序列上的起點(diǎn)，比對(duì)部分在query序列的重點(diǎn)，比對(duì)是發(fā)生在正鏈還是負(fù)鏈上，參考序列的ID，參考序列的長(zhǎng)度，比對(duì)部分在參考序列上的起點(diǎn)，比對(duì)部分在參考序列上的終點(diǎn)，比對(duì)部分的長(zhǎng)度，含有g(shù)ap的比對(duì)部分的長(zhǎng)度，比對(duì)質(zhì)量以及其他部分。

這個(gè)格式的比對(duì)結(jié)果可以通過(guò)minimap2軟件（https://github.com/lh3/minimap2）。在得到比對(duì)結(jié)果后，需要將比對(duì)結(jié)果按照第一列進(jìn)行排序（可以使用的命令是：sort -k 1,1 +路徑+“ -o ” +保存路徑）。同時(shí)，RAviz支持拖拽文件的操作。

在RAviz中，我們通過(guò)構(gòu)建index文件的方法來(lái)快速顯示大文件（>1GB）的比對(duì)內(nèi)容。在第一次進(jìn)行可視化的過(guò)程中，RAviz會(huì)自動(dòng)根據(jù)第一列的內(nèi)容構(gòu)建index文件。另外，考慮到一些用戶可能想要分析第六列即想要分析參考ID的那一列，可以通過(guò)點(diǎn)擊按鈕“t->q”來(lái)實(shí)現(xiàn)對(duì)第六列索引文件的構(gòu)建。“alignment_length”（默認(rèn)值1000）以及“mapping_quality”（默認(rèn)值60）則可以用于過(guò)濾比對(duì)結(jié)果。點(diǎn)擊“draw”即可展示比對(duì)結(jié)果。當(dāng)文件太大，確實(shí)很難一次性顯示所有內(nèi)容，RAviz將每次只顯示8000行，可以通過(guò)點(diǎn)擊“next”按鈕瀏覽下一個(gè)8000行而擊“before”可以瀏覽上一個(gè)8000行。上面所述的內(nèi)容僅僅只是比對(duì)結(jié)果的粗略展示，如果想要進(jìn)一步細(xì)致的觀察比對(duì)結(jié)果，RAviz允許用戶通過(guò)放入感興趣的ID來(lái)進(jìn)行可視化展示，其位置如下圖所示：

放入ID后，用戶在放入ID后還需要點(diǎn)擊“query ID”或者“reference ID”來(lái)進(jìn)行繪制。如果比對(duì)文件太大，很難通過(guò)打開(kāi)文件來(lái)獲得ID ，這個(gè)時(shí)候用戶可以使用“show query ID”或者“show reference ID”來(lái)獲取相應(yīng)的ID。繪制的結(jié)果是SVG或者pdf等矢量圖格式，從而保證了展示結(jié)果的高度清晰并且RAviz將自動(dòng)調(diào)用系統(tǒng)默認(rèn)的程序來(lái)展示結(jié)果。我們建議用戶使用Adobe Acrobat Pro DC軟件來(lái)展示PDF文件并將其設(shè)置為系統(tǒng)默認(rèn)程序。

3、rare kmers的結(jié)果可視化

在這個(gè)部分，RAviz將同時(shí)顯示比對(duì)結(jié)果以及rare kmers結(jié)果。輸入文件如下所示：

其基本格式為：query ID, query序列的總長(zhǎng)度，比對(duì)部分在query序列上的起始位置，比對(duì)部分在query序列的終止位置，比對(duì)發(fā)生在正鏈還是負(fù)鏈，參考ID，參考序列的總長(zhǎng)度，比對(duì)部分在參考序列上的起始位置，比對(duì)部分在參考序列的終止位置，之后是rare kmers對(duì)應(yīng)的起始位置和終止位置。為了能夠便捷地得到輸入文件，除RAviz外，還為同學(xué)們特意準(zhǔn)備了另外一份腳本，通過(guò)該腳本的運(yùn)行可以流暢地得到輸入文件，腳本的位置在https://github.com/xianjia10/kmer-map.git。關(guān)于該腳本的具體使用已經(jīng)在github上了做了詳細(xì)說(shuō)明。該腳本的運(yùn)行會(huì)得到三個(gè)文件，如果運(yùn)行腳本輸入文件是1.paf，則這三個(gè)文件的名字分別是1.sort.kmermap,1.sort.kmermap.query.index以及1.sort.kmermap.reference.index。在使用的時(shí)候需要將這三個(gè)文件放入到同一個(gè)文件夾中。

另外，在測(cè)試階段，我們發(fā)現(xiàn)在產(chǎn)生paf文件的過(guò)程中比對(duì)軟件可能會(huì)不明原因的默認(rèn)添加很多奇怪的字符，這個(gè)時(shí)候就會(huì)就會(huì)影響到后續(xù)的分析。因此，希望同學(xué)們?cè)谑褂们耙欢ㄒ獧z測(cè)好文件格式是否能夠滿足要求。檢測(cè)方法如下：