隨著單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄技術(shù)以及分析方法的成熟，人們基于已經(jīng)成熟的命令行或編程工具陸陸續(xù)續(xù)來(lái)發(fā)出了在線分析平臺(tái)和Windows（界面）工具。今天，卑微小王為大家介紹幾款單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組界面在線工具，以饗讀者。也許您在入門單細(xì)胞的時(shí)候有思考過(guò)這個(gè)問(wèn)題:我應(yīng)該選擇哪種技術(shù)來(lái)做呢？數(shù)據(jù)分析平臺(tái)如何選擇呢？是學(xué)習(xí)編程還是用在線的工具呢？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析大套路
分析點(diǎn)與工具實(shí)現(xiàn)
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析工具列表：
https://www.scrna-tools.org/analysis
https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
大部分的數(shù)據(jù)分析是圍繞可視化和聚類降維、數(shù)據(jù)預(yù)處理的。這柱形圖的X軸基本代表了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析大套路中的所有分析點(diǎn)。那么，這些分析點(diǎn)都是這樣到達(dá)我們身邊，可以為我們所用的呢？
在眾多的數(shù)據(jù)分析工具中，R語(yǔ)言占了50%+的比例，其次是python。今天要給大家介紹的界面版的工具其后臺(tái)依然是命令行工具在支撐。
程序界面數(shù)據(jù)分析工具：Loupe
我們說(shuō)的程序界面工具指的是，可安裝在Windows上的軟件，一般是exe格式的，它的一個(gè)特點(diǎn)就是需要安裝，需要占用本地的計(jì)算資源。第一個(gè)就是10X的luop軟件，在loup中我們可以很輕松地可視化單細(xì)胞數(shù)據(jù)。
程序界面數(shù)據(jù)分析工具：scOrange
scOrange是我比較喜歡的， 以拖拉拽的形式分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)，然后我在B站還對(duì)它做了介紹：https://www.bilibili.com/video/BV1m7411R7rm/。
程序界面數(shù)據(jù)分析工具：Bioturing
網(wǎng)頁(yè)界面數(shù)據(jù)分析工具：特定功能
網(wǎng)頁(yè)界面工具的特點(diǎn)是，輕量級(jí)，不需要安裝，在線運(yùn)行。
http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/
https://david.ncifcrf.gov/
https://sct.lifegen.com/.
https://academic.oup.com/nar/article/47/8/e48/5364134
網(wǎng)頁(yè)界面數(shù)據(jù)分析工具：Galaxy
通過(guò)該在線生信分析平臺(tái)，研究人員能夠在不下載和安裝任何軟件工具的前提下做各種生物信息學(xué)分析，并記錄每一步分析過(guò)程。Galaxy單細(xì)胞分析頁(yè)面如下圖所示，左欄是各種生物信息分析工具，右邊是歷史記錄及文件列表。
https://humancellatlas.usegalaxy.eu/
可以看到大部分的分析工具seurat、monocle、scanpy其實(shí)都已經(jīng)可在在線做了。
網(wǎng)頁(yè)界面數(shù)據(jù)分析工具：UCSC Cell Browser
這里已經(jīng)托管了很多數(shù)據(jù)，可以在線挖掘也可以上傳自己的數(shù)據(jù)。
程序/網(wǎng)頁(yè)界面數(shù)據(jù)分析工具：Shiny
Shiny是R中的一種Web開(kāi)發(fā)框架，使得R的使用者不必太了解css、js只需要了解一些html的知識(shí)就可以快速完成web開(kāi)發(fā)，且shiny包集成了bootstrap、jquery、ajax等特性，極大解放了作為統(tǒng)計(jì)語(yǔ)言的R的生產(chǎn)力。目前一些單細(xì)胞文章會(huì)附上一個(gè)shiny程序方便讀者可視化文章數(shù)據(jù)。如： Karaiskos N , Wahle P , Alles J , et al. The Drosophila embryo at single-cell transcriptome resolution[J]. Science, 2017, 358(6360):eaan3235.的shiny： https://shiny.mdc-berlin.de/DVEX/
借助shiny一些R包也支持界面交互操作，如monocle3 、singleCellTK等。
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/singleCellTK.html
總結(jié)：數(shù)據(jù)可視化與交互
也許有不少朋友覺(jué)得學(xué)習(xí)編程很難，需要記住許多字母的意思，更加喜歡界面版工具。界面版工具也確實(shí)能夠幫助我們快速地在全局中了解單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的全貌：打開(kāi)一個(gè)網(wǎng)頁(yè)或者安裝一個(gè)軟件很夠清楚地看出來(lái)需要干嘛以及如何操作；而命令行工具往往沒(méi)有這么直觀，我們安裝了一個(gè)R包，可能依然看不出那他能干嘛，誰(shuí)能從library(Seurat)中看出它都有哪些功能呢？但是學(xué)習(xí)一個(gè)界面版的分析工具也是需要時(shí)間成本的，而且可移植性不高。我們記住一個(gè)工具的按鈕對(duì)另一個(gè)工具并沒(méi)有什么用，R/pyhon就不一樣了：不同的包都是一樣的。
所以，命令行與界面版也許是一個(gè)階段問(wèn)題，沒(méi)有說(shuō)哪個(gè)一定比哪個(gè)好，看使用者的目的和自身所處的階段。
