先上代碼：

kegg <- enrichKEGG(diff$ENTREZID, organism = 'hsa', keyType = 'kegg', pvalueCutoff =0.05,pAdjustMethod = 'none', minGSSize = 10,maxGSSize = 500,qvalueCutoff = 1,use_internal_data = T,universe=df$ENTREZID)

KEGG富集分析代碼：

if(nrow(as.data.frame(kegg))>0){ #如果有符合的通路，則畫(huà)圖

? name7 <- paste("KEGG_Enrich_BarPlot_Significant_Top10.pdf",sep = "",collapse = "")

? pdf(file=name7,width=8,height=10)

? barplot(kegg,showCategory=10,drop=T,color = "pvalue")

? dev.off()

}

首先排除是不是kegg 里沒(méi)有通路，不是這個(gè)原因

> nrow(as.data.frame(kegg))

[1] 5

排除是不是if循環(huán)有問(wèn)題，直接運(yùn)行if循環(huán)下的代碼，發(fā)現(xiàn)pdf可以正常生成并能夠打開(kāi)。

所以問(wèn)題出在if循環(huán)上。網(wǎng)上并沒(méi)有搜到相關(guān)的解決辦法。最終嘗試N次后發(fā)現(xiàn)可以這樣解決。

if(nrow(as.data.frame(kegg))>0){

? name6 <- paste("KEGG_Enrich_DotPlot_Significant_Top10.pdf",sep = "",collapse = "")

? pdf(file=name6)

? p<-dotplot(kegg,showCategory=10,color = "pvalue")

? print(p)

? dev.off()

}