MP-EST通過(guò)maximizing a pseudo-likelihood function 從一組rooted gene trees構(gòu)建物種樹(shù)。MP-EST2.0 可以識(shí)別和處理genetree的多分支。

installation

MP-EST  是用C語(yǔ)言寫(xiě)的。下載的網(wǎng)址：[mp-est]http://faculty.franklin.uga.edu/lliu/mp-est

下載的包含有Linux ，Mac，Windows多種系統(tǒng)的操作程序。

input data

MP-EST輸入的是有根的binary genetrees?？梢杂蒑L進(jìn)化樹(shù)程序RAXml，phyml,phylip或者paup軟件生成的。

the control file

  control file 中不允許注釋。control 文件以genetree的文件的名字開(kāi)頭。所以genetree和control file需要在同一個(gè)文件夾下。然后需要指定genetree的絕對(duì)路徑。物種可以是任意的名字，但是在物種名字后面，你必須指定等位基因的數(shù)量和名字。

image.png

usertree = 0 ： 程序會(huì)生成random tree 作為starting tree
usertree = 1 ： 程序使用user tree 作為starting tree
usertree = 2 ： 優(yōu)化支長(zhǎng)for a fixed tree
usertree = 3 ： 程序?qū)⒂?jì)算具有分支長(zhǎng)度的user tree 的log-likelihood 得分
usertree = 4 ： 程序會(huì)優(yōu)化taxa亞集的位置。（不懂）

output

輸出文件besttree.tre 包含了建好的nexus format的tree。