PGCGAP 是用于原核生物基因組學(xué)和比較基因組學(xué)分析管道，目前該管道包含 12 個模塊，可以接受 Illumina 雙端 reads、Oxford reads 或 PacBio reads 作為輸入，可以完成基因組組裝、基因預(yù)測和注釋，并可以進(jìn)行比較基因組學(xué)分析，包括構(gòu)建單拷貝核心蛋白進(jìn)化樹以及單拷貝核心基因 SNPs 進(jìn)化樹，泛基因組分析與進(jìn)化樹構(gòu)建，全基因組平均核苷酸一致性（ANI）計算，同源蛋白家族聚類及進(jìn)化樹構(gòu)建，COG 注釋，SNPs 和 INDELs calling，抗生素抗性基因 / 毒力因子預(yù)測，Multi-FASTA 進(jìn)化樹構(gòu)建，組裝后基因組短序列過濾與統(tǒng)計信息呈現(xiàn)（genome size，GC content……），序列提取，字符串去重復(fù)。CGAP更新詳情如下或移步官方文檔進(jìn)行查看（https://liaochenlanruo.fun/pgcgap/index-v1.0.35.html#--v1035）：
Rewrite the module?Pan, Panaroo is used instead of Roary and the output files have changed, see?OUTPUT section?for details.
Added function?id2seq?to module?ACC?for extracting the corresponding sequences from a file to another file according to a number of ids in one file.
Added function?getRepeats?to module?ACC?for counting the number of repeats of the string for the specified column in a given file.
目前代碼已經(jīng)完成更新，并已經(jīng)將安裝腳本上傳至Bioconda。為了體驗新功能，請大家通過“pgcgap --check-update”進(jìn)行更新，最新版本號為v1.0.35（也可以全新安裝，見:?https://liaochenlanruo.fun/pgcgap/index-v1.0.35.html#installation）。PGCGAP會不定期更新，為了體驗最新功能，請大家不定時的檢查更新情況。
此外，Linux基礎(chǔ)薄弱的老師可以到https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap/wiki進(jìn)行入門學(xué)習(xí)。
PGCGAP項目地址：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap
如果您覺得PGCGAP對您有幫助的話，可以分享給需要的老師和同學(xué)們，請大家多多支持，歡迎引用！
Liu H, Xin B, Zheng J, Zhong H, Yu Y, Peng D, Sun M. Build a bioinformatics analysis platform and apply it to routine analysis of microbial genomics and comparative genomics.?Protocol?exchange, 2021. DOI:?10.21203/rs.2.21224/v5 .
