Day 3 linux環(huán)境下的軟件安裝

conda-Linux中的應(yīng)用商店

1.conda的下載

搜索miniconda清華——>尋找Linux中匹配系統(tǒng)的最新版本(64-bit(x86_64)、32-bit(x86))——>復(fù)制網(wǎng)址——>打開ubuntu——>輸入wget+網(wǎng)址——>下載成功后bash+文件名,安裝conda——>輸入source ~/.bashrc激活——>

2.在conda中下載軟件

1.查看軟件列表:conda list
2.搜索軟件:conda search+文件名
3.安裝軟件:conda install +文件名 -y(默認(rèn)最新版,y指全部回答yes,文件名與-中有空格)需要老版本:conda install fastqc=0.11.7 -y
4.卸載軟件:conda remove +文件名 -y

3.conda環(huán)境

1.查看conda中的環(huán)境:conda info --envs(info與--之間有空格)
2.建立新環(huán)境:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境,指定python版本是3,安裝軟件fastqc、trimmomatic?(啥意思)(這兩個(gè)可以一步完成)
3.激活新的環(huán)境:conda activate rna-seq

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