學(xué)習(xí)目標(biāo)：

• 在linux環(huán)境下指定文件夾中下載并安裝miniconda 并激活
• 添加生物信息相關(guān)的conda鏡像
• 用conda 搜索指定軟件
• 用conda 安裝 卸載 指定軟件
• 查看conda 環(huán)境
• 創(chuàng)建新的conda 環(huán)境并激活該環(huán)境

first step 下載、安裝、激活conda

下載conda軟件當(dāng)然是在家目錄下 新建個(gè)biosoft文件夾（mkdir biosoft）

#mkdir biosoft
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下載
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安裝
source ~/.bashrc  #激活

second step 添加下載channels

# 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

third step 查找軟件

conda list #查看當(dāng)前所有conda中可用軟件列表
codna search fastqc #查找fastqc軟件

fourth step 用conda 安裝、卸載軟件(以fastqc為例）

conda install fastqc -y #  安裝 “-y的意思是自動(dòng)安裝“”
conda remove fastqc -y #卸載

查看conda環(huán)境

conda info --envs #前面帶*的說明是目前默認(rèn)使用的環(huán)境

創(chuàng)建conda環(huán)境并安裝指定版本的軟件

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic  -y

再次輸入conda info --envs發(fā)現(xiàn)多了個(gè)rna-seq的環(huán)境。

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