本文內(nèi)容主要來自徐云碧老師2016年發(fā)表在PBJ上的綜述“Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement”，原文地址：Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement - Zou - 2016 - Plant Biotechnology Journal - Wiley Online Library

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BSA的優(yōu)缺點

優(yōu)點：相對于傳統(tǒng)整個群體的分析，BSA通過簡化流程顯著降低分析量和成本，通過選擇群體中的極端表型個體或者代表性個體就可以構(gòu)建混池；可使用個體標(biāo)記、微陣列和高通量測序的手段檢測樣本DNA、RNA和蛋白質(zhì)等，簡便易行。

缺點：對于多基因控制的復(fù)雜形狀，BSA效力不足；BSA對遺傳效應(yīng)的估計可能會偏離實際，且不能檢測表觀變異；BSA對表型鑒定的失誤不敏感。

BSA流程和影響因素

BSA主要流程：群體構(gòu)建 --> 混合 --> 表型鑒定 --> 數(shù)據(jù)分析 --> 應(yīng)用

BSA pipeline and affecting factors

包括但不限于群體大?。╝nd tail size，極端個體數(shù)目）、極端個體的選擇、測序策略、復(fù)雜形狀的遺傳結(jié)構(gòu)和標(biāo)記密度。

提高BSA效力的幾個方法：

在受控制的環(huán)境下進(jìn)行表型檢測，特別是針對低遺傳力和受環(huán)境影響巨大的表型；

選擇極端個體的數(shù)量需要考慮群體大小和表型變異解釋力，如對于中小群體（200-500個體）選擇20%-30%、對PVE達(dá)到10-15%的QTL則至少選20個個體；

在含3000個個體的原始群體中，選擇10%的極端個體，有95%可能檢測到表型變異解釋力僅為1%的QTL；

BSA的混池模式

對極端表型個體的選擇可以是單或者雙向的，不同的選擇模式導(dǎo)向?qū)τ谀繕?biāo)形狀的一個、兩個或者多個混池。

a)質(zhì)量性狀混池，取抗病R感病S；b)數(shù)量性狀混池，常正態(tài)分布，取低值L高值U；c)多個相同混池；d)存在致死效應(yīng)的混池，CK:來源于控制群體的植株和R:來源于選擇壓的植株

對于先混合再取樣，還是先取樣再混合這兩種方式來說，對分析DNA并沒有顯著差異，所以考慮到性價比，前者是更合適的方法。

23.6.30更新 ：部分測序機(jī)構(gòu)說每個子代分別提取DNA再混合可以降低背景噪音。