cBioPortalData安裝報錯“不存在叫‘cBioPortalData’這個名字的程輯包”

問題:首先,報錯“不存在叫‘cBioPortalData’這個名字的程輯包”

經(jīng)過bing發(fā)現(xiàn)可能是包安裝在了錯誤的路徑/不完整。


解決辦法:

1.嘗試為安裝函數(shù)加上version參數(shù),依舊報錯

BiocManager::install("cBioPortalData",version = "3.16")

注:這個version會隨R版本變動而變動,報錯按照R提示更改version的值就好。

2.觀察下載過程,發(fā)現(xiàn)warning中有很多time out/很多包未下載完全

384kb,下載不了一點

于是推測是網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致依賴包下載不全,因此沒有報錯,但是library時報錯不存在包。

3.解決網(wǎng)絡(luò)問題--選擇鏡像

chooseBioCmirror()


選擇一個china的即可成功下載所有包。(該方法也適用于bioconductor包下載慢的問題!

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