1.使用幫助
當(dāng)我們不明白其中一個命令的用法時，可以使用命令+ --help
示例：rm --help
-- help的用法
當(dāng)在刪除miniconda3文件時，結(jié)果是：
rm -r miniconda3/
我們會發(fā)現(xiàn)一直會出現(xiàn)提示是否刪除，因為文件太多，一個個回答
y不現(xiàn)實，所以使用了強制刪除rm -f具體為：
rm -f miniconda3/
下面開始重新安裝miniconda
下載miniconda
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
結(jié)果為：
結(jié)果文件示例
安裝軟件 （預(yù)計跟shell腳本有關(guān)）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh或sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意點：
bashrc為配置文件，這一步意味著修改了配置文件
修改完配置文件后并不會立即生效，需要source一下才能生效
示例：
source .bashrc還有一種方法，就是你重新打開一個遠程連接窗口，會在配置新開的窗口生效，此時并不用source
修改conda的軟件下載路徑，改為國內(nèi)鏡像地址，可以加快下載速度
需要注意的是：有很多生信軟件的國內(nèi)鏡像地址只有64位系統(tǒng)的路徑，因此最好把系統(tǒng)換為64位的，下面的步驟才能順利運行。
創(chuàng)建運行環(huán)境
因為不同的種類基因組操作需要不同的運行環(huán)境，最好使每個運行環(huán)境互不影響
創(chuàng)建 rna-seq的環(huán)境conda create -n rna-seq python=2
查看所有環(huán)境：conda info --envs
激活環(huán)境與退出環(huán)境的代碼為：
image.png
激活環(huán)境后，注意root前的內(nèi)容
安裝軟件
conda install -y fastqc
-y表示yes，省略中間詢問過程
卸載軟件
conda remove -y fastqc
查看安裝軟件列表
conda list
