前面一篇分享了一個讀取單細胞數(shù)據(jù)的工具，有人提到空間轉(zhuǎn)錄組是否可用。那么，今天就來分享一個可以快速讀取空間轉(zhuǎn)錄組h5文件為seurat對象的工具，過程也是相當簡單。

library(easySCFr)

obj <- loadH5('stxBrain.h5', assay='Spatial', image_name='anterior1', calData=F, calScale=F, calFeatures=F)

將h5文件讀取為seurat對象只一行代碼就可以搞定，如果需要其他軟件的格式，可以通過readType參數(shù)修改，可選擇類型為：Seurat、monocle2、monocle3、cellchat、SingleCellExperiment。cal開頭的三個參數(shù)默認為開啟狀態(tài)，會進行一些預(yù)處理，建議還是關(guān)閉吧。

將對象保存為h5文件也是一行代碼即可搞定：

saveH5(obj, assay='Spatial', image_name='anterior1', FileName='stxBrain.h5')

讀取和保存相對重要的兩個參數(shù)都是assay、image_name，決定了讀取或保存哪些數(shù)據(jù)。并且，讀取或者保存時image對象名和鍵名分別默認為Spatial、Spatial_，如果指定了image_name參數(shù)會替換默認值。雖然easySCFr很好用，但在面對多組學(xué)數(shù)據(jù)時就會顯得有點力不從心。