2019-08-29內(nèi)容

基因組拼接

  1. 基因組Survey：基因組大小、雜合度、重復(fù)序列含量評(píng)估

  2. 拼接策略制定：二代、三代、Hi-C等

  3. 拼接原理

  4. 拼接軟件：SOAPdenovo2、canu、pilon 等

基因組注釋

  1. 重復(fù)序列注釋?zhuān)篟epeatMasker

  2. 基因結(jié)構(gòu)注釋?zhuān)菏褂?BRAKER 訓(xùn)練參數(shù)模型

  3. 基因結(jié)構(gòu)注釋?zhuān)菏褂?Maker 自動(dòng)化注釋

  4. 基因功能注釋?zhuān)篹ggnog-mapper 結(jié)合自主開(kāi)發(fā)流程

比較基因組

  1. 基因家族鑒定：orthofinder、韋恩圖

  2. 物種樹(shù)構(gòu)建

  3. 共線性分析：MCscanX、共線性圖

  4. 基因家族分析：同源基因鑒定、進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建、進(jìn)化樹(shù)美化

  5. 正選擇分析

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