究竟為什么要學(xué)編程，可能每個(gè)人在行動(dòng)之前都會(huì)有這樣的疑問(wèn)。因?yàn)殪趴?，可以裝逼，熒幕上的黑客都帥呆了；因?yàn)槌绷鳎麄€(gè)社會(huì)都在宣傳學(xué)編程，各種廣告鋪天蓋地，再不學(xué)就out了。誠(chéng)然，這些理由都不錯(cuò)，但這些是大眾學(xué)編程的原因，而不是你學(xué)編程的理由。我絕對(duì)學(xué)習(xí)一樣技能，一定要有強(qiáng)烈的主觀愿望，尤其是編程，如果不是靠興趣驅(qū)動(dòng)，真的會(huì)很痛苦。如何才能有強(qiáng)烈的主觀愿望呢？興趣是基礎(chǔ)，然后在學(xué)習(xí)的過(guò)程中不斷地獲得正反饋，越學(xué)越有意思，越來(lái)越爽。
我們就用幾個(gè)小例子來(lái)展示一下編程能給我們的工作生活帶來(lái)怎樣意想不到的便利。希望通過(guò)適當(dāng)?shù)囊龑?dǎo)，大家能體會(huì)編程的爽，樂(lè)在其中，享受編碼的樂(lè)趣。
首先聲明，我們的原則是，一切機(jī)械的重復(fù)性的工作都應(yīng)該自動(dòng)化，牢記這一條。
代碼已上傳至GitHub，想直接看代碼的點(diǎn)這里。
場(chǎng)景一
我們想研究某個(gè)基因家族，比如說(shuō)人類的HSP家族，首先我們需要獲取該家族的所有成員以及他們的序列。我們可以這樣做，在NCBI上搜索“heat shock protein”，物種設(shè)置為“Homo Sapiens”，逐條記錄點(diǎn)進(jìn)去，將序列拷下來(lái)，粘貼到記事本中，整理成fasta格式。上期講過(guò)，編程就是通過(guò)編程語(yǔ)言告訴計(jì)算機(jī)我們想怎么做，讓機(jī)器替我們?nèi)ジ煽嗔?，解放自己的雙手和時(shí)間?，F(xiàn)在我們把自己手動(dòng)執(zhí)行的過(guò)程轉(zhuǎn)換成代碼。我這里簡(jiǎn)化了，直接從refgene數(shù)據(jù)庫(kù)提取HSP家族各成員相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本編號(hào)，再利用這個(gè)編號(hào)去NCBI上獲取序列。
場(chǎng)景二
我們需要對(duì)上一步得到的序列設(shè)計(jì)引物，用于后續(xù)的研究。從程序輸出的log可以看到，一共有39條序列，一條一條拖進(jìn)primer5，調(diào)整好參數(shù)，鼠標(biāo)一點(diǎn)一點(diǎn)拖過(guò)去，天啦嚕，干完眼睛都要瞎了（回想起自己當(dāng)年一遍一遍重復(fù)這個(gè)操作，瑟瑟發(fā)抖。。。）。龜叔告訴我們，生活不應(yīng)該是這個(gè)樣子的。
我們有primer3-py庫(kù)啊，只需要適度的封裝，別說(shuō)39條，就算39萬(wàn)條都不帶眨眼睛的。
示例代碼比較糙，只為了說(shuō)明問(wèn)題。完全可以在這基礎(chǔ)上優(yōu)化，比如調(diào)整參數(shù)，結(jié)果過(guò)濾，篩選出最優(yōu)的primer，使其成為實(shí)際可用的代碼。
場(chǎng)景三
引物設(shè)計(jì)完了，需要送去合成，也可以用代碼搞定。將上一步的結(jié)果發(fā)送給生物公司的銷售，并抄送老師。
來(lái)看看是不是真的發(fā)送成功了
以上三個(gè)場(chǎng)景是一個(gè)連貫性的操作，完全可以整合到一起，實(shí)現(xiàn)完全自動(dòng)化。只需要敲完命令，回車(chē)，剩下的就不用關(guān)心了。除了第一步比較耗時(shí)，因?yàn)橐ㄟ^(guò)網(wǎng)絡(luò)請(qǐng)求，需要62s，二三兩步不超過(guò)5s，總耗時(shí)不過(guò)70s，節(jié)省了大量的時(shí)間精力。這么美好的時(shí)光，干點(diǎn)啥不好啊，看劇看文獻(xiàn)，打球做實(shí)驗(yàn)，撩妹寫(xiě)文章都行啊。
當(dāng)然編程的應(yīng)用場(chǎng)景遠(yuǎn)不止這些，這里拋磚引玉。其實(shí)很多問(wèn)題都有第三方的庫(kù)，這也是python如此受歡迎的原因之一，Google一下，說(shuō)不定就有你想要的，直接拿過(guò)來(lái)用就好了。還有些問(wèn)題，不怕想不到，就怕實(shí)現(xiàn)不了。只要能力爐（lan）火（ai）純（wan）青（qi），你用python煮咖啡也不是不可以噢。
當(dāng)然了，這種事還是在家干，在學(xué)習(xí)室這么搶網(wǎng)速會(huì)被懟的。但是在學(xué)習(xí)室，他的分析流程要跑12h，我就比他NB，我只要4h跑完，這種事情絕對(duì)是喜聞樂(lè)見(jiàn)的。我們后面會(huì)討論如何構(gòu)建一個(gè)高效的分析流程，請(qǐng)保持關(guān)注哦。
今天就到這里了，see you！
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