寫在前面

前述，寫了一個(gè)推文，大體是《即日起「TBtools」關(guān)閉「高速插件商店」，讓往事隨風(fēng)~》。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，舍去了兩個(gè)輔助插件安裝的插件，因?yàn)闀r(shí)代已經(jīng)不需要他們。我們選擇了另外一種方式，可以讓用戶跟安裝 TBtools 其他所有插件一樣，輕松安裝「R 插件」。
至于，為什么我現(xiàn)在一定要做這個(gè)事情？因?yàn)?，我受夠了。前幾天，我花了整整兩天的時(shí)間，在服務(wù)器上，私活安裝不上 DESeq2 和 WGCNA，最后發(fā)現(xiàn)要么是gcc版本問(wèn)題，conda庫(kù)和bioconda庫(kù)的版本不對(duì)齊問(wèn)題，更或者就是網(wǎng)絡(luò)不行...總的來(lái)說(shuō)，安裝軟件，我是真的不想干這個(gè)事情。打成穩(wěn)定插件，沒(méi)那么多事。最后我還是用 TBtools 把差異表達(dá)分析做了....

TBtools-R插件介紹

簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，R插件基于R語(yǔ)言運(yùn)行環(huán)境。兩年前，「TBtools」文稿發(fā)表后，我們即致力于實(shí)現(xiàn)一個(gè)方便用戶共同開(kāi)發(fā)的平臺(tái)，其中「R插件」是最關(guān)鍵功能。因?yàn)榛谶@個(gè)功能，愿意分享的用戶，完全可以基于手上的R腳本，制備出一個(gè)可分享的 TBtools-R 插件。
目前來(lái)說(shuō)，TBtools 中已有不少 R 語(yǔ)言插件。

其中只有一個(gè)插件是我寫的，剩余都是老鐵用戶們寫的，大體功能是：

1. WGCNAshiny：王驍老鐵打了一個(gè) WGCNA（共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析）的 ShinyApp，TBtools 用戶現(xiàn)在只需要安裝這個(gè)插件就可以直接使用對(duì)應(yīng)功能，幾乎不可能存在安裝或者運(yùn)行不了的問(wèn)題
2. GO Bubble：用于基于TBtools富集分析結(jié)果，繪制氣泡圖
3. Batch Bubble Plot：用于基于多個(gè) TBtools 富集分析結(jié)果，繪制多組比較的氣泡圖
4. BarPlot Shiny：邵老鐵寫的一個(gè)ShinyApp，幫助用戶繪制各種類型的，標(biāo)注顯著性的柱形圖，感覺(jué)很不錯(cuò)
5. Sample Distance：快速計(jì)算表達(dá)矩陣樣品距離
6. CorrPlot 和 SuperCorrPlot：用戶快速計(jì)算和繪制樣品相關(guān)系數(shù)
7. Batch DEGs Analysis Tools：利虎老鐵做的，同時(shí)使用 DESeq2 和 EdgeR 軟件進(jìn)行差異表達(dá)分析，并自動(dòng)整合到一個(gè)文件
8. Sankey Plot：繪制?；鶊D，不少人還是感興趣，尤其在分組變化上
9. Differential Gene Expression Analysis-DESeq2 Wrapper：我寫的，DESeq2做基因差異表達(dá)分析，說(shuō)實(shí)話，挺好用的

當(dāng)然，還有其他，不過(guò)暫時(shí)沒(méi)有整合進(jìn)來(lái)。

插件商店中遇到的兩種插件安裝方式

需要注意，現(xiàn)在已經(jīng)沒(méi)有告訴插件商店了。因?yàn)槲覔Q了一個(gè)帶寬大一些的主機(jī)，邏輯上是不需要高速插件商店了。整體現(xiàn)在的操作是，只有一個(gè)插件商店（注意，需要更新TBtools版本到至少1.098769）。選擇一個(gè)你要安裝的插件，如果這個(gè)插件相對(duì)比較小，那么插件會(huì)自動(dòng)被安裝好，比如，

邏輯上，這些插件現(xiàn)在安裝應(yīng)該很快。
而如果對(duì)于 R 插件或者其他相對(duì)大的插件，那么你點(diǎn)擊后，會(huì)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)到「奶?？靷鳌沟捻?yè)面，比如

下載文件

插件的使用，安裝后，跟正常功能使用沒(méi)區(qū)別....

寫在最后

歸根結(jié)底，我們還是想著，怎么讓所有人都有數(shù)據(jù)分析的能力？不至于總是依賴其他人，或者求著誰(shuí)誰(shuí)誰(shuí)？