經(jīng)歷了一周的時間在學(xué)校服務(wù)器上痛苦的安裝各種軟件，各種軟件沖突，各種報錯，各種conda連接問題，換源，沒有GLIBC2.14問題，LC_ALL問題，UCS4問題，重裝Anaconda等，終于死心了。
還是轉(zhuǎn)到北鯤云上來操作吧。
日后有時間再和學(xué)校服務(wù)器掰扯去。
一、登錄北鯤云
https://www.cloudam.cn/v2/pages/login-page
賬戶密碼都是怡美通德小惠給的。查了一下，之前跑EPIC總共花了30幾塊錢。還不錯。貌似沒有月租哦，用多少劃多少。就是空間200G似乎有點兒少。
二、查軟件
1，查看
module avail 就可以查看已經(jīng)安裝的軟件
module add <軟件名>就可以加載使用
比如想使用R，只需要Module add R
2，查找某軟件
可以用下面命令查找軟件：module keyword XX XX 查看是否有需要的某個軟件包，查到已經(jīng)有下面這幾個哦。
BEDTools/2.29.2-GCC-8.3.0
BWA/0.7.17-iccifort-2019.5.281
BamTools/2.5.1-GCC-8.3.0
SAMtools/1.15.1-GCC-11.2.0
STAR/2.7.3a-GCC-8.3.0
deepTools/3.5.1-foss-2021b
FastQC/0.11.9-Java-11
3，幫助
module spider XX 命令相當(dāng)于查看XX包的幫助文檔。
三、conda安裝軟件
建立環(huán)境：conda create -n py2.7 python=2.7
進(jìn)入py2.7: conda activate py2.7
包安裝 trimmomatic，tophat，hisat2，htseq，subread，salmon，trim_galore：conda install XX
檢查安裝情況：下面命令都能出現(xiàn)幫助文檔或這包的簡介之類就算安裝成功。
trimmomatic：trimmomatic
tophat：tophat
hisat2: hisat2
htseq：htseq-count
subread: featureCounts
salmon: salmon -h
trim_galore: trim_galore -help
multiqc在python2.7下安裝不成功，conda install，pip install都失敗。
考慮建立新的環(huán)境，單獨安裝multiqc。
conda create -n py3.7 python=3.7.13 #建立新的環(huán)境py3.7
conda activate py3.7
conda install multiqc
multiqc -help #成功出現(xiàn)幫助文檔。
全都安裝成功了。
四、心得
商業(yè)化的超算服務(wù)器，還是真靠譜啊。上手很容易，大多數(shù)軟件一次成功。哎，至少人家硬件軟件都匹配啊。。再想想我們學(xué)校的服務(wù)器，超過五年了吧，根目錄的python還是2.6的，還是GLIBC2.12的。落伍落伍啊。測序和分析平臺是不是都要商業(yè)化才發(fā)展的好呢？各個研究所高校幾乎沒有像樣，并且更新及時的測序服務(wù)和大數(shù)據(jù)分析平臺。固定資產(chǎn)都要十年才能報廢啊。。
不同的軟件果然不能安轉(zhuǎn)在相同python環(huán)境下，比如那個multiqc無論如何在python2.7里面安裝不上啊。到python3.4或3.5也不成功，最后到了python3.7.13終于成功了。這個python3.7.13是北鯤云自帶conda base的python版本，雖然不是最新的，但是我猜測應(yīng)該是兼容性好，所以才放到base里，給大家用。還有就是conda自帶的base是不能安裝軟件包的——沒有權(quán)限哦，應(yīng)該自己create之后才能conda install。
