【微生物文獻】Longitudinal profiling of the microbiome at four body sites reveals core stability and ind...

今天分享一篇,3月12日發(fā)表在 Cell 旗下的 Cell Host & Microbe 期刊中的一篇文章。

每個人身體中包含數(shù)以萬億計的細菌,通常被稱為微生物組。每個人體內的微生物,可能都是獨一無二的,就像指紋圖譜一樣。

Longitudinal profiling of the microbiome at four body sites reveals core stability and individualized dynamics during health and disease

=============結果===============

結果1:實驗設計

作者在6年時間內,收集了86個志愿者糞便、皮膚、口腔和鼻腔的微生物(圖1A)。86個志愿者包含41名男性、45名女性,年齡在29-75,BMI在19.1-40。每季度采樣一次。當志愿者患有呼吸道疾病、接種疫苗或服用抗生素時,還會在五周以內再額外采集3-7份樣本。

同時,這批數(shù)據(jù)還有一個優(yōu)點就是擁有多個組學的特征(圖1B):比如有非靶向蛋白質組學(302種蛋白質)、非靶向代謝組學(724種注釋代謝特征)、靶向脂質組學(846種注釋脂質)和62種靶向細胞因子和生長因子測量,以及51種臨床標志物,包括血漿樣品中的C反應蛋白(CRP)、空腹血糖(FG)、血紅蛋白A1C(HbA1C)、低密度脂蛋白(LDL)和高密度脂蛋白(HDL)等(圖1A)。同時,包含血糖控制報告,包括對所有參與者的年度口服葡萄糖耐量測試和對58名個體的金標準穩(wěn)態(tài)血糖(SSPG)測量,將28名個體歸類為胰島素敏感性(IS),將30名個體分類為胰島素抵抗(IR)(圖1C)。
總的來說,這個樣本數(shù)據(jù)包含了3058個就診數(shù)據(jù),5432份樣本數(shù)據(jù)(1467份樣本、926份糞便樣本、1116份皮膚樣本、1001份口腔樣本和922份鼻腔樣本),共產生118124374份測量結果。

結果2:不同部位的微生物變化和個體差異:飲食和環(huán)境的影響

作者首先按采集部位進行了分類,發(fā)現(xiàn)不同部位的微生物可以明顯分開,說明了每個部位的微生物具有明顯的區(qū)域特征(圖1D)。糞便微生物組主要包含擬桿菌門和厚壁菌門;口腔微生物組主要由普雷沃氏菌、鏈球菌、韋氏菌、嗜血桿菌、奈瑟菌和鉤端菌組成;皮膚和鼻腔微生物組樣本共同呈現(xiàn)三角形分布,主要由三個優(yōu)勢屬驅動:Cutibacterium、Corynebacterium和Staphylococcus(圖1D和S1A)。微生物的分布與其它研究結果類似,與研究中胰島素敏感性的參與者多樣性無關。
作者利用個體之間的相關系數(shù)發(fā)現(xiàn)個體微生物在ASV水平比在大的分類水平上影響更顯著(附圖S1C)。盡管有相似的生態(tài)特征和主要細菌成分,但鼻腔微生物組比皮膚微生物組表現(xiàn)出更大的個性化,即基因型以來(附圖S1D),這可能是因為鼻腔微生物組動力學更依賴于宿主。

雖然季節(jié)和飲食等環(huán)境因素會影響人類微生物組,但作者研究結果表明,季節(jié)性對腸道微生物組的影響相對較小,可能是由于直接暴露在外部,皮膚微生物組表現(xiàn)出最大的季節(jié)動態(tài)。其次是口腔微生物組,它可能由季節(jié)性飲食變化形成,因為它比其他部位解釋了更多的飲食變化(附圖S1E)。這些發(fā)現(xiàn)不僅將我們對腸道微生物組特異性和個體性的了解擴展到其他身體部位,而且還拓寬了我們對環(huán)境對微生物組影響的理解,飲食影響口腔微生物組,環(huán)境暴露影響皮膚和鼻腔微生物組。

圖1
附圖1

附圖1

結果3:不同部位的微生物組在生態(tài)上是獨特的,并在胰島素抵抗方面發(fā)生了改變

除了個體和環(huán)境因素的影響以外,身體不同部位的微生物組成具備不同的生態(tài)屬性(圖1E)。糞便微生物組表現(xiàn)出最大的豐富性和均勻性,說明其功能的復雜性。相比之下,盡管皮膚微生物組的豐富度分布相似,但與鼻腔微生物組相比,皮膚微生物組由于其較低的均勻性而顯示出更為偏斜的種群。并且作者發(fā)現(xiàn),這些生態(tài)特征通常會隨著疾病的進展而變化,與先前IR相關腸道微生態(tài)失調的研究結果一致,其特征是糞便微生物組的α多樣性顯著降低(t=2.8462,p=0.0067)。此外,所有四個身體部位的豐富度-均勻度散點圖(圖S1H)的變化表明IR個體存在系統(tǒng)性生物失調,突出表現(xiàn)為皮膚微生物組豐富度(t=?2.9102,p=0.0057)(圖S1H)和均勻度(t=–2.4393,p=0.019)(圖S1 h)顯著升高。這些變化表明,IR相關的微生態(tài)失調超出了腸道微生物組。
接著,作者定義了一個稱為“核心微生物組”的幾個。發(fā)現(xiàn)糞便和口腔微生物群保持著超過25個高度流行的核心屬,而鼻腔和皮膚微生物群只有三個(圖1F)。一些核心屬的相對豐度較低(球菌的平均流行率=80.75%;平均相對豐度=0.544%),表明了低豐度菌株的潛在意義(附圖S1I)。糞便和口腔微生物組中核心屬的豐富度分別與SSPG(Spearman-Rho=-0.52,p=0.00047)和BMI(Spearman Rho=-0.40,p=0.005)呈負相關(附圖S1J),表明IR和肥胖可能與這些部位核心微生物組的缺失有關。

作者進一步探討了IR和IS個體之間的微生物組生態(tài)學變化。與IS個體相比,IR受試者的皮膚核心屬數(shù)顯著增加(t=?2.5856,p=0.014),糞便核心屬數(shù)明顯減少(t=2.9659,p=0.0051)(附圖S1K)。值得注意的是,幾種產丁酸的細菌(即Coprococcus、Parastuterella和Butyricicoccus)在IR糞便核心微生物組中減少,而與糖尿病相關的機會性皮膚病原體(即Finegoldia和不動桿菌)在IR個體的皮膚核心微群中富集(附表S1C)。此外,我們發(fā)現(xiàn)糞便和皮膚微生物組的等級患病率曲線存在明顯差異(附圖S1L),表明在這兩個位點,IR個體的全球微生物患病率發(fā)生了變化。
此外,IR和IS個體之間的幾個分類群在相對豐度上存在顯著差異。IR個體的糞便微生物組表現(xiàn)為Phocaeicola屬的增加(線性判別分析效應大小[LEfSe]:0.03;Benjamini Hochberg[BH]調整后的p=0.017)和未分類瘤胃球菌科的減少(LEfSe:0.017;BH調整后的p=0.0039),而皮膚微生物組表現(xiàn)為Cutibacterium屬的減少(LEfSe:0.069;BH調整前的p=0.007)和Peptoniphilus屬的增加(附圖S1M;附表S1D)。在口腔和鼻腔微生物組中沒有觀察到這種差異。這些發(fā)現(xiàn)進一步表明,IR個體的皮膚和糞便微生物組穩(wěn)定性發(fā)生了改變??傮w而言,我們的研究結果表明,IR參與者表現(xiàn)出糞便微生物組的豐富度和丁酸產生菌減少,皮膚微生物組更容易受到機會性病原體的影響。

結果4:不同部位的微生物的穩(wěn)定性和個體差異性:個性化干預的潛在途徑

接下來,作者在屬水平查看了不同部位微生物組的穩(wěn)定性。作者用參數(shù)DMI(微生物個體度)來量化個體和群體的相似性。高DMI意味著高度的個體特異性。作者還計算了FS(家庭得分)來評估家庭中微生物的差異性。結果表明4個部位微生物組,與不同個體之間觀察到的變異相比,個體內和家族內的變異顯著減少(圖2A)。無論相對豐度如何,DMI在糞便微生物組中都很高(圖2B),特別是在擬桿菌門中(圖2C),這可能是由于其顯著的適應性進化和顯著的定殖能力。此外,糞便微生物組的FS最低,而口腔和鼻腔微生物組在家庭中具有更大的相似性(附圖S2A),可能是由于共同的生活環(huán)境或直接的微生物組交換。
這個研究中數(shù)據(jù)顯示,不同身體部位的DMI差異很大,這可能是由于特定生態(tài)位分類復雜性(圖2D)。例如,鼻腔中的棒狀桿菌和糞便中的擬桿菌分別顯示出最高的DMI。這些結果表明,特定的微生物類群適應各自的生態(tài)位,可能表現(xiàn)出更強的個體化。因此,每個身體部位的微生物群落在很大程度上是由特定生態(tài)位的相互作用形成的。相反,環(huán)境屬如克雷伯菌和嗜血桿菌1在所有檢查的身體部位都顯示出一致的低DMI,這表明外部環(huán)境因素對天然宿主微生物組的個性影響相對較弱。有趣的是,在根據(jù)每個屬的相對豐度調整個體的集體DMI后,我們發(fā)現(xiàn)IR個體的糞便微生物組的個體性顯著增加(附圖S2B),這可能是由于IR個體中擬桿菌門的增加。

總體而言,每個特定屬的DMI和FS指標提供了微生物宿主特異性的總體視角。同時,它們?yōu)槿郝涞姆诸惤M成以及環(huán)境因素對宿主微生物組的潛在影響提供了至關重要的見解。此外,DMI提供了微生物型的重要生態(tài)特征,包括糞便微生物組中的“腸道型”或皮膚微生物組的“切口型”。

圖2

結果5:微生物個性和穩(wěn)定性的相互作用

先前的研究表明,微生物組的穩(wěn)定性是高度個性化的。因此,我們探索了微生物個性和身體部位穩(wěn)定性之間的關系。作者首先查看了屬的定殖率,通過定義ASV的一致性實現(xiàn)(一個屬一個或多個連續(xù)樣本中未被檢測到的概率)。除了口腔微生物組(圖3A)外,所有三個身體部位的定殖率均與DMI顯著正相關。這種相關性在鼻腔微生物組中最強(圖3A),這可能解釋了上述觀察到的高ICC。令人驚訝的是,在IR和IS個體之間沒有發(fā)現(xiàn)再定殖率的差異(附圖S3A)。研究結果表明,高度個體化的菌株更有可能重新定殖,這驗證了糞便移植研究提出的假設,并暗示了其在治療IR相關微生態(tài)失調方面的潛在療效。
另外,分析結果顯示,糞便微生物組隨著時間的推移變化更慢,鼻腔部位的變化速度最快(p<0.001)(圖3B)。此外,正如線性混合模型所證明的那樣,IR個體在糞便和皮膚微生物組中的穩(wěn)定性明顯低于IS個體(糞便p:1.82×10?6,皮膚p:2.84×10?12),這證實了我們的研究結果,即IR和IS參與者在這兩個身體部位的微生物豐度差異更大(附圖S1M)。

圖3

結果6:不同身體部位微生物組個體內和個體間相關性

然后,作者調查了微生物組動力學是否在群體和個體水平,各個身體部位存在個體內關聯(lián)特征。分層聚類表明,皮膚和鼻腔部位之間的個體微生物組有很強的相關性,而糞便微生物組與其他身體部位的相關性較?。▓D3C)。
IS和IR個體之間的比較表明,這兩組都有很強的皮膚-鼻腔聯(lián)系,但皮膚-口腔相關性僅限于IS個體(圖S3B和S3C)。這意味著IR狀態(tài)破壞了皮膚或口腔微生物組的穩(wěn)定性,可能是由于宿主對微生物組穩(wěn)定性的調節(jié)受損,或是由于與IR相關的粘膜免疫受損,這是身體部位之間微生物相互作用的關鍵因素。
由于微生物通常通過相互作用維持宿主的正常運行,作者分析了那些身體部位有較強的微生物相互作用。結果發(fā)現(xiàn),8.23%的糞便屬配對(5671)在個體內顯著相關,主要是厚壁菌門(圖3D)。令人驚訝的是,口腔微生物組的協(xié)同作用最高(50.17%),其次是皮膚(47.51%)和鼻腔(38.36%),這表明了每個身體部位微生物組成員之間的強烈協(xié)同作用(表S3A)。
不同部位之間的微生物互作分析結果表明,皮膚和鼻腔部位的成員相關性最強(占所有可能配對的15.57%)(圖3D)。然而,在每個身體部位的核心微生物群中,顯著的區(qū)域特異性仍然很明顯(表S3B)。例如,三個主要的核心屬——棒狀桿菌屬、葡萄球菌屬和角質桿菌屬——在皮膚和鼻腔部位之間沒有縱向相關性。同樣,口腔普雷沃氏菌的豐度與其在糞便微生物組中的豐度無關,這與我們在口腔普雷沃氏菌中觀察到的高FS(而不是糞便普雷沃氏菌)一致(表S2C)。
盡管已經報道了身體部位之間的失調微生物組易位,作者的結果表明,這些易位病例可能不涉及特定生態(tài)位的核心分類群。此外,與相互作用較低的屬相比,相互作用較高的屬表現(xiàn)出較低的DMI(圖3E),這表明高度個體化的微生物組表現(xiàn)出更大的時間穩(wěn)定性。也就是說,那些造就我們個體與其他人體內微生物有所不同的微生物菌群,反而是我們體內最穩(wěn)定的存在。

結果7:胰島素對于身體不同部位微生物組的影響

已知三種強烈的擾動事件——感染、疫苗接種和抗生素使用——會導致糞便微生物組破壞。在3個月內,IR個體的糞便微生物組在健康就診和擾動之間表現(xiàn)出比IS個體更大的時間變化(圖3F)。然而,這種模式在其他身體部位并不一致,這表明特定地點的微生物組對這些事件有反應。與IS個體不同,IR個體在呼吸道感染期間表現(xiàn)出糞便微生物組均勻性降低,并且鼻微生物組缺乏擾動(圖S3E),這可能是由于在IS個體中觀察到的與IR相關的粘膜炎癥較高,掩蓋或取代了感染誘導的局部微生物組變化。
在感染過程中,我們發(fā)現(xiàn)了幾個屬的短暫增加,如糞便中的Alistipes、皮膚上的Peptoniphilus、口腔中的Prevotellaceae和鼻腔中Oribacterium。 相反,我們注意到糞便中簇狀梭菌IV、口腔中未分類梭菌和鼻腔中未分類奈瑟菌的存在減少(圖S3F–S3H)。盡管短暫的微生物變化在多大程度上導致IR相關的微生態(tài)失調尚不清楚,但IR皮膚樣本中核心微生物組的顯著增加可能表明急性擾動與核心微生物組組成的長期變化之間存在相關性。
總的來說,我們的研究結果表明,微生態(tài)失調可能通過位點特異性機制在不同的身體部位表現(xiàn)不同相應機制。

結果8:宿主免疫系統(tǒng)和身體各部位微生物組之間的相互作用

微生物穩(wěn)定性可能與多種宿主調節(jié)機制有關,特別是免疫系統(tǒng)。接著,作者查看了62個宿主相關的生長因子和微生物組之間的關系。最終篩選了477種糞便、226種皮膚、318種口腔和221種鼻腔顯著的微生物組,并且這些強相關性的微生物是身體部位特異性的(圖4A)。相比皮膚和鼻腔微生物組,糞便和口腔微生物組顯示出更廣泛的微生物組相互作用(圖4A)。有趣的是,與上皮/內皮生長和血管炎癥相關的因子(即表皮生長因子[EGF]、血管細胞粘附分子[VCAM]-1和白細胞介素[IL]-22)、IL-1家族成員(即IL-1b和IL-1Ra)和瘦素相關的微生物組最多。作者進一步確定了一組因子,包括IL-1b、IL-1Ra、MCP3(趨化因子配體[CLL]-7)和IL-23,它們是通過效應大小影響微生物組的(圖S4A)。部位特異性互作可能有助于特異生態(tài)類群的微生物。例如,莫拉克菌與皮膚上的23種因子呈負相關,但僅與鼻腔中的3種呈負相關(表S4B)。鼻腔中與免疫相關微生物的減少可能解釋了莫拉克菌在鼻腔中的更高患病率。

接下來,作者研究了哪些門與細胞因子強相關,從而影響它們的穩(wěn)定性和個性。厚壁菌門(主要是梭菌)的成員和所有部位細胞因子相關性均很高(圖4B)。與其他門相比,這種相互作用可能是厚壁菌門在糞便微生物組中具有較高FS和較低DMI的原因。此外,厚壁菌門的增加與肥胖相關的腸道生態(tài)失調、炎癥性腸病相關的口腔生態(tài)失調、和銀屑病相關的皮膚生態(tài)失調等疾病有關,這些疾病都是炎癥的共同原因。

有趣的是,細胞因子似乎在塑造個體的核心微生物組和抑制非共生細菌(包括變形菌門的許多細菌)的定殖方面發(fā)揮著關鍵作用。在四個身體部位中,作者發(fā)現(xiàn)非核心微生物群體與細胞因子的相關性強于核心微生物群體(圖4C)。這種相關性在很大程度上是由變形菌門而非厚壁菌門驅動的,因為與核心微生物組相比,變形菌門始終在非核心微生物群體中占比跟高(圖S4B)。變形桿菌通常攜帶強效脂多糖(LPSs)并引發(fā)下游免疫級聯(lián)。先前的研究表明了炎癥期間變形桿菌豐度的增加。相反,我們的研究表明,除了鼻微生物組中的變形桿菌成員外,細胞因子和變形桿菌豐度之間的相關性大多為負(圖4D)。變形桿菌在糞便(W=25315,p=0.00439)、皮膚(W=4995,p=0.005214)和口腔部位(W=9443,p=9.649×10?5)中的負相關性更強,但在鼻腔部位(W=5218,p=0.2693)中的相關性較弱。
此外,糞便非核心微生物組中變形桿菌與細胞因子相關性(n=10)均不顯著,而許多高患病率變形桿菌成員與細胞因子呈正相關(圖S4C)。我們的研究結果表明,炎癥可能有助于大多數(shù)普通變形桿菌的適應性調整。

宿主對細胞因子和趨化因子的反應可能與觀察到的細菌屬的豐度及其相對豐度有關。因此,我們研究了細胞因子與每個部位中20個最具多樣性屬的豐度之間的相關性。擬桿菌門中幾個流行的糞便微生物組屬的豐度,如普雷沃氏菌、Phocaeicola和副擬桿菌,形成了一個主要呈負相關的集群(第3列,圖4E),這與我們的發(fā)現(xiàn)相呼應,即擬桿菌門成員的相對豐度更有可能與細胞因子呈負相關(圖4D)。此外,瘦素和粒細胞-巨噬細胞集落刺激因子(GM-CSF)均與BMI密切相關(圖S4D),與豐度的總體相關性最強(行簇F,圖4E)。這將眾多研究關于肥胖對腸道微生物組多樣性影響的發(fā)現(xiàn)擴展到了其他身體部位。此外,我們發(fā)現(xiàn)七個皮膚屬(列簇1,圖4E)與一個細胞因子簇(行簇a,圖4E)呈正相關,表明特定皮膚屬(如Rothia、Veillonella和鏈球菌)的豐度與血漿細胞因子水平呈正相關。因此,觀察到的IR個體皮膚微生物組豐度的增加(圖S6B)可能表明炎癥期皮膚微生物組的宿主選擇減少。
總的來說,分析結果闡明了慢性炎癥和不同身體部位的微生物之間的相互作用。它將免疫系統(tǒng)與微生物組組成和個體化聯(lián)系起來,并揭示了這些相互作用是如何響應胰島素的。

圖 4

結果9:微生物組與宿主分子高度相關:揭示其在胰島素抵抗和炎癥中的作用

為了全面探討微生物組與宿主內部分子之間的關系及其在IR中的作用,我們分析了微生物組與宿主血漿蛋白、脂質和代謝產物之間的相關性。有趣的是,微生物組-宿主分子相互作用網(wǎng)絡根據(jù)微生物組的內部分子組成而非身體部位進行劃分(圖5A),這表明某些分類群主要受內部分子的影響,而不是受宿主部位的影響。值得注意的是,三種腸道類型驅動群:擬桿菌類、普雷沃氏菌和未分類瘤胃球菌科,分別對脂質體、蛋白質組和代謝組區(qū)域表現(xiàn)出明顯的偏好(圖5A)。普雷沃氏菌與蛋白質之間的密切關系,以及擬桿菌與脂質之間的關系,在以前的研究中已報道。作者的結果加強了這以發(fā)現(xiàn),例如額外的微生物群體和其它宿主分子之間的關心,并且這些關系是特異性的、系統(tǒng)性并且穩(wěn)定存在的。

許多微生物類和-宿主分子之間的互作在不同部位之間一致的,說明了這些相互作用關系的穩(wěn)健性。和預期類似,皮膚微生物組在微生物-脂質互作中表現(xiàn)出最廣泛的連接性,而糞便微生物組主要與代謝組和蛋白質組相連(圖5B)。皮膚微生物組相關蛋白富含調節(jié)脂質轉運和代謝的途徑,而糞便、鼻腔和口腔微生物組與宿主免疫反應(包括補體激活和體液免疫反應)的關系更緊密??谇晃⑸锝M表現(xiàn)出與蛋白水解、水解酶活性以及酶、肽酶和脂肪酶抑制劑活性調節(jié)相關的蛋白質的顯著關聯(lián)(圖S5B)。值得注意的是,在患有IR的個體中,糞便微生物組和宿主分子關系之間的網(wǎng)絡復雜性顯著降低(圖S5C),表明這些個體失去了平衡。
另外,代謝產物,如與酒精相關的代謝產物乙基葡糖苷酸,與四個身體部位的相關的微生物群都能相互作用,表明酒精對腸道和口腔微生物群之外的更廣泛的影響。值得注意的是,皮膚奈瑟菌和克雷伯菌因其與乙醛-和乙醇衍生物的關系,發(fā)現(xiàn)其與血漿乙基葡糖苷酸酯水平呈正相關(圖5C)。相反,F(xiàn)aecalimonas,通常是一種產乙酸鹽的細菌,對酒精敏感,與乙基葡糖苷酸呈顯著負相關。此外,脫硫弧菌,一個促進微生物組相關代謝綜合征的關鍵屬,與乙基葡糖苷酸呈正相關。這些發(fā)現(xiàn)表明,酒精代謝與不同身體部位的微生物微生態(tài)失調相關。
我們還觀察到微生物組屬豐富度(宿主代謝狀態(tài)的公認指標)和內部血漿分析之間的呈現(xiàn)顯著的相關性。這些相互作用在糞便微生物組中最為明顯,可能是由于其高豐富性(圖5D)。有趣的是,我們發(fā)現(xiàn)對甲酚葡糖苷酸(一種僅由厭氧腸道微生物組產生并與胰島素抵抗有關的抑菌代謝產物)與糞便中未分類瘤胃球菌科和奧氏桿菌的豐富性之間存在正相關。相反,它與通常被認為具有代謝益處的屬呈負相關,如Roseburia(圖5E)。這些發(fā)現(xiàn)表明,對甲酚葡糖苷酸可能通過改變宿主對梭狀芽孢桿菌屬某些屬的耐受性來影響胰島素抵抗相關微生態(tài)失調的影響。
總之,研究結果不僅驗證了之前的發(fā)現(xiàn),而且產生了更多的宿主與微生物之間的關聯(lián)發(fā)現(xiàn),增強了我們對人類微生物組、代謝產物和宿主健康之間復雜相互作用的理解。


圖5

結果10:微生物介導的臨床表型

接下來,作者研究了微生物、宿主分子和臨床表型之間的潛在三者因果關系。
作者鑒定了涉及所有位點的微生物類群的330種定向顯著相互作用,其中207種和164種相互作用分別在IS和IR參與者中檢測到(圖6A)。這些結果表明,潛在的微生物組-宿主因果關系存在,并隨著IR狀態(tài)的變化而變化,盡管仍有可能存在不明混雜因素。
與IS相比,我們觀察到在IR個體中,糞便微生物組對血液學參數(shù)的細胞因子介導的影響顯著降低(p=0.002)(圖6B、6C),以及糞便微生物組的代謝組介導的對免疫表型的影響顯著減少(p=0.002)。此外,在IR參與者中,皮膚微生物組和宿主血漿脂質/膽固醇之間不存在脂質介導的關聯(lián)(p=0.031),這表明與IR中的血液學/免疫和脂質/膽固醇穩(wěn)態(tài)相關的特定微生物組代謝相互作用失調(圖6D、6E)。相反,相對于IS志愿者,口腔微生物組通過調節(jié)IR中的脂質(p=0.035)和細胞因子(p=0.0001)介導了很大一部分免疫反應,主要是通過主要口腔核心微生物組(如韋氏菌)之間的負相關關系(表S6B)。這些因果關系與先前的研究結果一致,糖尿病相關的口腔微生態(tài)失調可能是由核心共生口腔紫杉的喪失,和葡萄糖代謝受損期間常駐口腔細菌致病性的增加共同引起的。

圖 6

上述海量的跟蹤記錄數(shù)據(jù)打破以往的一種固有執(zhí)念,即每個人都應該追求相同一個黃金標準的微生物組以實現(xiàn)最佳健康。相反,每個人應該打造自己獨有的一套健康微生物系統(tǒng)。

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