技術(shù)原理：

染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation Assay, ChIP）的基本原理是在活細胞狀態(tài)下把細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA交聯(lián)，超聲波或酶切將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后用所研究的目的蛋白質(zhì)抗體免疫沉淀蛋白質(zhì)-DNA復合體，從而特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，以便用于下游的PCR分析和Sequence測序。

ChIP-qPCR用于檢測通過蛋白特異性免疫沉淀富集得到的特定 DNA 序列的相對數(shù)量。ChIP-sequence能對蛋白-DNA 相互作用和組蛋白修飾進行全基因組范圍內(nèi)的分析。

兩大技術(shù)路線：

因為：甲醛交聯(lián)后的染色質(zhì)對限制性內(nèi)切酶、MNase及DNase I高度抵抗，不易被酶切斷。通常需要使用超聲波來物理打斷染色質(zhì)。

所以：根據(jù)實驗者研究的目的蛋白不同，采用2種不同的技術(shù)路線

1、如果研究的是轉(zhuǎn)錄因子，轉(zhuǎn)錄因子和啟動子DNA元件的結(jié)合一般都是弱結(jié)合，是容易解離的，且轉(zhuǎn)錄因子在細胞內(nèi)的豐度較低，所以一般采用甲醛固定交聯(lián)轉(zhuǎn)錄因子和DNA，超聲打斷得到染色質(zhì)小片段的技術(shù)流程。

2、如果研究的是組蛋白甲基化或乙?；揎?，細胞內(nèi)豐度較高，且DNA纏繞在組蛋白上，是相對強結(jié)合，不易解離，因此一般無需甲醛固定交聯(lián)，MNase (Micrococcal Nuclease) 酶切即可得到染色質(zhì)小片段。

兩類CHIP實驗的差異圖

上圖為轉(zhuǎn)錄因子類ChIP（左）和組蛋白修飾類ChIP（右）的微觀差異圖

兩種技術(shù)流程的步驟有所不同，流程圖分別如下所示：

組蛋白修飾類天然ChIP實驗流程

轉(zhuǎn)錄因子類甲醛交聯(lián)ChIP實驗流程

以上內(nèi)容為作者心得體會，歡迎探討交流。

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