windows本地BLAST（二）：操作及應(yīng)用

以blastn用法為例:

1、建索引：

makeblastdb -dbtype nucl -in ref.fasta

注：

-dbtype：序列類型，nucl為核酸序列，prot為蛋白序列。

-in：輸入文件，fasta格式文件。

2、比對：

blastn -query query.fa -db ref.fasta -outfmt 6 -out query_result.blastn

注：

-query：你要查詢的輸入序列，fasta格式文件。

-db:比對用的數(shù)據(jù)庫，跟上一步是一樣的基因組序列文件。

-outfmt format： 輸出文件格式。

? ? 0 = Pairwise,

? ? 1 = Query-anchored showing identities,

? ? 2 = Query-anchored no identities,

? ? 3 = Flat query-anchored showing identities,

? ? 4 = Flat query-anchored no identities,

? ? 5 是 BLAST XML類型的輸出文件,

? ? 6是tab格式的輸出文件，

? ?7是帶注釋行的tab格式的輸出文件，

? ? 8 = Seqalign (Text ASN.1),

? ? 9 = Seqalign (Binary ASN.1),

? ? 10 = Comma-separated values,

? ? 11 = BLAST archive (ASN.1),

? ? 12 = Seqalign (JSON),

? ? 13 = Multiple-file BLAST JSON,

? ? 14 = Multiple-file BLAST XML2,

? ? 15 = Single-file BLAST JSON,

? ? 16 = Single-file BLAST XML2,

? ? 17 = Sequence Alignment/Map (SAM),

? ? 18 = Organism Report

我選的是6，輸出的blastn文件有12列：

? ? ? ? 第一列：Query_id

? ? ? ? 第二列：Subject_id

? ? ? ? 第三列：%_identity

? ? ? ? 第四列：alignment_length

? ? ? ? ?第五列：mismatches

? ? ? ? ?第六列：gap_openings

? ? ? ? ?第七列：q.start

? ? ? ? ?第八列：q.end

? ? ? ? ?第九列：s.start

? ? ? ? ?第十列:s.end

? ? ? ? ?第十一列：e-value

? ? ? ? ?第十二列：bit_score


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