0. STAR下載

• 下載2.6.1b版本的STAR wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1b.tar.gz
• 文件解壓tar -xzf 2.6.1b.tar.gz
• 進(jìn)入文件夾 cd STAR-2.6.1b/source/
• 軟件安裝 make STAR

1. 創(chuàng)建reference目錄

這里下載的參考基因組為ensemble的人GRCh38參考基因組，最好單獨(dú)建立一個(gè)文件夾，后續(xù) 解壓縮 和 建立索引 的 輸出文件 都存放在該目錄。
參考命令行如下：
mkdir –p references/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh38/
cd references/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh38/

2. wget下載壓縮包

默認(rèn)當(dāng)前路徑為*/references/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh38/;
命令如下：

• fasta文件壓縮包：
  wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz

• gtf文件壓縮包：
  wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf.gz

3. gizp解壓文件

• fasta文件解壓縮
  gzip -c -d Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz > Homo_sapiens.GRCh38.fa
• gtf文件解壓縮
  gzip -c -d Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf.gz > Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf

4. STAR構(gòu)建索引

STAR是celescope的依賴軟件，在下載和安裝celescope時(shí)就已經(jīng)嵌入到celescope對(duì)應(yīng)的環(huán)境內(nèi)。因此可以在celescope的環(huán)境中執(zhí)行 構(gòu)建索引 的步驟
（1）激活celescope的環(huán)境：conda activate celescope
（2）編輯index.sh，shell腳本內(nèi)輸入如下指令和參數(shù)：

STAR \
    --runMode genomeGenerate \ #讓STAR執(zhí)行基因組索引的生成工作
    --runThreadN 10 \ #構(gòu)建運(yùn)行使用的線程數(shù)
    --genomeDir . \ #構(gòu)建好的參考基因組存放的位置，最好是單獨(dú)建立的一個(gè)文件夾，這里是/references/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh38
    --genomeFastaFiles ./Homo_sapiens.GRCh38.fa \ #fasta文件（參考基因組序列文件）
    --sjdbGTFfile ./Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf \# gtf文件（基因注釋文件）
    --sjdbOverhang 149 #讀段長(zhǎng)度: 后續(xù)回帖讀段的長(zhǎng)度, 如果讀長(zhǎng)是PE 100， 則該值設(shè)為100-1=99

（3）使用nohup投遞任務(wù)：nohup sh index.sh &
STAR運(yùn)行將近90min，構(gòu)建好的正確索引文件如下：

$ ll
total 29037186
chrLength.txt
chrNameLength.txt
chrName.txt
chrStart.txt
exonGeTrInfo.tab
exonInfo.tab
geneInfo.tab
Genome
genomeParameters.txt
Log.out
SA
SAindex
sjdbInfo.txt
sjdbList.fromGTF.out.tab
sjdbList.out.tab
transcriptInfo.tab

我當(dāng)前的運(yùn)行結(jié)果：（修改和補(bǔ)救ing）

我的運(yùn)行結(jié)果

5. CeleScope構(gòu)建索引

celescope也有內(nèi)置的參數(shù)celescope rna mkref構(gòu)建索引，同時(shí)生成一個(gè)config文件

config文件內(nèi)容

celescope rna mkref
-h #查看幫助信息
--genomeDir #默認(rèn)為./
--thread #線程數(shù)默認(rèn)為6
--genome_name #設(shè)置參考基因組的名稱，這個(gè)名稱會(huì)最終展示到celescope生成的報(bào)告里，默認(rèn)為None
--dry_run 只生成config文件
--fasta #接fasta文件
--gtf #接gtf文件
--mt_gene_list #基因列表文件，指定為某些基因歸類（一般用不到，默認(rèn)None）

（1）激活celescope的環(huán)境：conda activate celescope
（2）編輯index.sh，shell腳本內(nèi)輸入如下指令和參數(shù)：

celescope rna mkref \
    --genome_name Homo_sapiens_ensembl_99\ #基因組名稱
    --fasta ./Homo_sapiens.GRCh38.fa \ #fasta文件（參考基因組序列文件）
    --gtf ./Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf \# gtf文件（基因注釋文件）

（3）使用nohup投遞任務(wù)：nohup sh index.sh &

postscript:
單細(xì)胞測(cè)序分析軟件鏈接 celescope的下載和安裝