測序得到VCF文件后，有時需要提取部分SNP位點，這里介紹的工具是VCFtools，安裝以及基礎(chǔ)功能見下貼：
vcftools安裝及基礎(chǔ)用法 - 簡書 (jianshu.com)
1.準(zhǔn)備SNP位點list
首先將需要提取的SNP位點的ID整理在一個文本文件中，一個ID一行。這里要注意ID和vcf文件中的ID要一致，Chr_1；chr_1還是只有數(shù)字編號1：
$ cd /your/path/vcftools
$ vim snp.id
Chr1__272173254
Chr10__132755179
Chr11__187947859
Chr12__233234905
Chr14__135335406
2.拆分SNP
$ vcftools --vcf root.id.vcf --snps snp.id --recode --out sig.snp
- --vcf：VCF文件全稱
- --snps：SNP的id列表
- --out：輸出vcf文件前綴
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