需求：從NCBI下載SRA高通量測(cè)序數(shù)后，需要轉(zhuǎn)換格式。
解決：一開(kāi)始使用的是fastq-dump將SRA轉(zhuǎn)換成fastq格式，但是遇到一個(gè)問(wèn)題，那就是太慢了。有個(gè)它的升級(jí)版parallel-fastq-dump, 用了之后瞬間愛(ài)上，速度不是一個(gè)檔次。

軟件安裝

推薦使用conda
conda install parallel-fastq-dump
會(huì)自動(dòng)下載依賴(lài)的包如：sra-tools

使用很簡(jiǎn)單

$ parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 70 --outdir out/ --split-files --gzip
多設(shè)幾個(gè)線(xiàn)程，節(jié)省時(shí)間。