最近新發(fā)現(xiàn)一個工具——parallel-fastq-dump，能多線程運(yùn)行fastq-dump處理SRA文件，而且與另一個常用的多線程工具fasterq-dump相比，還有--gzip選項(xiàng)可以直接生成壓縮格式文件，因此下面簡單對比一下這三種工具處理SRA文件的速度
一、parallel-fastq-dump基本信息
parallel-fastq-dump的Github地址：https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump
- 注意，parallel-fastq-dump的使用依賴于fastq-dump，需要預(yù)先安裝sra-tools：
conda install -c bioconda sra-tools
- conda命令安裝parallel-fastq-dump：
conda install -c bioconda parallel-fastq-dump
parallel-fastq-dump參數(shù)如下
（由于是直接依賴于fastq-dump命令，因此fastq-dump的參數(shù)也可使用，如--split-files、--gzip、--split-3等）：
二、各命令處理SRA文件用時比較
1. 先測試處理一個450MB的單端測序SRA文件所用時間
① fastq-dump
- （非--gzip模式）
用時：1m49s
time (fastq-dump -O ./ --split-3 SRR3414630.sra)
- (--gzip模式）
用時：8m35s
time (fastq-dump -O ./ --split-3 --gzip SRR3414630.sra)
② fasterq-dump
fasterq-dump工具已經(jīng)是包含在sra-tools中了，不需要額外再下載。
fasterq-dump沒有--gzip的選項(xiàng)，若想生成壓縮格式文件，常與多線程壓縮工具pigz聯(lián)合使用
- （非--gzip模式）
用時：1m21s
time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra)
- fasterq-dump + pigz :
用時：2m14s
time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra ; pigz -p 12 SRR3414630.fastq)
③ parallel-fastq-dump
- （非--gzip模式）
用時：53s
time (parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-3 -s SRR3414630.sra)
- (--gzip模式):
用時：1m1s
time (parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-3 --gzip -s SRR3414630.sra)
2. 再測試處理一個2.6G的10X測序SRA文件所用時間
① fastq-dump （--gzip）
用時：38m23s ( 這也太慢了吧。。。)
time ( fastq-dump -O ./ --split-files --gzip SRR7722937.sra )
② fasterq-dump + pigz
用時：11m12s
（注意fasterq-dump處理10x數(shù)據(jù)的參數(shù)是--split-files --include-technical，僅加--split-files得不到三個文件 ）
time ( fasterq-dump -e 12 -O ./ --split-files --include-technical SRR7722937.sra ; pigz -p 12 *fastq)
③ parallel-fastq-dump（--gzip）
用時：4m2s
（處理10x數(shù)據(jù)的參數(shù)與fastq-dump一致，僅用--split-files即可）
time ( parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-files --gzip -s SRR7722937.sra )
通過以上測試，可以看到parallel-fastq-dump是處理SRA文件最為快速的?。?！
在本例中，調(diào)用12線程，parallel-fastq-dump處理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍， 比fastq-dump快8-10倍!
那之后就多嘗試用parallel-fastq-dump代替我常用的fasterq-dump+pigz吧
