69種工具檢測(cè)SV對(duì)比 http://www.itdecent.cn/p/85ff211b4b4e
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最終決定使用wham和Manta組合，其實(shí)最優(yōu)組合應(yīng)該是wham，inGAP-SV組合或者inGAP-sv,PBHoney-NGM組合。
安裝wham(現(xiàn)在實(shí)際是whamg) github
git clone --recursive https://github.com/zeeev/wham.git
cd wham
make
安裝Manta github
#強(qiáng)烈推薦使用二進(jìn)制版本，不用編譯，少了很多麻煩(雖然是centos6但是其他版本的linux也能使用)
wget https://github.com/Illumina/manta/releases/download/v1.6.0/manta-1.6.0.centos6_x86_64.tar.bz2
tar -jxvf manta-1.6.0.centos6_x86_64.tar.bz2
cd manta-1.6.0.centos6_x86_64/bin
./configManta.py -h
#Manta是基于python2，如果你的默認(rèn)python是python3，可以這樣調(diào)用。
python2 configManta.py
##我直接把上述命令和路徑加進(jìn)path
alias Manta="python2 /share/home/software/manta/manta-1.6.0.centos6_x86_64/bin/configManta.py"
#直接運(yùn)行Manta 就行了。
運(yùn)行Manta
Manta \
--bam NA12878_S1.bam \
--bam NA12891_S1.bam \
--bam NA12892_S1.bam \
--callRegions hg38.bed \
--referenceFasta hg38.fa \
--runDir ${MANTA_ANALYSIS_PATH}
參數(shù)說(shuō)明：
要求輸入的bam和fa必須有samtool的fai索引文件，bam還需要sort過(guò)。
--callRegions 適用于指定染色體，通過(guò)這種方式來(lái)只分析chr上的，而不分析scaffold。
hg38.bed內(nèi)容如下
chr1 0 248956422
chr2 0 242193529
chr3 0 198295559
chr4 0 190214555
chr5 0 181538259
chr6 0 170805979
chr7 0 159345973
chr8 0 145138636
chr9 0 138394717
chr10 0 133797422
chr11 0 135086622
chr12 0 133275309
chr13 0 114364328
chr14 0 107043718
chr15 0 101991189
chr16 0 90338345
chr17 0 83257441
chr18 0 80373285
chr19 0 58617616
chr20 0 64444167
chr21 0 46709983
chr22 0 50818468
chrX 0 156040895
chrY 0 57227415
chrM 0 16569
運(yùn)行whamg
目前無(wú)法成功安裝wham
融合基因檢測(cè)
http://www.bio-info-trainee.com/7258.html
Comparative assessment of methods for the fusion transcripts detection from RNA-Seq data 2016年 測(cè)評(píng)12個(gè)工具
Accuracy assessment of fusion transcript detection via read-mapping and de novo fusion transcript assembly-based methods 2019年測(cè)評(píng) 23個(gè)工具論文
決定使用STAR-fusion檢測(cè)融合基因。
STAR-fusion是基于STAR比對(duì)的結(jié)果進(jìn)行檢測(cè)融合基因的。
#安裝START-fusion
conda install -c bioconda star-fusion
注意：STAR和STAR-fusion的不同版本的兼容性有較大問(wèn)題，開(kāi)始分析前，一定先確定使用的版本之間產(chǎn)出的文件是否兼容。
參考:STAR-fusion的使用
STAR-fusion檢出融合基因的后續(xù)分析
WGS和RNA-seq聯(lián)合分析參考文章 2019 NC https://www.nature.com/articles/s41467-019-10680-5#Sec10
