KEGG Reaction 是收錄酶促反應(yīng)相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫，包含了所有代謝通路中的酶促反應(yīng)和一些只在enzyme 數(shù)據(jù)庫中有記錄的酶促反應(yīng)，每條記錄用R Number 唯一標(biāo)識。
R00259 的詳細(xì)記錄如下：
每個(gè)字段的含義如下：
| Entry | R00259 |
|---|---|
| Name | 名稱 |
| Definition | 定義 |
| Equation | 表達(dá)式 |
| Reation Class | 分類信息 |
| Enzyme | 酶促反應(yīng)對應(yīng)的酶 |
| Pathway | 包含該反應(yīng)的通路 |
| Module | 對應(yīng)的module 數(shù)據(jù)庫的信息 |
| Orthology | 酶對應(yīng)的KO信息 |
| other DBs | 第三方數(shù)據(jù)庫 |
這里有一個(gè)Reaction Class 的概念，kegg 根據(jù)反應(yīng)兩邊化學(xué)物質(zhì)轉(zhuǎn)換的模式將酶促反應(yīng)進(jìn)行了分類。這個(gè)轉(zhuǎn)換的模式叫做RDM 模式，R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。
kegg 官網(wǎng)給出了如下的示意圖：
在理解上面這幅圖之前，我們必須了解kegg atom type 這個(gè)概念。 kegg 對C, N, O, P, S 這5種原子根據(jù)相連的基團(tuán)進(jìn)行了分類，這個(gè)分類就是atom type;
完整的latom type 詳見以下鏈接
這里我列出了上面示意圖中涉及到的相關(guān)條目
| C1a | R-CH3 |
|---|---|
| C1b | R-Ch2-R |
| C1c | R-CH(-R)-R |
| C5a | R-C(=O)-R |
| C6a | R-C(=O)-OH |
| N1a | R-NH2 |
| N1b | R-NH-R |
| O5a | R-c(=O)-R |
| O6a | R-C(=0)-OH |
R 代表對應(yīng)的原子，比如C1a 中，R 代表C原子， N1a 中的R 代表N 原子。
在R00259對應(yīng)的酶促反應(yīng)中，出現(xiàn)了C00025 轉(zhuǎn)化成 C00624 的情況，這兩種物質(zhì)轉(zhuǎn)換對應(yīng)的RDM模型是怎么樣的呢？
首先將物質(zhì)的結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換成atom type 的表示模式，其實(shí)就是將分子中的每個(gè)C, N, O, P, S 用對應(yīng)的atom type 表示，然后觀察反應(yīng)前后對應(yīng)的R, D, M 分別是什么元素，就能得到對應(yīng)的RDM模型。通過RDM 模型就能知道這個(gè)反應(yīng)對應(yīng)的Reaction Class。如何準(zhǔn)確的判斷兩種物質(zhì)轉(zhuǎn)換對應(yīng)的RDM模型，官網(wǎng)上也沒有非常詳細(xì)的說明，這里我們簡單理解，知道是根據(jù)這個(gè)概念對應(yīng)reaction 進(jìn)行分類的就可以了。
總結(jié)
1.Reaction數(shù)據(jù)庫記錄了酶促反應(yīng)的信息，每個(gè)反應(yīng)用R Number 標(biāo)識；
2.對于所有的酶促反應(yīng)，kegg 通過RDM 模型對其進(jìn)行了分類；
